周禹 曹慧慧 王巖 黃曉春 谷守國 付麗軍
摘 要:DUS測試是目前世界通用的新品種鑒定方法。該文概述了分子標(biāo)記的特點(diǎn)及其在DUS測試中的初步應(yīng)用,重點(diǎn)從蔬菜、麥類、中藥方面對分子標(biāo)記在DUS測試中的發(fā)展和應(yīng)用進(jìn)行了展望。
關(guān)鍵詞:DUS測試;分子標(biāo)記;形態(tài)標(biāo)記
中圖分類號 S642.2? 文獻(xiàn)標(biāo)識碼 A文章編號 1007-7731(2020)17-0015-02
DUS測試是指對植物的品種進(jìn)行特異性(Distinctness)、一致性(Uniformity)和穩(wěn)定性(Stability)(可區(qū)別性)的種植鑒定試驗[1]。依據(jù)新版種子法要求,無論是品種審定、品種登記還是品種權(quán)保護(hù),都必須通過DUS測試。目前,DUS測試主要依據(jù)外部形態(tài)標(biāo)記來確定,分子標(biāo)記只作為輔助手段。形態(tài)標(biāo)記是指植物的外部形態(tài)特征如葉片顏色、形狀、種子結(jié)構(gòu)等特征,而分子標(biāo)記則是在DNA水平上標(biāo)記不同生物個體之間的差異。由于生物遺傳物質(zhì)相對穩(wěn)定且同一個體各個器官中遺傳信息一致,因此,分子標(biāo)記能對任何生育期的任何器官進(jìn)行檢測。相較于傳統(tǒng)的形態(tài)標(biāo)記,分子標(biāo)記具有檢測樣本分布廣(編布整個基因組)、檢測時間短、檢測手段簡單、重復(fù)性好、成本低廉、數(shù)據(jù)兼容性好、技術(shù)不受專利限制等優(yōu)點(diǎn)。隨著分子技術(shù)的不斷積累和發(fā)展,分子標(biāo)記終將替代傳統(tǒng)的形態(tài)標(biāo)記成為測試主流方法。
1 分子標(biāo)記技術(shù)概述
目前,主要的分子標(biāo)記技術(shù)有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SNP等,每一種分子標(biāo)記技術(shù)有自身的優(yōu)缺點(diǎn)(見表1)。
SSR和SNP作為第3代分子標(biāo)記,其應(yīng)用也較為廣泛,相比于RFLP、RAPD、AFLP技術(shù)具有位點(diǎn)清楚、技術(shù)簡單、檢測結(jié)果可靠性高等優(yōu)點(diǎn),相繼被國際植物新品種保護(hù)聯(lián)盟(UPOV)、國際種子聯(lián)盟(ISF)和國際種子檢驗協(xié)會(ISTA)推薦作為作物品種鑒定和指紋數(shù)據(jù)庫構(gòu)建的優(yōu)選標(biāo)記。
2 分子標(biāo)記在DUS測試中的應(yīng)用
自1999年起,我國開展了小麥品種DNA指紋檢測技術(shù)-SSR標(biāo)記的研究與檢測工作,在檢測中不斷完善技術(shù)[2](垂直板電泳技術(shù)平臺)。2011年,基于毛細(xì)管熒光電泳平臺的研究與應(yīng)用工作,使檢測通量和效率提高了6~10倍。2014年,基于SNP標(biāo)記技術(shù)的研發(fā)工作,篩選了小麥品種鑒定候選標(biāo)記約16000個,建立了基于LGC公司-KASP技術(shù)樣本高通量SNP分型平臺。2016年,從國家冬小麥區(qū)試品種(84份)中篩查出的疑似品種22對(相似系數(shù)GS0.9以上),涉及參試品種12個(14.3%),審定品種12個。2017年,從參試品種(124份)中篩查出的疑似品種128對,涉及參試品種31個(25%),審定品種14個。2018年,從參試品種(117份)中篩查出的疑似品種58對,涉及參試品種22個(18.8%),審定品種21個。
3 分子標(biāo)記在各種作物DUS測試中研究進(jìn)展
3.1 蔬菜 2009年,我國率先完成了黃瓜全基因組的測序工作,并構(gòu)建了世界上第一張蔬菜作物全基因組序列圖譜[3]。隨后番茄、大白菜、甜瓜等10多個蔬菜作物的基因組序列圖譜和變異圖譜相繼被公布,并獲得了海量的變異位點(diǎn)。有了這些基礎(chǔ)研究,各研究單位開發(fā)了大量DNA分子標(biāo)記并應(yīng)用于實踐當(dāng)中,其中,北京市農(nóng)林科學(xué)院蔬菜研究中心已牽頭完成了基于SSR和SNP標(biāo)記的西瓜、白菜、黃瓜等主要蔬菜作物的DNA指紋圖譜。同時,大量控制重要農(nóng)藝性狀的關(guān)聯(lián)基因已被克隆和鑒定[4]。如黃瓜苦味,西瓜糖含量[5],大白菜抗根腫病,橘紅心等,基于這些基因開發(fā)出的功能分子標(biāo)記已大規(guī)模應(yīng)用于分子標(biāo)記輔助育種。以上2個方面的研究,為下一步采用DNA分子標(biāo)記篩選近似品種奠定了良好的基礎(chǔ),采用DNA分子標(biāo)記篩選近似品種將指日可待。同時主要蔬菜重要農(nóng)藝性狀功能基因的克隆及相應(yīng)分子標(biāo)記的不斷應(yīng)用,為DNA分子標(biāo)記直接作為DUS測試指標(biāo)提供理論了依據(jù)。
3.2 大麥 中國農(nóng)科院作物所開發(fā)的55k SNP和功能基因芯片,包含近150個功能基因標(biāo)記[6]。英國國家農(nóng)業(yè)植物研究所做了一系列的研究,試圖將分子標(biāo)記與大麥的DUS的某些性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián),取得了較好的進(jìn)展[7]。無論國內(nèi)國外,科學(xué)家正在尋找表型性狀和分子標(biāo)記相關(guān)性,并進(jìn)行了大量的研究,技術(shù)的積累將進(jìn)一步促進(jìn)分子標(biāo)記在DUS測試中的應(yīng)用。
3.3 中藥材 目前,DNA分子遺傳標(biāo)記技術(shù)主要應(yīng)用于中藥材種質(zhì)資源鑒定、道地性研究,在DUS測試中的應(yīng)用還鮮有報道。道地藥材與非道地藥材在形態(tài)、生藥性狀及化學(xué)成分等特征上表現(xiàn)出了較大的差異[8],采用傳統(tǒng)的分類學(xué)方法(外部形態(tài))鑒定具有很大的局限性,無法區(qū)分不同地點(diǎn)種植的同一品種,而分子標(biāo)記直接作用于基因的遺傳多樣性,具備快速檢測區(qū)分的可能性,因此,從分子標(biāo)記方面開展中藥DUS測試具有廣闊的前景。同時,不同分子標(biāo)記還可以用于藥用植物資源保護(hù)、遺傳圖譜構(gòu)建及品質(zhì)和抗性育種研究等方面。
4 展望
在當(dāng)前的技術(shù)水平下,分子標(biāo)記技術(shù)在DUS測試中僅作為輔助作用,國際組織不排斥分子標(biāo)記的作用,肯定了分子標(biāo)記的積極的方面,但外部形態(tài)標(biāo)記仍是當(dāng)前DUS測試的主流判定依據(jù)。從發(fā)展角度來看,由于全基因序列與其表達(dá)的性狀的位點(diǎn)一一對應(yīng)沒有完全被破解,我們無法將基因位點(diǎn)和性狀表現(xiàn)一一對應(yīng),但隨著技術(shù)的積累和提高,總有一天我們能夠全面解讀各個基因位點(diǎn)相對應(yīng)的形態(tài)標(biāo)記,從而降低投入、減少田間種植面積,提高檢測速率和判定效率。
參考文獻(xiàn)
[1]陳龍江.開放環(huán)境下民族種業(yè)國內(nèi)市場競爭力評估與提升對策[C].以玉米種業(yè)為例中國國外農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究會,2016.
[2]李望鴻,李玉芳,龐斌雙.甘肅小麥品種(系)HMW-GS遺傳變異分析[J].麥類作物學(xué)報,2004,24(1):44-46.
[3]Sanwen Huang,Zhonghua Zhang,XingfangGu,et al.The genome of the cucumber (Cucumis sativus L.)[J].Nature Genetics,2009,1:1275-1281.
[4]唐丁.作物基因組學(xué)研究進(jìn)展[J].植物遺傳資源學(xué)報,2018,03:383-389.
[5]Awais Rasheed,Yuanfeng Hao,Xianchun Xia,et al.Crop breeding chips and genotyping platforms: progress, challenges and perspectives[J].Molecular Plant Cell,2017,08:1047-1064.
[6]朱小茜.西瓜全雌基因連鎖的SRAP分子標(biāo)記[D].鄭州:河南農(nóng)業(yè)大學(xué),2011.
[7]Huw Jones,Carol Norris,David Smith,et al. Evaluation of the use of high-density SNP genotyping to implement UPOV Model 2 for DUS testing in barley[J].Theor Appl Genet.,(2013) 126:901–911.
[8]段銀妹.DNA分子標(biāo)記在人參屬植物研究中的應(yīng)用[J].現(xiàn)代中藥研究與實踐,2018,06:74-76.
(責(zé)編:張宏民)