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超聲異常胎兒的染色體核型分析及單核苷酸多態(tài)性芯片檢測(cè)應(yīng)用分析

2020-06-28 23:47:18李燕青劉夏瑩謝俊杰傅婉玉王元白莊建龍江矞穎
關(guān)鍵詞:軟指標(biāo)核型羊水

李燕青,劉夏瑩,謝俊杰,傅婉玉,王元白,莊建龍,江矞穎

超聲異常為產(chǎn)前診斷中常見(jiàn)的就診因素,包括超聲軟指標(biāo)異常和結(jié)構(gòu)異常等情況。超聲軟指標(biāo)異常是胎兒超聲影像學(xué)檢查異常情況,非結(jié)構(gòu)性異常[1]。目前有研究認(rèn)為,胎兒超聲軟指標(biāo)陽(yáng)性提示染色體異常的風(fēng)險(xiǎn)和發(fā)生嚴(yán)重畸形的風(fēng)險(xiǎn)增加,但畸形不存在特異性[2]。

染色體核型分析作為目前產(chǎn)前診斷的常用手段及技術(shù)途徑之一[3],仍存在一定的局限性,染色體片段大于5 Mb的敏感度較好,一般分辨率為10 Mb[4],對(duì)染色體上微小片段(小于3~5 Mb)缺失和重復(fù)的敏感度差,且無(wú)法準(zhǔn)確定位額外小標(biāo)記染色體的來(lái)源[5]。染色體核型分析需要進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),存在培養(yǎng)失敗的風(fēng)險(xiǎn),報(bào)告周期長(zhǎng)。

染色體微陣列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)是一項(xiàng)新興的染色體分析技術(shù),能夠檢測(cè)出大于1 kb的拷貝數(shù)變異(copy number variations,CNVs)[6]。與染色體核型分析相比,CMA 的分辨率和自動(dòng)化程度更高,檢測(cè)周期更短,彌補(bǔ)了染色體核型分析的不足,現(xiàn)常用于染色體及基因組層面的產(chǎn)前篩查與診斷[7]。臨床應(yīng)用上,單核苷酸多態(tài)性芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)檢測(cè)技術(shù)是目前臨床上最常用的CMA[8],SNP-array除了能檢測(cè)CNVs變異外,其SNP探針還可檢出雜合性丟失(loss of heterozygosity,LOH)和單親二倍體(uniparental disomies,UPD)等[9]。目前 CMA 在臨床應(yīng)用的指征仍存在爭(zhēng)議[10]。現(xiàn)對(duì)278例因胎兒超聲異常的孕婦聯(lián)合應(yīng)用染色體核型分析和全基因組SNP-array檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行產(chǎn)前診斷,探討全基因組SNP-array技術(shù)的臨床應(yīng)用價(jià)值。

1 對(duì)象與方法

1.1 研究對(duì)象 回顧性收集2017年1月1日—2018年12月31日在泉州市婦幼保健院·兒童醫(yī)院(我院)產(chǎn)前診斷中心就診的有介入性產(chǎn)前診斷指征、無(wú)相關(guān)手術(shù)禁忌證的胎兒超聲異常、單胎、孕18~26周、自愿進(jìn)行羊膜腔穿刺術(shù)的孕婦278例。納入指征包括超聲結(jié)構(gòu)異常和超聲軟指標(biāo)異常。常規(guī)告知羊膜腔穿刺術(shù)的風(fēng)險(xiǎn)性,并簽署羊膜腔穿刺術(shù)及SNP-array檢測(cè)知情同意書(shū)。

1.2 研究方法

1.2.1 標(biāo)本采集及處理 羊膜腔穿刺術(shù)和羊水染色體核型分析均在我院完成,采用超聲引導(dǎo)下羊膜腔穿刺技術(shù),抽取30 mL羊水分別進(jìn)行羊水染色體核型分析和SNP-array檢測(cè)。染色體的命名依據(jù)人類(lèi)細(xì)胞遺傳學(xué)國(guó)際命名體制(ISCN,2016)的標(biāo)準(zhǔn)。

1.2.2 SNP-array檢測(cè) 簽署知情同意書(shū)后將采集的10 mL羊水樣本送至第三方檢測(cè)公司(北京貝康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所)進(jìn)行檢測(cè),SNP-array采用美國(guó)Affymetrix CytoSan 750K array芯片,通過(guò)ChAS軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

1.2.3 隨訪 采用隨機(jī)雙盲法進(jìn)行電話隨訪,記錄妊娠結(jié)局等相關(guān)情況。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 應(yīng)用SPSS 19.0統(tǒng)計(jì)軟件,定量資料正態(tài)分布的數(shù)據(jù)用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(±s)表示,定性資料用例(%)表示,組間比較采用卡方檢驗(yàn),不符合卡方檢驗(yàn)條件的數(shù)據(jù)用Fisher確切概率法,P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 檢測(cè)結(jié)果分析 278例胎兒羊水標(biāo)本進(jìn)行了染色體核型分析,其中2例培養(yǎng)失敗,276例(99.28%)培養(yǎng)成功。278例羊水標(biāo)本SNP-array檢測(cè)均得到了結(jié)果,檢測(cè)成功率100%。為比較染色體核型分析和SNP-array檢測(cè)的陽(yáng)性檢出差異,排除實(shí)驗(yàn)室人為因素干擾,在兩者對(duì)比研究中排除染色體核型分析失敗案例。比較染色體核型分析及SNP-array檢測(cè)均成功的276例情況,染色體核型分析陽(yáng)性檢出率8.33%(23/276);SNP-array檢測(cè)陽(yáng)性檢出率 17.03%(47/276),2種檢測(cè)方法陽(yáng)性檢出率比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=9.424,P=0.002)。染色體核型正常的 253例孕婦中,SNP-array陽(yáng)性檢出率為11.46%(29/253),其中致病性CNVs檢出率為2.76%(7/253),臨床意義不明確的拷貝數(shù)變異(variantsofunknownsignificance,VOUS)檢出率為 8.70%(22/253)。

2.2 染色體核型分析與SNP-array檢測(cè)結(jié)果比較 染色體核型分析檢出染色體數(shù)目異常11例,均與SNP-array檢測(cè)結(jié)果相一致,見(jiàn)表1。核型分析檢出2例性染色體嵌合經(jīng)SNP-array檢測(cè)確認(rèn)是男性胎兒,性染色體部分缺失。核型分析檢出臂間倒位及平衡易位共6例,其中3例遺傳自表型正常的父母一方,3例新發(fā)突變,SNP-array在其中1例Y染色體倒位和1例9號(hào)染色體倒位中分別發(fā)現(xiàn)5號(hào)染色體微缺失和意義不明的1號(hào)染色體微重復(fù)。核型分析發(fā)現(xiàn)2例9qh+,經(jīng)SNP-array驗(yàn)證分別為5號(hào)染色體及11號(hào)染色體微缺失,均為不明意義異常,未行父母驗(yàn)證。1例15ps+經(jīng)SNP-array驗(yàn)證未發(fā)現(xiàn)異??截悢?shù)。SNP-array檢出6例致病性CNVs,核型分析僅檢出其中1例10 Mb以上無(wú)法辨別結(jié)構(gòu)畸變的標(biāo)記染色體(marker chromosome,mar),經(jīng) SNP-array 確定該mar為13號(hào)染色體來(lái)源的片段重復(fù)。SNP-array檢出1例伴有X染色體微重復(fù)和16號(hào)染色體微缺失的14號(hào)染色體UPD和2例LOH,核型分析未檢出異常。SNP-array另外檢出22例VOUS,其中5例經(jīng)父母驗(yàn)證證實(shí)遺傳自表型正常的父母一方,2例為新發(fā)突變,其余15例未驗(yàn)證。

2.3 不同類(lèi)型超聲異常SNP-array檢出情況 納入病例按照超聲異常類(lèi)型分為3組,超聲結(jié)構(gòu)異常組79例,單項(xiàng)超聲軟指標(biāo)異常組111例,多發(fā)超聲軟指標(biāo)異常組86例。超聲軟指標(biāo)是指臨床意義尚未能完全明確的異常超聲發(fā)現(xiàn),包括頸項(xiàng)透明層(NT)增厚、持續(xù)性脈絡(luò)膜囊腫、鼻骨短小等[11]。多發(fā)超聲軟指標(biāo)異常組指彩超篩查出2個(gè)或以上超聲軟指標(biāo)。

3組患者染色體核型異常檢出率、SNP-array陽(yáng)性檢出率、SNP-array結(jié)果類(lèi)型構(gòu)成、致病性CNVs類(lèi)型構(gòu)成比較,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均P>0.05),見(jiàn)表2。本研究發(fā)現(xiàn)NT增厚、骨骼肌肉及心血管系統(tǒng)異常胎兒的陽(yáng)性CNVs檢出率最高,其次為泌尿系統(tǒng)畸形和單項(xiàng)超聲軟指標(biāo)異常胎兒。顏面部異常、消化系統(tǒng)畸形、呼吸系統(tǒng)畸形等胎兒均未檢出致病性CNVs,見(jiàn)表 3。

表1 羊水染色體核型分析和SNP-array檢測(cè)結(jié)果比較[%(n/n)]

2.4 妊娠結(jié)局隨訪 隨訪時(shí)間為生后3~6個(gè)月。11例染色體數(shù)目異常經(jīng)遺傳咨詢(xún)后均選擇終止妊娠。9例致病性微缺失/微重復(fù)經(jīng)遺傳咨詢(xún)后5例選擇終止妊娠,2例失訪,2例Y染色體微缺失胎兒選擇繼續(xù)妊娠,未成年尚無(wú)法得知生育影響。目前均表型正常25例VOUS中19例經(jīng)遺傳咨詢(xún)后選擇繼續(xù)妊娠,生后隨訪均表型正常;5例選擇終止妊娠,1例失訪。2例LOH經(jīng)遺傳咨詢(xún)后均選擇繼續(xù)妊娠,隨訪生后表型正常。

3 討論

目前國(guó)內(nèi)外相關(guān)研究均表明,胎兒超聲異常提示染色體異常可能性增加[12-13]。對(duì)不同種類(lèi)超聲異常的研究認(rèn)為,不同種類(lèi)及數(shù)量的超聲軟標(biāo)記或結(jié)構(gòu)畸形的染色體異常發(fā)生率不同,需進(jìn)一步進(jìn)行染色體核型分析和染色體微陣列分析,完善產(chǎn)前檢查與診斷[14]。有研究指出,超聲異常和正常核型的胎兒中有9.1%的胎兒能檢測(cè)到與臨床相關(guān)的CNVs[15]。

表2 各類(lèi)型超聲異?;颊呷旧w核型異常和SNP-array結(jié)果異常比較[例(%)]

表3 超聲異常各系統(tǒng)染色體CNVs檢出情況匯總表[例(%)]

本研究發(fā)現(xiàn)SNP-array檢測(cè)陽(yáng)性檢出率比染色體核型分析高,這與目前的相關(guān)研究[16]結(jié)果一致。SNP-array檢測(cè)雖然可在一定程度上發(fā)現(xiàn)染色體微小缺失或重復(fù),但是這些微缺失或微重復(fù)不一定具有臨床價(jià)值,這些意義不明的變異仍需進(jìn)一步的探索和研究。

3.1 SNP-array檢測(cè)臨床應(yīng)用的必要性 目前國(guó)外的相關(guān)研究認(rèn)為,當(dāng)產(chǎn)前超聲檢查發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)異常時(shí),約6%染色體核型正常的胎兒使用SNP-array檢測(cè)能發(fā)現(xiàn)臨床意義重大的染色體異常[17-18]。本研究表明,超聲異常但染色體核型正常胎兒中,約有11.46%胎兒SNP-array結(jié)果異常,其中致病性CNVs檢出率為2.76%,VOUS檢出率為8.70%。本研究與既往研究結(jié)果存在差異,可能是因?yàn)楸狙芯績(jī)H納入完成染色體核型分析和SNP-array檢測(cè)的病例,未完整納入全部超聲異常胎兒。由于染色體微陣列分析的敏感度高于傳統(tǒng)的染色體核型分析,目前臨床上染色體微陣列分析應(yīng)用日益廣泛,尤其在高危妊娠婦女的產(chǎn)前診斷中[19]。

染色體核型分析無(wú)法準(zhǔn)確定位額外小標(biāo)記染色體 (small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的來(lái)源,需要聯(lián)合分子生物學(xué)檢測(cè)進(jìn)行分析[20]。本研究中1例超聲提示胎兒鼻骨偏短,羊水染色體核型47,XN,+mar,經(jīng) SNP-array確定 sSMC 為 13號(hào)染色體來(lái)源異常,胎兒在13號(hào)染色體13q33.1q34區(qū)段存在11.9 Mb片段的重復(fù),內(nèi)含37個(gè)OMIM基因,與常染色體顯性遺傳的腦穿通畸形(porencephaly)、智力障礙(mental retardation)等疾病相關(guān),通過(guò)SNP-array檢測(cè)可明確標(biāo)記染色體來(lái)源,并及時(shí)對(duì)胎兒的預(yù)后進(jìn)行預(yù)估。通過(guò)遺傳咨詢(xún),家屬選擇終止妊娠。

3.2 染色體核型分析臨床應(yīng)用的重要性 2016年,美國(guó)婦產(chǎn)科醫(yī)師學(xué)會(huì)(AmericanCollegeofObstetricians and Gynecologists,ACOG)和母胎醫(yī)學(xué)會(huì)(Society for Maternal-Fetal Medicine,SMFM) 發(fā)布指南《2016 ACOG/SMFM實(shí)踐簡(jiǎn)報(bào):遺傳性疾病產(chǎn)前診斷檢測(cè)(No.162)》(Practice Bulletin No.162:Prenatal Diagnostic Testing for Genetic Disorders)指出,對(duì)于超聲檢查發(fā)現(xiàn)胎兒結(jié)構(gòu)異常的,產(chǎn)前診斷患者應(yīng)推薦染色體微陣列分析作為主要檢測(cè)手段(取代常規(guī)核型)[21]。

但王敏等[22]認(rèn)為,對(duì)NT異常胎兒的產(chǎn)前診斷采用染色體核型+SNP-array檢測(cè)模式。本研究發(fā)現(xiàn),胎兒NT增厚不僅與染色體微小變異密切相關(guān),與染色體結(jié)構(gòu)異常及數(shù)目異常也密切相關(guān)。11例染色體數(shù)目異常中有8例表現(xiàn)為NT增厚,核型分析發(fā)現(xiàn)其中13-三體為易位型異常;6例致病性CNVs中有4例表現(xiàn)為NT增厚。因此本研究建議胎兒NT增厚時(shí)應(yīng)采用染色體核型+SNP-array檢測(cè)模式。

雖然已有指南支持染色體微陣列分析取代染色體核型分析,但SNP-array對(duì)胎兒染色體結(jié)構(gòu)異常無(wú)法檢測(cè),因此本研究仍然認(rèn)為染色體微陣列分析不能完全取代染色體核型分析。

3.3 VOUS給產(chǎn)前診斷帶來(lái)困擾 雖然染色體微陣列分析可以提高胎兒染色體疾病的檢出率,但是隨著分辨率的提高,在檢測(cè)中發(fā)現(xiàn)許多與臨床表型相關(guān)性不明確的CNVs,CNVs的片段涉及臨床表型功能不明或劑量效應(yīng)不明確的基因,或者既存在于正常表型人群中同時(shí)也有病理性表型的報(bào)道[23]。本研究中1例超聲提示胎兒腸道回聲增強(qiáng)、左心室點(diǎn)狀強(qiáng)回聲,羊水染色體核型未見(jiàn)異常,羊水SNP-array提示為女性胎兒,該患者在X染色體Xp22.31區(qū)段存在534.6 kb片段的重復(fù),經(jīng)過(guò)驗(yàn)證為遺傳至表型正常的母親,雖然經(jīng)過(guò)充分的咨詢(xún)指導(dǎo),孕婦及家屬仍選擇終止妊娠。VOUS的出現(xiàn)給孕婦及家屬帶來(lái)巨大的壓力,也給臨床醫(yī)生帶來(lái)了很大的挑戰(zhàn)。希望通過(guò)對(duì)數(shù)據(jù)的長(zhǎng)期積累,更好地指導(dǎo)臨床工作中對(duì)于發(fā)生率較高的、偏良性的VOUS報(bào)告的解讀及咨詢(xún),避免過(guò)度診療。

綜上,染色體核型分析和SNP-array檢測(cè)在超聲異常胎兒中具有良好的應(yīng)用價(jià)值和應(yīng)用空間。與核型分析相比,SNP-array檢測(cè)在異常結(jié)果檢出率上存在一定優(yōu)勢(shì),可以在一定程度彌補(bǔ)核型分析對(duì)微缺失、微重復(fù)的不足,但對(duì)VOUS的研究仍需要進(jìn)一步的深入。

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