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基于開源軟件構(gòu)建區(qū)域性醫(yī)學影像中心的實踐

2019-03-13 14:27譚松湯婷婷陳明宇
醫(yī)學信息 2019年2期
關鍵詞:區(qū)域化

譚松 湯婷婷 陳明宇

摘要:基于開源軟件構(gòu)建區(qū)域化數(shù)據(jù)中心,可為醫(yī)聯(lián)體單位提供低成本影像科會診實施方案,降低人力、物力成本,提高整體醫(yī)療質(zhì)量。本文主要介紹利用開源資源構(gòu)建中心PACS/RIS服務器,應用虛擬化技術(shù)把公共網(wǎng)絡轉(zhuǎn)換成虛擬局域網(wǎng)(保證通訊安全),將多家醫(yī)院的影像科數(shù)據(jù)匯集到影像中心服務器上,通過互聯(lián)網(wǎng)實現(xiàn)了遠程診斷。經(jīng)過近1年的測試證明了該方案的安全性、實用性、穩(wěn)定性,并且能夠滿足臨床、科研、教學的需求。

關鍵詞:開源軟件;影像中心;區(qū)域化

中圖分類號:TP393.09;R197.3? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標識碼:B? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?DOI:10.3969/j.issn.1006-1959.2019.02.002

文章編號:1006-1959(2019)02-0005-03

大數(shù)據(jù)的特征就是數(shù)據(jù)的共享應用,是研究人類社會宏觀行為的規(guī)律,為每個“個體”提供盡可能好的服務。個性化的服務也是強調(diào)以人為本的醫(yī)學領域的發(fā)展目標和方向。醫(yī)學影像科作為醫(yī)療領域最易數(shù)據(jù)化、信息化、互聯(lián)網(wǎng)化的學科,也應該是在大數(shù)據(jù)應用的最前沿的醫(yī)學學科。商業(yè)版本的醫(yī)學影像服務平臺多,大多數(shù)是基于大數(shù)據(jù)云所構(gòu)建的系統(tǒng),按照今年浙江省物價局(全國第一個制定的?。┙o出的收費標準為每個病例20元,保存7年,可以納入醫(yī)保收費范圍,如果按照我院的患者量計算(中等規(guī)模)1天的費用大概為7000元,1年的費用大概是255萬余元,如此高昂的費用中還不包括影像科醫(yī)生的會診費。因此,應用于一個大型醫(yī)聯(lián)體內(nèi)其成本代價非常高昂。醫(yī)學的本質(zhì)就是服務于人,促進人類的身心健康?;ヂ?lián)網(wǎng)的發(fā)展歷程本質(zhì)上也是一個資源共享、服務于人的過程。因此我們一直在構(gòu)想利用互聯(lián)網(wǎng)上共享的開源資源建立一個開放、包容、安全、有效、低成本的醫(yī)學影像中心。

1 開源軟件

開源軟件(Open source software,OSS),即為公開源代碼的軟件,可以自由使用和發(fā)布。本著開源的自由精神,我們將使用的服務器不再是收費Windows系統(tǒng),而是經(jīng)過客觀評定后證明安全可信的Linux系統(tǒng)下開源的Ubuntu作為服務器系統(tǒng)。隨著開源軟件的發(fā)展壯大,目前可用的開源醫(yī)學影像軟件較多,但大部分都是構(gòu)建在微軟的Windows系統(tǒng)上的,安裝相對簡單,但擴展性、自由度相對較低,由于是安裝在收費Windows操作系統(tǒng)之上,因此也不完全符合開源的精神,在經(jīng)過多次測試和比對之后,我們決定運用對Linux系統(tǒng)兼容性、寬容度更好的Dcm4chee作為PACS服務器軟件,Oviyam作為網(wǎng)頁發(fā)布服務器軟件,應用虛擬的技術(shù)實現(xiàn)廣域網(wǎng)的局域網(wǎng)化,通過測試證明了本方案的性能可以滿足臨床、科研、教學等多方面的需求。

2 系統(tǒng)與軟、硬件的配置

2.1操作系統(tǒng)及硬件? 我們運用基于Gnome的64位Ubuntu作為操作系統(tǒng),服務器硬件方面,具體配置CPU:英特爾至強E5-26300-2.30GHZ×12處理器;Graphics:Geforce GT-1050/PCIe/SSE2顯卡;Memory:金士頓DDR4 8G×2,16G內(nèi)存條;Disk:主存儲硬盤為西部數(shù)據(jù)2 TB硬盤。為了保證數(shù)據(jù)的安全,我們同時配置了一臺離線備份服務器,其具體配置如下:CPU:英特爾酷睿i7-3770k-3.50GHZ×4處理器;Graphics:Geforce GT-650Ti顯卡;Memory:DDR3 8G×4=32G內(nèi)存條;Disk:硬盤為英特爾120GB固態(tài)硬盤,存儲數(shù)據(jù)硬盤使用4塊希捷3T硬盤組成ZFS格式RAID-Z2(相當于RAID10)的文件系統(tǒng),組合后的容量約5.5TB,運用Raid-Z2主要是考慮數(shù)據(jù)的安全和擴容的便捷[1]。

2.2 PACS系統(tǒng)? 我們使用的PACS系統(tǒng)為Dcm4chee[2],采用開源的MySQL作為數(shù)據(jù)庫;應用服務模塊采用Java的開源應用軟件JBOSS;網(wǎng)頁服務模塊由JBOSS集成的tomcat 6構(gòu)建,網(wǎng)頁瀏覽模塊采用Google的Chrome瀏覽器管理PACS。Dcm4che支持兼容幾乎所有數(shù)據(jù)工作站軟件,支持C-MOVE、C-GET、WADO三種方式的數(shù)據(jù)調(diào)用或瀏覽。

2.3網(wǎng)頁服務器? 使用Oviyam作為網(wǎng)頁服務器來調(diào)用Dcm4chee PACS服務器上的影像數(shù)據(jù),工作站、手機及IPAD等可以通過該網(wǎng)頁服務器調(diào)閱影像數(shù)據(jù)[3]。

2.4遠程會診網(wǎng)絡的構(gòu)建? 遠程會診構(gòu)建最簡單的方法就是使用專線網(wǎng)絡,在廣域網(wǎng)上購買固定IP網(wǎng)域,其租用費用非常昂貴,10M帶寬的專網(wǎng)年租費大概2萬左右,其高價低速的缺點不利于PACS系統(tǒng)的實際構(gòu)筑,因此決定使用VPN技術(shù)(虛擬專線)來構(gòu)筑區(qū)域性虛擬局域網(wǎng),所采用的硬件為蒲公英×5路由器(支持1G帶寬),每個分院配置一臺接入互聯(lián)網(wǎng),通過簡單設置可以把每個分院的放射科虛擬在一個完整的局域網(wǎng)內(nèi),我院本部放射科作為影像中心,每個分院的數(shù)據(jù)均通過互聯(lián)網(wǎng)傳入本部中心服務器(相當于云端),每個分院通過工作站可以同在局域網(wǎng)內(nèi)一樣共享調(diào)用影像中心的數(shù)據(jù)。同時可以單獨安裝一臺配置較高的Oviyam服務器,通過專門的軟硬件將其映射到互聯(lián)網(wǎng),以供客戶端在任何時間任何地點自由的調(diào)閱影像中心的數(shù)據(jù),筆者曾經(jīng)在西班牙通過手機成功調(diào)閱我科圖像。只要在網(wǎng)絡速度正常的情況下仍可以快速、穩(wěn)定的調(diào)閱數(shù)據(jù)。我科本部的互聯(lián)網(wǎng)帶寬為200M,每個分院的帶寬均為100M,通過近1年的測試使用,基本滿足臨床實際工作的需求[4]。

3 軟件安裝與調(diào)試

3.1 Ubuntu的安裝與調(diào)試? Ubuntu采用18.04.1 live-CD的發(fā)行版本,按簡單提示就可以完成安裝。安裝完成以后把所有軟件和系統(tǒng)內(nèi)核升級到最新版本,然后安裝Google的Chrome瀏覽器,以便于對PACS服務器的維護[5]。備份服務器上通過Terminal終端配置ZFS文件系統(tǒng),其指令為:sudo apt-get install zfsutils? 創(chuàng)建ZFS池:

類似RAID 1(鏡像):sudo zpool create pool-×××(name) mirror /dev/sdc/dev/sdd(sd×,×為磁盤號)。

類似RAID 5(RAIDZ 1),所需磁盤數(shù)最好為3的倍數(shù):sudo zpool create pool-×××(name),raidz 1 /dev/sdc/dev/sdd/dev/sde

類似RAID 6(RAIDZ 2),所需磁盤最好為4的倍數(shù):sudo zpool create pool-×××(name),raidz 2 /dev/sdc/dev/sdd/dev/sde/dev/sdf

如果需要可隨時擴容,添加硬盤:sudo zpool create pool-×××(name)/dev/sd×(×為磁盤序號)。

3.2 Dcm4chee軟件的安裝與調(diào)式? 按照Dcm4chec需求依次安裝JDK、Mysql、JBOSS、Dcm4chee到Ubuntu系統(tǒng)內(nèi),特別注意為了防止內(nèi)存溢出可以在終端用Vim編譯run.sh腳本文件,將Java程序分配的初始內(nèi)存設置為maximum。

3.3 Oviyam軟件的安裝與調(diào)試? 下載Oviyam.war 軟件后,將該軟件包放在deploy目錄下,通過JBOSS服務器就可以直接調(diào)用Oviyam網(wǎng)頁。

3.4 CT、MR、DR、Oviyam與Dcm4chee的連接? 在CT、MR、DR、Oviyam的設置端填入Dcm4chee的AE Title、Host name、Port以及Retrieve Type的相應參數(shù),在Dcm4chee設置中填好Oviyam的AE Title,Port和Host name的參數(shù),測試連接成功后,就可以在客戶端工作站上運用chrome瀏覽器訪問Oviyam服務器采集數(shù)據(jù)了。

3.5工作站瀏覽圖像? Oviyam不支持微軟的IE瀏覽器,對Chrome的支持非常好,我們用任意接入虛擬局域網(wǎng)的電腦、手機通過Chrome瀏覽器輸入Oviyam服務器的網(wǎng)址就可以訪問PACS,譬如http://192.168.1.10:8080/oviyam進入網(wǎng)站后輸入用戶名及密碼后可以在設備項管理所需參數(shù),在調(diào)用圖像時可以像在C/S構(gòu)筑的專用工作站上一樣調(diào)節(jié)窗寬、窗位、測量CT值、測量距離等操作,在移動設備上也可以完成相似的操作(圖1~圖4)。

4 應用情況

通過上述方法我們成功的構(gòu)建了以我院本部為中心的影像診斷平臺,分院可以在10 min左右上傳1G左右Dicom格式的圖像到數(shù)據(jù)中心,而工作站由于使用的是壓縮后的JEPG圖像,可以在3~10 s調(diào)閱相應的圖像。經(jīng)過近1年的測試,系統(tǒng)運行平穩(wěn),尚未發(fā)生數(shù)據(jù)丟失。由于是基于VPN構(gòu)建的虛擬局域網(wǎng),只要手動配置每臺工作站上的IP地址(與VPN路由器相同網(wǎng)段),無需配置網(wǎng)關,就可以實現(xiàn)虛擬局域網(wǎng)與外網(wǎng)的隔離從而提高整個系統(tǒng)的安全性,同時由于服務器使用的是Linux系統(tǒng),目前尚未發(fā)生病毒入侵的安全事故。

5 總結(jié)

互聯(lián)網(wǎng)促使IT行業(yè)的快速發(fā)展,現(xiàn)代醫(yī)學影像學的發(fā)展和拓展借助于IT業(yè)的成長也得到迅猛的提升?;诨ヂ?lián)網(wǎng)的影像中心的逐漸普及是以后醫(yī)學影像信息技術(shù)的一個發(fā)展方向,構(gòu)建成本也必將由高昂趨向于低廉,平民化影像中心的普及有利于醫(yī)療成本的降低,有利于貧困落后地區(qū)的醫(yī)療質(zhì)量的提高。

基于開源軟件構(gòu)建的區(qū)域性醫(yī)學影像中心的建成可以實現(xiàn)各個分院只需配備技術(shù)人員,而診斷醫(yī)生集中在影像中心、甚至任何地方任何時段辦公,這樣就可以明顯提高工作效率,節(jié)省人力、物力的開支,具有很高的社會效益和經(jīng)濟效益。

參考文獻:

[1]沈巖.一種Linux環(huán)境下優(yōu)化ZFS同步寫性能的方法[J].高技術(shù)通訊,2015,25(2):151-156.

[2]譚松.醫(yī)院自建影像存儲與傳輸系統(tǒng)實踐[J].醫(yī)學信息學雜志,2013,34(10):28-30.

[3]Daniel Haak.A Survey of DICOM Viewer Software to Integrate Clinical Research and Medical Imaging[J].Journal of Digtal Imging,2016,29(2):206-215.

[4]閆子熙.基于4G VPN的無線遠程監(jiān)控系統(tǒng)[J].科技風,2018(11):8-9.

[5]王亞軍.Ubuntu Linux 操作系統(tǒng)的維護技術(shù)[J].電腦知識與技術(shù),2017,13(10):245-246.

收稿日期:2018-11-20;修回日期:2018-12-14

編輯/成森

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