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突破物理限制!十噸 即可存儲人類所有信息

2019-02-07 04:50王新凱
海外星云 2019年23期
關(guān)鍵詞:埃利試管測序

●王新凱

2019 年12 月10 日,MyHeritage 首席科學(xué)家、哥倫比亞大學(xué)副教授雅尼夫·埃利克在《自然- 生物技術(shù)》期刊上發(fā)表了一項最新成果,研究團(tuán)隊通過3D 打印制作了一只兔子,并且將這只兔子三維結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)以雙鏈DNA 結(jié)構(gòu)的形式內(nèi)置在打印材料中。也就是說,通過編碼和解碼,這只兔子模型實現(xiàn)了其自身數(shù)據(jù)的DNA 存儲和傳遞。

雅尼夫·埃利克表示,這項研究最大的突破在于實證了萬物皆可實現(xiàn)DNA 存儲的理論,且不受任何形狀限制,從存儲密度來看,10噸DNA 即可存儲人類已經(jīng)創(chuàng)造出的所有信息!在2019 年12 月13 日第三屆EmTech China 全球新興科技峰會的“賽博未來”版塊,雅尼夫·埃利克以“The DNA of Things”為題,為觀眾講述了DNA 存儲技術(shù)的潛在應(yīng)用,并且在演講現(xiàn)場向觀眾展示這只DNA 存儲數(shù)據(jù)的兔子。

作為MyHeritage.com 的首席科學(xué)家,雅尼夫·埃利克在基因隱私與眾包基因組數(shù)據(jù)領(lǐng)域的基礎(chǔ)研究工作方面做出了巨大貢獻(xiàn),曾因發(fā)現(xiàn)公開基因數(shù)據(jù)中存在的隱私漏洞被Nature稱為“基因黑客”。此外,他還創(chuàng)建了包含1300萬人口的家譜,是目前史上最大的譜系圖。

我們到底可以通過基因數(shù)據(jù)了解到哪些信息?我們還可以拿這些信息做些什么?還有哪些潛在的應(yīng)用?以下為埃利克在EmTech China現(xiàn)場的演講內(nèi)容(有刪減)。

在過去的70 年中,我們看到了技術(shù)不斷快速的發(fā)展,比如說在20 世紀(jì)50 年代,你需要6 個身強(qiáng)力壯的人去推一個大的設(shè)備,但是現(xiàn)在,智能手機(jī)的芯片可以搭載更多的信息,不會再需要這么多人來推動這么一個巨大的設(shè)備。除此之外,我們還有很多挑戰(zhàn),尤其是針對數(shù)據(jù)存儲方面。首先,我們不再像以前一樣享受一個狂歡的時代了,比如說現(xiàn)在存儲的量以及它成本之間的比例,是在不斷變化的,我們看到現(xiàn)在有很多不同創(chuàng)新的方法,基本上每年這個成本都可以降低30%。

但是,在2010 年,我們發(fā)現(xiàn)創(chuàng)新的速度在變緩,主要原因是我們很難把這些設(shè)備的成本變得更優(yōu)。另外一個是數(shù)字技術(shù)的演進(jìn),有些時候每一個設(shè)備搭建的架構(gòu)是不一樣的,你可能需要完全做一個數(shù)據(jù)和技術(shù)的遷徙。比如說我很喜歡的一個20 世紀(jì)70 年代的影片,可能是在一張光碟上,但是現(xiàn)在的設(shè)備已經(jīng)放不出來了,所以它可能是格式不對,或者是硬件不支持,有很多內(nèi)容已經(jīng)無法再讀取了。

接下來我想給大家解釋,是不是DNA 才是我們真正的存儲技術(shù)?首先可以看一下,在過去35 億年中DNA 都是存在的,而且在未來也會繼續(xù)存在著。我相信未來我們還是需要去借助DNA 的力量,它是任何生命物質(zhì)的組成部分,我們可以通過了解自己的DNA 來了解自己的組成。

20 世紀(jì)90 年代的一個光盤,可以看到上面的擦痕非常明顯,而且沒有辦法修復(fù),任何的數(shù)字技術(shù)都存在這樣的問題,你過了10 年之后,基本上這種硬件損毀就讓你沒有辦法去讀取它的信息。但DNA,你哪怕發(fā)掘出來了一個幾千年前的殘骸,都可以通過DNA 來了解當(dāng)時的情況。所以,我們就在思考DNA 是不是可以存儲信息,但怎么去打造基于這種DNA的文件呢?每一個文件其實都是一個序列(二進(jìn)制的組成),可能是0 和1,不管是文本,還是歌曲,都可以用這種形式存儲。DNA 其實也是一個序列,它是ATCG 幾種不同堿基的組合。我們可以給每一個字母去賦值,比如A 是00,C 是01,這樣就可以通過二進(jìn)制來描述這個DNA 的編碼,我們也可以利用合成化學(xué)技術(shù)做到這一點。

其中一個方法是用噴墨式打印機(jī),它其實是有不同噴墨針的,你可以把ATCG 放到噴頭上,它可以利用一些化學(xué)物質(zhì)來打印,生成一個DNA 的序列,最終的結(jié)果是我們可以拿到一個像試管一樣的物品,它是以液體的形式存在。如果你想讀取的話就可以放到一個序列儀上,通過測序儀來讀取出存儲的數(shù)據(jù)。現(xiàn)在我和我的團(tuán)隊也是希望能夠?qū)嵺`這個理念,我們用了一個計算機(jī)操作系統(tǒng),讀取了一個早年的電影,我們把所有的數(shù)據(jù)都放在了小的試管當(dāng)中,我其實就帶在了身上,你如果看不清楚,覺得什么都沒有,我其實就是這個意思,真的特別小,小到幾乎看不見。這個DNA 是存在于小的試管當(dāng)中,你可以通過測序儀去讀取它,這里面不會有任何的損失。

當(dāng)然這個技術(shù)有一個缺點,每一次你想去讀取這個文件的話,你就需要提取出這個液體中的一部分,如果你要是想無數(shù)次地去測序的話,可能最終樣本量會越來越少。我的女兒非常喜歡一部電影中的主題歌,你們可以想象,如果把這個歌的信息存儲在DNA 上,而你一直在測序的話,可能最后這個片段就剩的越來越少了,那該怎么辦呢?我們現(xiàn)在在想,人體內(nèi)的細(xì)胞其實是可以不斷地進(jìn)行DNA 的復(fù)制,我們其實可以通過PCR 做一個類似的擴(kuò)增,這是可以在實驗室內(nèi)完成的。這個文件我們能不能正確讀取呢?答案是可以的,我們經(jīng)過多次拷貝之后,可以看到兩個電影一模一樣,沒有任何的差別,是因為我們有非常好的糾錯代碼,雖然在復(fù)制過程中會出現(xiàn)錯誤,但是我們可以很好地把錯誤糾正過來。

雅尼夫·埃利克在演講中

另外我們做了一個實驗,也希望看一下在DNA 當(dāng)中我們的信息密度可以達(dá)到多少,一個DNA 最多可以儲存多少比特的信息。為了這個實驗,我們拿了這個試管,每一次我們拿出一滴,我們都會把它的濃度稀釋成過去的1/10,然后我們再拿一滴,再去稀釋它,再拿一滴,再去不停地稀釋,一直在重復(fù),直到我們沒有辦法再從一滴的液體當(dāng)中讀取到任何信息為止。我們最后得到的結(jié)論,我們最大的密度,在每一個DNA 上,上面可以有125“艾”字節(jié)的信息,所以說我們可以想象,基本上這么一個房間里面,全都是筆記本電腦的話,所有這些信息都可以儲存到一個DNA 上。大家可以想象一下,人類所創(chuàng)造的數(shù)據(jù)總量應(yīng)當(dāng)是10到24 次方,我們只需要10 噸的DNA 就可以儲存我們所有的電影、微信聊天記錄,所有人類創(chuàng)造出的數(shù)字信息,所有數(shù)字信息都可以在10 噸的DNA 上存儲,這10 噸的DNA 直接可以裝到一個大卡車上。

另外還可以跟大家分享一個我們的想法,我們可以想象一下傳統(tǒng)的存儲設(shè)備,他們都是有一定形狀的限制,CD 光盤我們之所以叫它光盤是因為它是圓的,你沒有辦法把它的形狀改變,你也沒有辦法折它,它必須是一個光盤才可以。膠卷像一個卷一樣,如果把它弄壞了信息就沒了。硬盤,我們把它叫做硬盤是因為它就是硬的,你沒有辦法去掰它,你也沒有辦法改變它的形狀,但是DNA 是一種液態(tài)的信息儲存方式,它的排列順序是沒有特定要求的。為什么我們不能使用這樣的技術(shù),使用材料把它填充進(jìn)來,然后把它做成我們的一般物品,這些常見的物品里面都有我們儲存信息的DNA。這次我們不把它放到試管里面,我們把它放到很小的硅珠當(dāng)中,然后我們用膠囊把它封住,再把這些小珠放到聚合物里面,比如說塑料,然后我們再把塑料做成我們想要的一些東西或者是形狀。我們生產(chǎn)了眼鏡的鏡片,當(dāng)中就有我們的硅珠,硅珠里面就有DNA,DNA里面有很多電影,如果你想看電影,只需要從里面剝出一小點的硅珠,然后把它解析開來,你就可以看電影了。

如果我們把左邊和右邊的鏡片進(jìn)行比較,可以看到它是完全透明的,左邊是沒有硅珠的,右邊的是有硅珠的。所以,我們可以把它做成非常常見的東西,比如你可以在這樣的硅珠當(dāng)中,去存儲一些個人信息、敏感信息,如你的密碼,你戴上這幅眼鏡,但根本沒有人會注意到它有什么不同尋常的地方。我手上的這只小兔子是3D 打印的,但不是一個一般的兔子,因為這個兔子里有DNA,這個DNA 里寫了如何打印這個兔子的3D 打印指令。我們可以想象一下,這樣一只小兔子里有生產(chǎn)它的具體指令,兔子里有硅珠,硅珠里有DNA 信息,這個DNA 信息就是如何制造這只小兔子的生產(chǎn)信息,我們只需要把這只小兔子的耳朵折下一點,讀取這個DNA 信息,進(jìn)行復(fù)制,就可以生產(chǎn)新的小兔子了。這是非??岬?,因為這些新生產(chǎn)的兔子也有DNA,所以我們不斷地復(fù)制這樣的小兔子,就像兔子繁殖一樣,我們不斷地復(fù)制、不斷地迭代。我們測試了一下,生產(chǎn)了6 代這樣的兔子,在最后一代的時候,我們還是能從最后生產(chǎn)的兔子里,提取到我們最原始的信息,沒有任何的錯誤,和一開始兔子上面的信息是一樣的。

物聯(lián)DNA 有什么樣的應(yīng)用呢?我們可以把各種各樣材料的生產(chǎn)方式放到材料本身,比如說我們可以在植入物當(dāng)中放上病人的醫(yī)療信息,以后等到這個植入物植入了20 年之后,可能患者的病例已經(jīng)沒了,我們只需從這名患者體內(nèi)拿出這個植入物,從里面提取信息就可以了。我們也可以用這樣的方式來生產(chǎn)各種各樣的汽車部件,如果說汽車有什么部件損壞了,我們只需要從這上面刮下來一點東西,就可以重新生產(chǎn)同樣的部件。第二個應(yīng)用就是隱藏信息,我們可以把一些常見的東西或者是物件當(dāng)作隱藏信息的載體,就像是我們的鞋帶、鏡片、襯衣或者是我們衣服上的扣子,所有這些都可以幫助我們來儲存和隱藏信息。甚至是我們也可以通過喝飲料的方式,把硅小球喝到肚子里面,然后需要的時候我們再把它排泄出來。第三個應(yīng)用就是我們自復(fù)制的機(jī)器人。因為我們知道機(jī)器人是沒有辦法自復(fù)制的,但是對于自復(fù)制機(jī)器人,他們需要有能力把自己的生產(chǎn)方式自動傳遞給下一代的機(jī)器人,但是我們的技術(shù)是可以幫助滿足這種標(biāo)準(zhǔn)和要求的,這就幫助我們更加接近了自復(fù)制機(jī)器人。

DNA 很有可能是我們終極的儲存設(shè)備,它的存儲密度要比我們其他的存儲技術(shù)都要高,而且它會更加持久,我們只要使用一個一般的DNA 測序儀,就可以把信息解析出來。因為我們沒有任何材料或者形狀上的限制,我們可以把DNA 注入到我們常見的物件當(dāng)中,然后成為我們常見物件當(dāng)中的一部分。

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