国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

桑樹MaPP2-B15基因的克隆、表達(dá)與序列特征分析

2018-07-13 06:00楊金宏孔衛(wèi)青
山西農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年7期
關(guān)鍵詞:韌皮部同源白粉病

楊金宏,孔衛(wèi)青

(安康學(xué)院,陜西省蠶桑重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,陜西安康 725000)

白粉病廣泛發(fā)生在黃瓜、小麥、草莓、蘋果、葡萄、甜瓜等多種作物中,患病植株的葉片散生白色細(xì)小霉斑,擴(kuò)大后連成一片,布滿葉背,病斑中央密生黃色小顆粒,逐漸增多,由黃色轉(zhuǎn)橙紅變褐,最后變成黑色,影響農(nóng)業(yè)生產(chǎn)。黃瓜白粉病是黃瓜栽培中的常見病害之一,ZHANG等[1](2015)在黃瓜對白粉病抗性基因的研究中發(fā)現(xiàn),黃瓜Csa5M650450.1參與了該病的防御反應(yīng),該基因是擬南芥AtPP2-B15的同源基因,這是一類N端為F-box結(jié)構(gòu),C端為PP2結(jié)構(gòu)的F-box蛋白(F-boxprotein,F(xiàn)BP),廣泛存在于酵母、擬南芥、小麥、蘋果等真核生物中[2-5]。

FBP是泛素連接酶的成分之一,參與植物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、內(nèi)噬作用、免疫、DNA修復(fù)以及蛋白降解等[2-3,6-8]。同時,PP2-B15 還與植物生長負(fù)相關(guān),對 Cd壓力敏感,可以作為Cd壓力生物標(biāo)記的候選[3,9-10]。番茄中PP2-B15是應(yīng)對salinity壓力的調(diào)節(jié)者[11]。MORANLAUTER等[12]利用鐵缺陷型培養(yǎng)基對大豆進(jìn)行處理,對參與大豆根和葉中早期缺鐵黃化病的信號基因進(jìn)行研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn),其與擬南芥AtPP2-B15同源基因在處理6 h后的根中表達(dá)上調(diào)。

桑里白粉病又稱白背病,廣泛分布于我國大多數(shù)蠶區(qū),主要對晚秋桑葉造成危害,使桑葉提前硬化,營養(yǎng)下降,嚴(yán)重時桑葉脫落,家蠶拒食桑葉,影響正秋蠶和晚秋蠶期的養(yǎng)蠶生產(chǎn)。通過桑里白粉病被害葉不同齡期養(yǎng)蠶成績的調(diào)查可知,該病葉片對幼蟲生命力及繭質(zhì)有較大的影響[13]。

根據(jù)已有研究對PP2-B15作用的描述,本研究利用同源克隆技術(shù),獲得了桑樹中的同源基因MaPP2-B15,并對其在桑樹葉片、葉柄、葉脈以及枝條桑樹韌皮部組織中的表達(dá)情況進(jìn)行了研究,旨在為進(jìn)一步研究該基因在桑樹中的作用奠定基礎(chǔ)。

1 材料和方法

1.1 試驗(yàn)材料

試驗(yàn)材料選取陜西省種植面積較大且對桑里白粉病具有一定抗性的強(qiáng)桑一號,取自安康學(xué)院恒口蠶??蒲谢兀⌒迈r葉片、葉柄、葉脈、韌皮部組織等提取總RNA。

1.2 MaPP2-B15基因的生物信息學(xué)分析與引物設(shè)計

基因信息從桑樹基因組數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站(http://morus.swu.edu.cn/morusdb/filebrowser)的桑樹同源基因數(shù)據(jù)庫獲取[14],以PP2-B15為目標(biāo)對功能列進(jìn)行檢索過濾,獲得一個ID為MOPG06953的桑樹同源基因,及其對應(yīng)轉(zhuǎn)錄本L484_007289的氨基酸序列。利用該序列對桑樹基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對tblastn檢索,獲得桑樹同源基因序列。primer premier 5.0 軟 件 設(shè) 計 引 物 序 列 為 :7289F:5′-ATGTTTTTACCAGAAGACTGTG-3′;7289R:5′-TGTTAGTCCTTAG-GCCTCACT-3′,引物由生工生物工程(上海)有限公司合成。

1.3 桑樹葉片RNA的提取與MaPP2-B15基因的RT-PCR擴(kuò)增

植物RNA提取試劑盒(Tiangen生化科技(北京)有限公司)完成桑樹葉片總RNA的提取,焦碳酸二乙酯(DEPC)處理水溶解提取的總RNA,配制1.2%瓊脂糖凝膠,對總RNA進(jìn)行電泳,檢測RNA的完整性,-70℃保存?zhèn)溆谩?/p>

M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶(北京全式金生物技術(shù)有限公司)對總RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,得到第1鏈cDNA,以此為模板,以7289F和7289R引物和NEB公司Taq DNA聚合酶進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性 3 min;94 ℃變性 30 s,52 ℃退火 45 s,72 ℃延伸50 s,30個循環(huán);最后72℃終延伸8 min。配制1.2%瓊脂糖凝膠,對PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測。

1.4 MaPP2-B15基因的克隆測序與序列分析

對PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行回收純化,連接pGEM-T載體(Promega)進(jìn)行克隆。連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化DH5大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞,陽性克隆進(jìn)行雙向測序(生工生物工程(上海)有限公司)。運(yùn)用sim4程序?qū)λ没蛐蛄械慕Y(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,序列推定蛋白的分子質(zhì)量、等電點(diǎn)等理化性質(zhì)通過在線EXPASY(http://www.expasy.org/)網(wǎng)站進(jìn)行分析,NCBI在線BLASTP比對對序列的相似性進(jìn)行分析,在線CDD預(yù)測基因編碼蛋白的結(jié)構(gòu)域,多重比對分析及分析結(jié)果的著色利用Clustal X 1.83軟件和Boxshade(http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html)網(wǎng)站進(jìn)行。

1.5 MaPP2-B15基因的表達(dá)

提取桑樹葉片、葉脈、葉柄和枝條桑樹韌皮部組織的RNA,運(yùn)用7289F和7289R引物進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增循環(huán)數(shù)為25,其他同1.3,1.2%的瓊脂糖凝膠電泳擴(kuò)增產(chǎn)物,EB染色。

2 結(jié)果與分析

2.1 桑樹MaPP2-B15基因PCR擴(kuò)增和克隆測序

以桑樹葉片為材料,進(jìn)行RNA提取、反轉(zhuǎn)錄,利用7289F,7289R引物對進(jìn)行桑樹MaPP2-B15基因的PCR擴(kuò)增和瓊脂糖凝膠電泳檢測,結(jié)果在約800 bp處獲得單一條帶(圖1),與預(yù)期大小相符?;厥赵摂U(kuò)增條帶并進(jìn)行克隆測序,獲得基因的序列818 bp(圖 2,GenBank 登錄號:MG546686)。

2.2 桑樹MaPP2-B15基因序列分析

2.2.1 MaPP2-B15基因結(jié)構(gòu)分析 以桑樹基因組框架圖為參照,運(yùn)用sim4程序分析桑樹MaPP2-B15基因位置結(jié)構(gòu)特征,結(jié)果顯示,基因有3個外顯子,外顯子內(nèi)含子邊界符合gt/ag規(guī)則(圖2)。

2.2.2 桑樹MaPP2-B15蛋白理化性質(zhì)和結(jié)構(gòu)分析MaPP2-B15基因編碼271個氨基酸,其中,正電荷氨基酸殘基(Arg+Lys)31個,負(fù)電荷氨基酸殘基(Asp+Glu)38個,理論等電點(diǎn)(pI)5.49,是一種酸性蛋白質(zhì)。分子式為C1363H2128N364O417S14,分子質(zhì)量為30.735 ku。預(yù)測蛋白質(zhì)的不穩(wěn)定系數(shù)為43.96,是一種不穩(wěn)定蛋白,脂肪系數(shù)和氨基酸殘基總平均疏水系數(shù)(GRAVY)分別為79.11和-0.384,是親水蛋白(圖 3)。

預(yù)測基因編碼的3~44位氨基酸為F-box結(jié)構(gòu)域,94~269位氨基酸為植物韌皮部蛋白結(jié)構(gòu)PP2結(jié)構(gòu)域(圖4),具有凝集素活性或結(jié)合RNA的特征。

在線BLASTP程序比對MaPP2-B15基因編碼的氨基酸序列,與川桑(Morus notabilis)的F-box蛋白(EXB60973)一致性為97%,與核桃(Juglans regia,XP_018858311)、土瓶草(Cephalotus follicularis,GAV67823)、葡萄(Vitis vinifera,XP_002279245)、木薯(Manihot esculenta,OAY44004)、橙子(Citrus sinensis,KDO70549)、橡膠樹(Hevea brasiliensis,XP_021682309)、榴蓮(Durio zibethinus,XP_022719471)、毛 果 楊 (Populus trichocarpa,ERP60237)、 可 可(Theobroma cacao,EOY11556)、麻風(fēng)樹(Jatropha curcas,KDP38872)、蓖麻(Ricinus communis,EEF 33114)、番木瓜(Carica papaya,XP_021898946)等的F-box蛋白PP2-B15一致性在55%以上,相似性均在70%以上。多重序列比對顯示,MaPP2-B15蛋白的F-box和PP2結(jié)構(gòu)域在各物種間比較保守,F(xiàn)-box結(jié)構(gòu)的保守氨基酸及其位點(diǎn)符合該結(jié)構(gòu)的典型特征(圖 5)。

2.3 MaPP2-B15基因的轉(zhuǎn)錄活性檢測

RT-PCR對MaPP2-B15基因在桑樹葉片、葉柄、葉脈和枝條韌皮部組織等中表達(dá)進(jìn)行檢測,電泳檢測結(jié)果顯示,基因在所檢測的各桑樹組織中均有表達(dá)(圖6)。

3 結(jié)論與討論

FBP由位于該類蛋白N端的F-box結(jié)構(gòu)域和位于C端的與蛋白相互作用密切相關(guān)的結(jié)構(gòu)域組成,其中,F(xiàn)-box結(jié)構(gòu)域由大約40~50個氨基酸組成,有幾個氨基酸殘基比較保守,一般為L/MP(6)I/V(3)L/M(11)S/C,其他位置缺少嚴(yán)格的保守序列,一般采用三級結(jié)構(gòu)的相應(yīng)數(shù)據(jù)庫來鑒定。本研究利用在線CDD預(yù)測桑樹MaPP2-B15基因編碼蛋白的結(jié)構(gòu)域,獲得其3~44位為F-box結(jié)構(gòu)域。

FBP家族是擬南芥最大的超家族,不僅參與植物生長素、赤霉素、茉莉酸、乙烯等信號途徑,而且還在植物發(fā)育、逆境以及植物受到不同外界環(huán)境、病原刺激和脅迫時的防御反應(yīng)中發(fā)揮重要功能[2-3,15]。李彥澤[16]在對擬南芥干旱基因相關(guān)基因的研究中,獲得一個受干旱誘導(dǎo)較明顯的F-box基因AtPP2-B11。本研究桑樹MaPP2-B15基因編碼的94~269位氨基酸為PP2結(jié)構(gòu)域,是植物韌皮部蛋白結(jié)構(gòu),具有凝集素活性或結(jié)合RNA的特征。RT-PCR技術(shù)檢測MaPP2-B15基因在所調(diào)查的桑樹組織器官中表達(dá)量無明顯差異。植物韌皮部蛋白在植物形態(tài)維持、抵御外界物理傷害及抗病方面有較大作用[17-20]。綜合本研究以及前人研究,推測桑樹MaPP2-B15基因可能參與了桑樹的多種生物學(xué)功能,對該基因及其功能的進(jìn)一步研究也將有助于我們對桑樹的生長發(fā)育及逆境生物學(xué)的了解。

猜你喜歡
韌皮部同源白粉病
一到春季就流行 蔬菜白粉病該咋防
以同源詞看《詩經(jīng)》的訓(xùn)釋三則
“鋌”有“直”義的詞源學(xué)解釋——兼說/直/義的同源詞族
看蕓薹根腫菌如何劫持植物的蔗糖?
同源賓語的三大類型與七項(xiàng)注意
拉薩設(shè)施月季白粉病的發(fā)生與防治
虔誠書畫乃同源
用于黃瓜白粉病抗性鑒定的InDel標(biāo)記
鎘污染來源對蘿卜鎘積累特性的影響
黃瓜白粉病的發(fā)生與防治