顧京晶

（1.湖南農(nóng)業(yè)大學 動物科技學院，湖南長沙410128；2.禽畜遺傳改良湖南省重點實驗室，湖南長沙410128）

全基因組關(guān)聯(lián)分析是利用SNP分子標記，借助統(tǒng)計學對影響復雜性狀的遺傳變異進行鑒定和分析的方法?，F(xiàn)在豬、牛、雞、羊、馬等畜禽都有商業(yè)化的SNP芯片可以購買使用進行快速全基因組SNP分型，然后通過關(guān)聯(lián)分析尋找顯著標記位點，在強顯著標記附近確定候選區(qū)域，再精細定位尋找候選基因，并驗證候選基因可靠性。

1 GWAS研究的特點和方法

GWAS研究的優(yōu)勢在于在資源家系、自然群體中都可進行研究，根據(jù)研究的群體結(jié)構(gòu)不同，常見的分析方法可分為基于不相關(guān)個體的關(guān)聯(lián)分析（Unrelated individual based association study）和基于家系的關(guān)聯(lián)分析（Family based association study）；并且GWAS研究并不需要在研究前構(gòu)建任何假設，即不需要預先依據(jù)那些尚未充分闡明的生物學基礎來假設某些特定的基因或位點與復雜性狀相關(guān)聯(lián)。

2 GWAS方法的局限性

但GWAS方法也有一些問題，如通過統(tǒng)計來分析遺傳因素和復雜性狀的關(guān)系，確定與特定性狀或復雜性狀關(guān)聯(lián)的功能性位點存在一定難度，同時也需關(guān)注調(diào)控區(qū)和轉(zhuǎn)錄區(qū)SNP，而由于大多數(shù)基因的功能暫未闡明，從而比較難于深入研究探討。同時等位基因、數(shù)量、類型、作用大小和變異頻率等，在不同性狀中可能具有不同特征。尋找到的SNP變異，可能只能解釋一部分特定表型出現(xiàn)的原因。另外，在一個群體中GWAS結(jié)果顯著的SNP在另外的群體中有時并不顯著。并且由于不同群體中可能具有不同的等位基因頻率，以及不同群體可能有著不同的連鎖不平衡區(qū)域LD。這些都是影響GWAS研究解讀和利用的眾多因素。

3 畜禽GWAS研究概述

以牛、豬、羊、馬、雞的GWAS為例：牛的商業(yè)化SNP芯片出現(xiàn)最早，在牛群體中GWAS研究較多，并且研究中使用的群體數(shù)目較大，目標性狀多關(guān)注于產(chǎn)奶性能、繁殖性狀、健康性狀（結(jié)核病，乳房炎等）、肉質(zhì)和胴體性狀［2］。豬60KSNP芯片于2009年問世，豬研究群體數(shù)目較少，但目標性狀較多，主要涉及的性狀有肉質(zhì)和胴體性狀、繁殖性狀、免疫和抗病性狀和毛色性狀。羊的SNP芯片分為綿羊50KSNP芯片和山羊50KSNP芯片，主要關(guān)注產(chǎn)毛、疾?。ㄈ湎x抗性，佝僂癥）、角的有無等性狀。馬主要使用Equine SNP70芯片，主要涉及的性狀有疾病（侏儒癥、昆蟲叮咬綜合癥等），最佳運動距離等。雞主要使用Chicken 60K芯片，目標性狀多關(guān)注生長性能、產(chǎn)蛋性能和繁殖性能。

4 結(jié)語

GWAS關(guān)聯(lián)研究是通過鑒定經(jīng)許多代數(shù)傳遞后仍保留完好的相鄰近DNA變異之間的DNA片段，檢測在一個群體中疾病和等位基因的相關(guān)性的存在與否。值得注意的是，GWAS分析后采用多重假設檢驗降低假陽性關(guān)聯(lián)，由于校正過于嚴格，有時會導致研究結(jié)果的假陰性升高，從而無法找到有意義的關(guān)聯(lián)突變。采用GWAS方法可以用于確定候選區(qū)域，進而精細定位，尋找候選基因。今后在畜禽育種中，可進一步尋找SNP標記以及其他變異，確定功能和結(jié)構(gòu)變異，探索候選基因的調(diào)控與表達，從而應用于生產(chǎn)實踐當中。