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冠心病家系的全基因組關(guān)聯(lián)分析與研究

2018-01-17 01:51:22高涵翔白明牛歡王永祥張鉦
醫(yī)藥前沿 2018年36期
關(guān)鍵詞:家系外顯子基因組

高涵翔 白明 牛歡 王永祥 張鉦

(蘭州大學(xué)第一醫(yī)院心血管內(nèi)科 甘肅 蘭州 730000)

冠心病是目前世界范圍內(nèi)危害最大的心血管疾病,據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì),2011年全因死亡患者中死于冠心病的患者比例高達(dá)13%[1]。基因流行病學(xué)研究認(rèn)為,冠心病家族史是最重要的獨(dú)立危險(xiǎn)因素,陽性家族史可以使冠心病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增加40-60%[2],而且長期隨訪過程中發(fā)現(xiàn),早發(fā)冠心病家族史與冠心病死亡率的增加密切相關(guān)[3]。

對于冠心病的遺傳易感性進(jìn)行全面客觀評(píng)價(jià)的方法與技術(shù)發(fā)展密切相關(guān)。全基因組掃描可以將疾病相關(guān)位點(diǎn)定位于特定染色體,然后利用微衛(wèi)星短陣重復(fù)序列或者單核苷酸多態(tài)性的差異具體分析,篩選局部區(qū)域疾病相關(guān)候選基因,或者通過基因芯片技術(shù)對于突變位點(diǎn)進(jìn)行精確定位,研究結(jié)果可靠,也是目前對于疾病相關(guān)基因進(jìn)行識(shí)別和鑒定的主要方法,其中主要包括全基因組連鎖分析和關(guān)聯(lián)分析,另外,隨著技術(shù)的發(fā)展,高通量DNA微陣列技術(shù)和全外顯子測序也廣泛應(yīng)用于多基因疾病的易感基因篩查研究。

全基因組連鎖分析是基于一個(gè)或多個(gè)家系的樣本,通過不同遺傳模型,在整個(gè)基因組水平上來尋找與家族聚集性疾病相關(guān)的連鎖區(qū)域的一種分析方法。通過該方法在疾病的家系研究中已經(jīng)檢測到3500個(gè)易感基因,涉及6000個(gè)單基因異常位點(diǎn)。全基因組連鎖分析主要應(yīng)用于家系研究,而且基因連鎖分析可以發(fā)現(xiàn)其他方法難以觸及的低頻,罕見,但可能疾病高度相關(guān)的基因變異[4],對于作用程度中等甚至較弱的易感基因不易發(fā)現(xiàn),而復(fù)雜疾病常為多因素多基因聯(lián)合作用導(dǎo)致,因此,該方法相對在單基因疾病的遺傳研究中更有優(yōu)勢。另外,連鎖分析在染色體上的定位通常是cM級(jí)別,也就是百萬個(gè)堿基對,這其中包含的成百上千的基因,所以無法精細(xì)定位出突變位點(diǎn)。

9p21是全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome Wide Association Studies,GWAS)篩選出的第一個(gè)冠心病遺傳易感區(qū)域,關(guān)于冠心病相關(guān)基因的GWAS研究就此拉開了序幕。后續(xù)的9p21的遺傳學(xué)研究指出,9p21與不同的血管表型,包括冠心病,心肌梗死,冠狀動(dòng)脈鈣化,外周動(dòng)脈疾病,腹主動(dòng)脈瘤均密切相關(guān),進(jìn)一步證實(shí)了GWAS的可靠性[5]。GWAS也因其直觀分析基因序列的特點(diǎn),世界范圍內(nèi)冠心病相關(guān)易感基因的多種族大樣本研究中被廣泛應(yīng)用,而且出現(xiàn)了大量關(guān)于GWAS的薈萃分析,也篩選出大量的冠心病以及脂質(zhì)代謝、高血壓等相關(guān)危險(xiǎn)因素的易感基因,同時(shí)還發(fā)現(xiàn)一些與粥樣斑塊形成和斑塊破裂相關(guān)的新的易感基因,所以,GWAS在易感基因篩選與精確定位上是頗有優(yōu)勢的。但是,通過大樣本研究也發(fā)現(xiàn)很多冠心病易感基因呈多重效應(yīng),例如ABO和SH2B3與冠心病相關(guān),也與其他疾病相關(guān)。而且,GWAS發(fā)現(xiàn)的冠心病相關(guān)位點(diǎn)只能解釋約11%的冠心病遺傳易感的原因,約25%的已知基因位點(diǎn)與冠心病并不直接相關(guān),而是與已知的冠心病危險(xiǎn)因素相關(guān),所以,基于SNP的GWAS分析對于識(shí)別基因的罕見變異是有局限性的[6]。

全外顯子測序發(fā)現(xiàn)APOC3有4個(gè)位點(diǎn)發(fā)生基因突變可導(dǎo)致血清甘油三酯水平下降,突變攜帶者血清APOC3蛋白水平大約是正常水平的一半,機(jī)體清除甘油三酯的速度加快。而且進(jìn)一步研究表明,與無突變個(gè)體相比,突變攜帶者冠心病的患病風(fēng)險(xiǎn)低40%[7]。除此之外,外顯子測序尚沒有發(fā)現(xiàn)與冠心病相關(guān)的罕見基因序列。外顯子測序選擇基因組的編碼序列針對性分析,相對于全基因測序來說,外顯子測序有高效、低成本的優(yōu)勢,但位于非編碼區(qū)域的易感位點(diǎn)則不能檢出。

目前技術(shù)手段發(fā)現(xiàn)的易感基因位點(diǎn)只能解釋極少數(shù)冠心病發(fā)病,大部分發(fā)病原因仍不得而知。近年研究發(fā)現(xiàn),異位顯性在多因素疾病中起了重要作用。部分冠心病的發(fā)病就是由于2個(gè)或以上基因互相作用,而且產(chǎn)生的效應(yīng)是某一冠心病危險(xiǎn)因素發(fā)生率升高,比如血脂、肥胖。研究表明,常見的甘油三酯升高相關(guān)的等位基因的效應(yīng)在瘦人中不明顯,胖人中明顯[8]。還有更多的冠心病相關(guān)的基因變異,現(xiàn)有的分子生物學(xué)技術(shù)沒有檢測到,可能因?yàn)橹虏∽饔萌?,或者發(fā)生頻率低,或者樣本量不夠,有待深入研究。

分子生物學(xué)層面的疾病研究與技術(shù)進(jìn)展密切相關(guān),對于現(xiàn)有冠心病基因?qū)W研究基礎(chǔ)上新的變異的探索,我們認(rèn)為以冠心病家系中的早期發(fā)病個(gè)體為研究對象是最優(yōu)選擇。另外,除了現(xiàn)有的基因?qū)W研究結(jié)果以外,對于已發(fā)現(xiàn)基因功能的了解非常有限,所以需要進(jìn)一步證實(shí)遺傳標(biāo)記物與疾病的因果關(guān)系和機(jī)制,這樣才能有助于靶向性藥物研發(fā)和個(gè)體藥物反應(yīng),達(dá)到精準(zhǔn)醫(yī)療的目的。

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