土家族醫(yī)學是通過對土家族“口碑文獻”和民間醫(yī)藥抄本搜集整理，總結出的源于民間的醫(yī)藥和鄉(xiāng)土療法，經(jīng)歷代藥匠（土家族對醫(yī)生的稱呼）在實踐中探索和經(jīng)驗總結，使之成為形式特殊、內(nèi)容廣搏、民族氣息濃厚的土家族醫(yī)學。

土家族醫(yī)學的基礎理論是土家族對人體生理結構和功能的基本認識，“三元學說” 為土家族醫(yī)學基礎理論的核心。其他理論還有十竅、肢節(jié)、筋脈、氣血精三元物質理論等。

1. 三元學說

土家醫(yī)將人體內(nèi)臟概括為三部分，即上、中、下三元。上元為天，中元為地，下元屬水，藉自然界的天、地、水來囊括人體的內(nèi)臟和功能。

上元主要包括腦、心、肺，共居上天，統(tǒng)攝人體氣血神志，為三元之首。

中元主要包括肚、腸、肝，共居腹內(nèi)，為水谷出入之地，水精、谷精化生之處，像大地之長養(yǎng)萬物，為三元供養(yǎng)之本。

下元包括腰子、尿脬、養(yǎng)兒腸或精脬，共居下元，有排泌余水之功，為人體孕精生成之處，生命發(fā)生之根。

三元是人體組織結構的最重要組成部分。人類活動的生命物質——氣、血、精都是由三元中的內(nèi)臟所產(chǎn)生；人體的各種生命現(xiàn)象均受三元的內(nèi)臟所支配；人體的氣血，經(jīng)天、而地、至水循環(huán)往復并灌注于全身，以維持人體正常的生命活動。

2. 十竅

關于人體的孔竅，土家醫(yī)概括為十竅，其中有九大竅，和一小竅，即眼二竅、耳二竅、鼻二竅、口一竅、肛門一竅、尿孔一竅，共計十竅，又稱為十孔。其外還有皮膚上無數(shù)個小小的汗孔。

3. 肢節(jié)

肢節(jié)包括肢體、骨頭和榫三部分。肢體分為手肢（上肢）、腳肢（下肢）和腰肢（軀干）三部分；骨頭有長骨、短骨、大骨、小骨之分，土家民間有“七十二大骨，三十六小骨”之說；兩骨聯(lián)合處稱為榫，又稱為骨節(jié)，榫的主要作用是聯(lián)結骨頭和肢體運動。

4. 筋脈

筋脈包括筋和脈兩個部分，有大、中、小之分和內(nèi)外之別。筋脈遍布于人體各個部位，是溝通天、地、水三元和聯(lián)系人體上下、內(nèi)外、表里的獨特系統(tǒng)。其主要功能是運載氣血精，濡養(yǎng)軀體，以維持人體各個部分的正常功能。

5. 氣血精三元物質理論

人體的生命活動，主要依據(jù)三元臟器的功能正常，而這些臟器功能的實現(xiàn)又以氣血精為物質基礎。氣血精不斷地循環(huán)轉換，滋養(yǎng)著人體的各個組織器官，保證各個組織器官功能的實現(xiàn)，才能使人體得以維持正常的生命活動。