1937年全面抗戰(zhàn)爆發(fā)后，國民政府在戰(zhàn)爭的壓迫下，將首都遷到位居“天府之國”且“綰轂西南，控扼江漢，尤為國家重鎮(zhèn)”的重慶，并于同年11月20日發(fā)布《國民政府移駐重慶宣言》。

11月26日，國民政府主席林森率文官、主計、參軍三處的部分人員抵達重慶，并于12月1日在重慶大溪溝簡陋的新址（原四川省立重慶高級工業(yè)職業(yè)學校，今重慶市人民政府辦公地）正式辦公，從而揭開了中華民族有史以來最大規(guī)模的一次政府首腦機關自東向西遷徙的序幕。

重慶的第一次直轄

隨著國民政府、國民黨中央遷抵重慶，我國東部沿海地區(qū)眾多的工礦企業(yè)、文化教育機關、大中學校、學術團體等也紛紛西遷重慶；中共中央代表團以及戰(zhàn)前持不同政見、不同治國主張的各民主黨派中央機關和主要領袖也相繼抵達重慶；先前來往、散居于全國各地的大批豪士俊杰和社會名流也匯聚于此。重慶，由一座古老的內(nèi)陸城市一躍而成為國民黨中央、國民政府的所在地，國民黨統(tǒng)治區(qū)政治、經(jīng)濟、軍事、文化、教育、外交和社會的統(tǒng)治與活動中心，以國共兩黨合作為基礎、各抗日民主黨派參與其中的中國抗日民族統(tǒng)一戰(zhàn)線的重要活動舞臺，世界反法西斯戰(zhàn)爭遠東戰(zhàn)場的指揮中心。

抗戰(zhàn)爆發(fā)后，隨著重慶政治地位的提高，經(jīng)濟文化事業(yè)的迅猛發(fā)展，市區(qū)人口的快速增加，顯然，重慶原有的市政組織、市區(qū)范圍已經(jīng)遠遠不能適應其作為中國戰(zhàn)時首都的形勢和需要。為此，國民參政會參政員胡景伊等21人于1938年7月召開的國民參政會第一次大會上，向大會提交了《建議改重慶市為甲種市案》的提案，獲得了大會通過并決議：“原則通過，送政府參考”。

國民政府行政院奉悉后，于1938年10月11日舉行第384次院務會議，決議“重慶市政府暫準援照直屬市之組織，將所屬局長改為簡任待遇，并除原有警察局外，增設社會、財政、工務、衛(wèi)生四局。市組織法第9條列舉各款，除營業(yè)稅外，均劃為市財政收入，并由中央酌予補助。會計應行獨立，會計主任由國民政府主計處派員充任。該市仍隸屬于四川省政府，惟為增加行政效率，以赴緊要事功起見，該市政府遇必要時，得逕函本院秘書處轉呈核示，同時呈報四川省政府”。

重慶市政府奉令后，即于1939年1月起擴大市政府組織，“將原有社會、教育兩科合并改設社會局，財政、工務兩科擴大為財政、工務兩局，警察局仍舊，惟內(nèi)部組織亦予擴充，另增設衛(wèi)生局及會計室，并仍設置秘書處”。

1939年4月，國民政府行政院向國防最高委員會提議稱：“查重慶市向為西南重要商埠，現(xiàn)已蔚成政治文化中心，該市政府雖系援照直隸市組織，因事務日繁，其行政系統(tǒng)及政權，亟須明確規(guī)定，以資運用。茲為促進行政效率，適應實際需要，擬即將該市改為直隸于行政院之市?！痹撎嶙h得到了國防最高委員會的批準，從而完成了改重慶市為行政院直屬市的法律程序，只剩待機公布了。

1939年初夏，日機對重慶實施“五三”“五四”大轟炸，給重慶帶來巨大的損失。面對災難，重慶人民不畏強暴、堅持抗戰(zhàn)，他們所表現(xiàn)出來的決心、信心和勇氣，促使國民政府于大轟炸之次日（5月5日）果斷地向全國乃至整個世界發(fā)布“重慶市，著改為直隸于行政院之市”的明令，用短短的14個字，回答了日機對重慶的野蠻轟炸，回報了重慶市民的巨大犧牲，表明了政府當局的抗戰(zhàn)決心。

重慶改為國民政府行政院直轄市后，隨即改組重慶市政府，1939年5月11日，國民政府任命原國民政府軍事委員會委員長重慶行營代主任賀國光為重慶市市長。5月15日，賀國光正式就任重慶市市長職。

省市界限劃分緊鑼密鼓進行

國民政府遷都重慶后，市區(qū)人口急劇增加，市面日益繁華。為應對日機的頻繁轟炸，減少損失，避免無謂犧牲，政府當局開始向重慶市郊疏散人口，從而使得環(huán)重慶周邊的一些地區(qū)也漸次繁榮起來。

1939年3月，國民政府行政院指定“沿成渝公路自老鷹巖至北碚一段”為國民黨中央各機關遷建區(qū)。5月5日，國民政府改重慶為行政院直轄市后，同時擴大市區(qū)，將久議未決的巴縣、江北兩縣縣政府遷出市區(qū)辦公，市屬“區(qū)”級行政組織也由原來的6個增加到12個。6月14日，蔣介石手令“沙坪壩、磁器口、小龍坎等處，均應劃歸重慶市政府”。重慶市政府即于8月設立“重慶市政府沙磁區(qū)臨時辦事處”對之進行管轄。

與此同時，重慶直轄后的省市界限劃分，也在緊鑼密鼓地進行。經(jīng)過四川省、重慶市以及巴縣、江北兩縣代表的長時間磋商，至1940年2月基本劃定并得到了國民政府內(nèi)政部、行政院及國防最高委員會的批準，其中從江北、巴縣劃入市區(qū)的地方分別是：

甲、江北方面：（一）東北：東自巴縣境內(nèi)濱長江之大興場對岸起，向西北登鐵山坪，沿鐵山坪侖埂上半山，復沿新路下山，至莫家橋，沿溝經(jīng)鐘家橋、土地堡、中嶺領崗、罐子山、三根樹、難乾沖、跑馬坪、甘蔗堡、印子石，西行復經(jīng)白垣墻、界野、野豬坡至段家橋，折向南行經(jīng)胡家嵐埡、葫蘆丘、老茶亭至觀音橋。（二）西北：由觀音橋折向西行，經(jīng)霧露孔、長石壩、胡家?guī)r、巖口、紅土地、牌坊灣、賈家梁、牯牛石、雞子巖、山王廟、謝家灣、顏家祠至一碗水（以上屬龍溪鄉(xiāng)），復經(jīng)龍脊山、觀音廟（即乾堰塘）、望夫臺至王家灣（以上屬仁和鄉(xiāng)），復迤邐向西北行，經(jīng)黑垣墻、藍橋寺、大坪、石子山，及梁沱為止（以上屬石馬鄉(xiāng)）。

乙、巴縣方面：（一）東南：東自大興場起，經(jīng)硯臺石、毛房基、響水洞、水口廟繞張家坡沿海廣支線迤邐西南行，抵黃葛埡。（二）正南：自黃葛埡起，經(jīng)張家?guī)r、上雷家鋪子、黃葛墩、觀音廟、母豬樓、紅槽房、老廠，直達乾天池，由乾天池折向西行，至大路坊，后沿溪西北行入江，以江心為界，達泥鰍濠，溯濠而上，經(jīng)小溪溝、小石壩、楊森橋，及石橋場。（三）西南：由石橋場沿東大路西上，及上橋折而西北行，經(jīng)道溝抵山洞，沿成渝路，經(jīng)新開寺，繞歌樂山及高店子，達千金堡，北上經(jīng)猴子洞、乾堰塘至青草坡，迤邐東行，經(jīng)獅子口，九梁子，繞雙碑，及二十五廠，堆金石，抵嘉陵江為止。

除此之外，省、市、縣三方還就雖有協(xié)議但未能取得最后意見的地方，都作了說明，并請內(nèi)政部轉行政院核示賜復。

巴縣、江北兩縣縣政府的遷出，使市區(qū)范圍有所擴大，全市由原來的6個區(qū)擴大改組為12個區(qū)，區(qū)下原有的基層組織——聯(lián)保，也均改為“鎮(zhèn)”，受區(qū)領導；鎮(zhèn)下為保，保下為甲。至1940年12月，重慶市共有12個區(qū)，54鎮(zhèn)，528保，5591甲。

特殊地位推動重慶各項建設

1940年9月6日，重慶繼改為國民政府行政院直轄市一年零四個月后，又被國民政府明定為中華民國的“陪都”。重慶的各項建設，也開始提升到國家層面。1941年2月，國民政府在行政院內(nèi)成立“陪都建設計劃委員會”，專門負責陪都規(guī)劃建設事宜。

重慶市政府也加快了省市界線劃定后的接收工作。1940年11月，由市警察局負責的行政區(qū)域的接收工作初步完成，重慶的行政范圍進一步擴大。到1941年6月，重慶市政府對新接收市區(qū)的設區(qū)建政工作基本完成后，重慶市政府于新接收的市區(qū)內(nèi)，設立了區(qū)署4個，分駐所16個，另設立直屬分駐所1個，分別辦理各管區(qū)內(nèi)的警衛(wèi)治安事宜。由此一來，重慶市的行政區(qū)劃就增加到16個區(qū)，外加1個直轄的警察分駐所，全市行政區(qū)域的總面積（包括河道）也擴大到450101市畝，約等于300平方公里（1平方公里等于100公頃，1公頃等于15市畝）。

隨著重慶城市的擴大，重慶的水陸面積也日益增多。為了加強對重慶水域及其住在江邊各船戶的管理，1941年4月，重慶市警察局專門設立水上分局，下轄彈子石、海棠溪、黃沙溪、磁器口、香國寺、千廝門、朝天門7個派出所。6月10日，重慶市警察局以水上分局成立后，“其所管之水上特種戶口甚多，自非陸上分局所能管轄”為由，呈文重慶市政府，請求遵照“因地制宜”的原則，“另設水上區(qū)署，編組水上保甲”，并建議“其所轄各水上派出所，則不設鎮(zhèn)而改稱為水上聯(lián)保辦公處，仍以水上分局分局長及各派出所巡官，兼任水上區(qū)區(qū)長及各聯(lián)保辦公處主任。以期事實法令，兩均兼顧”。6月17日，重慶市政府訓令市警察局，對于所呈各節(jié)，“準予照辦”。

同年6月1日，“重慶市政府水上區(qū)區(qū)署”在江北木關街2號正式成立。所屬的各聯(lián)保辦公處，除了磁器口一地尚未成立外，其余的彈子石、海棠溪、黃沙溪、香國寺、千廝門、朝天門6個聯(lián)保辦公處，也均于6月1日宣告成立（1942年1月，各水上聯(lián)保辦公處奉令改為鎮(zhèn)），管轄的水域面積大約44293畝，約合29.53平方公里。

1943年5月19日，國民政府修正公布新的《市組織法》，規(guī)定市以下設區(qū)，區(qū)之下實行保甲制，并規(guī)定以10—30戶為1甲，10—30甲為1保，10—30保為1區(qū)。令飭各地遵照執(zhí)行。于是，重慶市政府決定根據(jù)《市組織法》第4條的規(guī)定，對本市所屬各區(qū)的保甲組織進行重新整編。據(jù)此，重慶市警察局擬定了《重慶市政府調(diào)整區(qū)以下地方自治組織實施辦法》，呈報重慶市政府，并由重慶市政府市政會議討論通過。

遵照《重慶市政府調(diào)整區(qū)以下地方自治組織實施辦法》第6條中有關“各區(qū)整編保甲戶口時，將原水上區(qū)撤廢，其所屬保甲改隸于附近之陸上區(qū)”的規(guī)定，1944年9月9日，重慶市政府明令訓示水上區(qū)區(qū)署：“水上區(qū)應予裁撤，所有該區(qū)所屬保甲戶口，應即遵照編整辦法及附表所列，改編隸屬于附近之陸上區(qū)保甲”要求水上區(qū)區(qū)署遵照執(zhí)行并于月底前辦理完竣具報。奉此命令，重慶市政府水上區(qū)宣告撤銷，所屬各水上鎮(zhèn)及其下屬的保甲組織，分別改隸于鄰近的陸上區(qū)鎮(zhèn)、保甲管轄。

在水上區(qū)奉令撤銷的同時，重慶市政府又遵照《重慶市政府調(diào)整區(qū)以下地方自治組織實施辦法》第6條中的有關規(guī)定，將原第十一區(qū)劃分為第十一及第十八區(qū)兩個區(qū)。第十八區(qū)管轄原第十一區(qū)所屬的彈子石、竅角沱、雞冠石等地。重慶市政府第十八區(qū)區(qū)署于1944年10月1日宣告成立。

除此之外，重慶市政府還于1944年9月27日公布《重慶市區(qū)公所組織規(guī)程》及《重慶市區(qū)保辦公處組織規(guī)程》。依此規(guī)程，原有區(qū)署，自10月1日起，一律改為區(qū)公所；各區(qū)原設的鎮(zhèn)公所，一律撤銷，改名為保。

十八區(qū)奠定重慶主城區(qū)基礎

經(jīng)一番調(diào)整整編后，到1946年國民黨中央政府還都南京之前，重慶市十八區(qū)的基本情況是：

第一至第八區(qū)，大部分處于今化龍橋、浮圖關、黃沙溪以東的渝州半島地區(qū)，包括以重慶老城區(qū)為基礎并首次向西拓展的部分新城區(qū)，也即今重慶市渝中區(qū)的核心部分；

第九、十區(qū)以及第十六區(qū)的管轄范圍，地處嘉陵江北岸，系在原江北老城、江北市政管理處基礎上不斷向東、西、北拓展而成，也即今重慶市江北區(qū)的核心部分；

第十一、十二、十五、十八區(qū)地處長江南岸，系在原南岸市政管理處基礎上不斷向東、西、南拓展而成，也即今重慶市南岸區(qū)的核心部分；

第十三、十四區(qū)系抗戰(zhàn)時期隨著重慶人口增多、市區(qū)人口疏散、郊區(qū)逐漸繁華而從巴縣劃歸重慶的新市區(qū)，也即今重慶市沙坪壩區(qū)的核心部分；

第十七區(qū)位于重慶老城區(qū)西部，與原重慶市新城區(qū)相鄰，也系抗戰(zhàn)時期逐漸發(fā)展繁榮后而從巴縣劃歸重慶的新市區(qū)，即今天重慶市九龍坡區(qū)的核心部分。

抗戰(zhàn)時期重慶的建置以及區(qū)劃設置與調(diào)整，基本上奠定了如今重慶主城區(qū)的基礎，也奠定了其在重慶行政區(qū)域內(nèi)的核心地位，日后的重慶，就是在此基礎上不斷發(fā)展、擴大的。

抗戰(zhàn)勝利后，國民政府還都南京，抗戰(zhàn)初期遷至重慶的眾多機關、工廠、學校、團體等，也紛紛遷返原地。重慶的“戰(zhàn)時首都”地位已不復存在，其作為全國政治、經(jīng)濟、軍事、文化中心的地位也大大下降。但重慶仍是國民政府明定的中華民國的“陪都”，也是當時為數(shù)不多的國民政府行政院直轄市之一，國民黨在西南地區(qū)的政治、經(jīng)濟、軍事、文化中心。

在此期間，重慶市政府的內(nèi)設組織略有調(diào)整變化，但重慶市政府所屬基層組織與行政區(qū)劃，則與抗戰(zhàn)后期大體相同，除個別區(qū)、保作了微調(diào)外，基本沒有變化。

至1949年2月，重慶市總計有18區(qū)、416保、8226甲。