杜巖巖,王 太,楊順文,史小寧(甘肅省水產(chǎn)研究所/甘肅省冷水性魚類種質(zhì)資源與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,甘肅 蘭州 730030)
秦嶺細(xì)鱗鮭物種有效性的探討
杜巖巖,王太,楊順文,史小寧
(甘肅省水產(chǎn)研究所/甘肅省冷水性魚類種質(zhì)資源與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,甘肅 蘭州 730030)
采用PCR技術(shù)獲得細(xì)鱗鮭秦嶺亞種25尾個(gè)體的線粒體DNA控制區(qū)598bp的序列,從GeneBank下載黑龍江流域的尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭的同源序列,以近緣物種哲羅鮭為外類群,構(gòu)建了中國細(xì)鱗鮭屬的分子系統(tǒng)發(fā)育樹,并結(jié)合形態(tài)特征討論了細(xì)鱗鮭秦嶺亞種的有效性。遺傳結(jié)構(gòu)分析顯示,秦嶺亞種與黑龍江流域兩種細(xì)鱗鮭之間以及后兩種細(xì)鱗鮭之間的遺傳距離分別為:0.0202,0.0207,0.0199,明顯大于細(xì)鱗鮭屬種內(nèi)遺傳距離:0.0023,0.0033,0.0091。以鄰接法(NJ)和最大簡約法(MP)構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹表明,秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭單獨(dú)構(gòu)成一個(gè)單系群,而黑龍江流域的兩種細(xì)鱗鮭構(gòu)成一個(gè)大的支系。以上結(jié)論證明了秦嶺細(xì)鱗鮭已經(jīng)達(dá)到了亞種水平的分化,該研究的結(jié)果支持形態(tài)分類上秦嶺亞種的分類地位。
線粒體DNA控制區(qū)基因;分類地位;秦嶺細(xì)鱗鮭
細(xì)鱗鮭(Brachymystaxlenok)隸屬于鮭形目鮭科鮭亞科。在我國主要分布在東北地區(qū)黑龍江流域、綏芬河、圖們江、鴨綠江;新疆的額爾齊斯河;河北省北部白河及灤河上游以及秦嶺北麓渭河流域[1,2]。黃洪富等(1964)在渭河上游首次發(fā)現(xiàn)細(xì)鱗鮭的分布[3],超出了張春霖(1957)和T.B.尼科里斯基(1960)等認(rèn)為細(xì)鱗鮭只分布在蘇聯(lián)西伯利亞、中國東北以及朝鮮鴨綠江流域的范圍。李思忠(1966)根據(jù)幽門盲囊、側(cè)線鱗和最小性成熟年齡等形態(tài)學(xué)和生理學(xué)特征,把分布在秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭定名為細(xì)鱗鮭的一個(gè)新亞種-秦嶺亞種Brachymystaxlenok tsinlingensis Li,同時(shí)指出分布在黑龍江和新疆等地的細(xì)鱗鮭為指名亞種Brachymystax lenok(Pallas),并沿用多年。隨后李國良(1986)將分布于河北北部的細(xì)鱗鮭也歸屬于秦嶺亞種[4]。到了20世紀(jì)80年代,一些學(xué)者基于形態(tài)學(xué)(宋世良等,1984;王鴻媛,1988;秦樹臻等,1989)對分布于黑龍江流域與分布于秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭進(jìn)行研究,指出分布于河北、甘肅與東北地區(qū)的細(xì)鱗鮭的側(cè)線鱗、鰓耙數(shù)以及幽門垂數(shù)等主要性狀上的差異并不明顯,并用生化(秦樹臻等,1989)的方法對河北、東北及甘肅采的細(xì)鱗鮭進(jìn)行肌肉、腦及肝組織中的LDH進(jìn)行同工酶譜分析,結(jié)果也顯示并無明顯差異,于是指出在我國分布的細(xì)鱗鮭只有一種,并無秦嶺亞種的分化[5-7]。馬波等(2005;2009)基于形態(tài)學(xué)與線粒體DNA控制區(qū)序列分析了黑龍江流域的細(xì)鱗鮭,并認(rèn)為在黑龍江流域有兩種,即鈍吻細(xì)鱗鮭Blunt-snouted lenok與尖吻細(xì)鱗鮭Sharp-snouted lenok,但對于古黃河及秦嶺等地區(qū)的細(xì)鱗鮭屬于亞種分化還是屬于地理種群分化沒有進(jìn)行分析[8-9]。夏穎哲等(2006)研究顯示,分布于我國東部地區(qū)不同水系的細(xì)鱗鮭種群間產(chǎn)生顯著的遺傳分化,但未對是否存在秦嶺亞種分化進(jìn)行探討[10]。
線粒體DNA(mtDNA)由于結(jié)構(gòu)簡單、進(jìn)化速度快、幾乎不發(fā)生重組、嚴(yán)格的母系遺傳等特點(diǎn),使得mtDNA成為探討物種起源、系統(tǒng)發(fā)生和種內(nèi)遺傳分化的有效遺傳標(biāo)記[11]。mtDNA控制區(qū)(D-loop)為非編碼區(qū),選擇壓力小,所以比其他線粒體基因的進(jìn)化速率更快[12],因此,mtDNA控制區(qū)序列已經(jīng)廣泛應(yīng)用于研究近緣物種、較遠(yuǎn)緣物種和快速形成的物種間系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系與一些物種的有效性[13-15]。本研究測定了秦嶺地區(qū)細(xì)鱗鮭的線粒體控制區(qū)的部分基因序列,結(jié)合GenBank中已知細(xì)鱗鮭屬魚類的基因序列進(jìn)行分子系統(tǒng)關(guān)系研究,旨在為細(xì)鱗鮭秦嶺亞種的分類學(xué)地位提供分子生物學(xué)依據(jù)。
1.1樣品采集和DNA提取
細(xì)鱗鮭秦嶺亞種主要分布于秦嶺地區(qū)的渭河流域較大支流中。野外采集到25份尾鰭樣品(表1),1尾采自甘肅華亭縣境內(nèi)的麻庵河(25號樣品),2尾采自武山縣境內(nèi)的西河(23,24號樣品),22尾采自張家川回族自治縣內(nèi)的馬鹿河(1~22號樣品),用無水乙醇固定帶回實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行分析。主要形態(tài)學(xué)特征比較見表2。采用酚/氯仿法提取基因組DNA,從Genbank里下載細(xì)鱗鮭控制區(qū)的同源序列。
表1 樣本的名稱、來源及單倍型
表2 不同地區(qū)細(xì)鱗鮭主要形態(tài)比較
1.2 PCR擴(kuò)增和序列測定
擴(kuò)增mtDNA控制區(qū)序列的引物:正向引物為:LRBT-25:5′-AGA GCG CCG GTG TTG TAA TC-3′;反向引物為:LRBY-1195:5′-GCT AGC GGG ACT TTC TAGGGT-3′[16]。PCR反應(yīng)體系為25 μL,其中包括1 UTaqDNA聚合酶(TaKaRa),1 μLdNTPs(2.5 mmol/L),5 μL 10xTaq buffer(TaKaRa,含Mg2+),兩條引物(10 mmol/L)各1 μL,3 μLDNA模板,其余雙蒸水補(bǔ)足。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性3 min;94℃變性45 s,55℃退火45 s,72℃延伸45 s,共30個(gè)循環(huán);反應(yīng)結(jié)束后在72℃再延伸8 min。PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測后送上海美吉生物工程公司純化并測序,測序引物為擴(kuò)增引物。
1.3數(shù)據(jù)分析
測序獲得的序列通過Chromas 1.45軟件獲得原始序列數(shù)據(jù),并進(jìn)行人工校正;利用CLUSTAL X2軟件對所有序列進(jìn)行比對。用DnaSP 5.0軟件計(jì)算單倍型數(shù)、單倍型多樣性和核苷酸多樣性等;運(yùn)用Arlequin 3.1軟件計(jì)算各種間的遺傳分化指數(shù)FST值;用Mega 4.0軟件統(tǒng)計(jì)堿基組成,用Kimura2-papamter模型計(jì)算單倍型及群體間的遺傳距離,并以細(xì)鱗鮭的近緣物種哲羅鮭Hucho taimen(AY862359)為外類群,用鄰接法(NJ)和最大簡約法(MP)構(gòu)建細(xì)鱗鮭屬分子系統(tǒng)樹,系統(tǒng)樹中節(jié)點(diǎn)的自舉置信水平應(yīng)用自引導(dǎo)估計(jì),循環(huán)次數(shù)為1 000次。
2.1形態(tài)學(xué)比較
結(jié)合文獻(xiàn)資料,由表2可以看出,李思忠以幽門盲囊、鰓耙數(shù)、側(cè)線鱗和體長等可數(shù)可量性狀將分布在秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭作為新亞種的做法有欠缺依據(jù)不足,通過比較可以明顯看出,五個(gè)地區(qū)的細(xì)鱗鮭在幽門盲囊、鰓耙數(shù)和側(cè)線鱗等可數(shù)性狀上呈連續(xù)分布,且相互之間重疊率較高,其中秦嶺地區(qū)細(xì)鱗鮭的幽門盲囊(69-88)與灤河地區(qū)細(xì)鱗鮭幽門盲囊(66~93)完全重疊,側(cè)線鱗數(shù)目(113~124)與額爾齊斯河流域細(xì)鱗鮭側(cè)線鱗數(shù)目(113~129)完全重疊。在可量性狀的比較中,僅以體長的數(shù)值作為分類依據(jù)是不可靠的,在魚類中體長與年齡呈一種動(dòng)態(tài)變化。表2中,秦嶺渭河流域細(xì)鱗鮭的頭長/眼徑(4.09~4.53)、頭長 /吻長(3.75~4.57)兩個(gè)特征與額爾齊斯河流域細(xì)鱗鮭頭長/眼徑(4.0~5.3)、頭長/吻長(3.6~4.6)范圍值完全重疊。但秦嶺地區(qū)細(xì)鱗鮭的體長/體高(3.48~3.73)與其他地區(qū)細(xì)鱗鮭的體長/體高(3.6~4.88)重疊比較低。
2.2序列變異特征
本研究中,所測的25個(gè)個(gè)體均獲得線粒體控制區(qū)序列598bp,檢測出3個(gè)單倍型,單倍型多樣性為0.227,核苷酸多樣性為0.00064。其中采集于武山縣西河的2個(gè)個(gè)體檢測出一個(gè)單倍型(WS),采集于張家川馬鹿河的22個(gè)個(gè)體檢測出 2個(gè)單倍型(ZJC和ZJCHT),采集于華亭縣麻庵河的一個(gè)個(gè)體與張家川馬鹿河其中一個(gè)單倍型共享(ZJCHT)。將從GenBank中下載的黑龍江地區(qū)水系的尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭共9個(gè)單倍型作為整體分析時(shí),共檢測出12個(gè)單倍型,本次所測的樣品與其不存在單倍型共享。在598個(gè)位點(diǎn)中,存在29個(gè)變異位點(diǎn)(4.85%),其中包括19個(gè)簡約信息位點(diǎn)(parsim-info sites)和10個(gè)單突變位點(diǎn)(singleton sites)。堿基組成分析顯示,A、T、C和G堿基平均含量分別為31.9%、30.5%、22.9%和14.7%,其中A+T含量(62.4%)明顯高于G+C含量(37.6%),表現(xiàn)出明顯的反G偏倚。所有序列間沒有出現(xiàn)缺失與插入,轉(zhuǎn)換數(shù)4個(gè),顛換數(shù)1個(gè),平均轉(zhuǎn)換與顛換數(shù)比值為4.3。用于分析的序列單倍型提交GeneBank中,登錄號為KC136268~KC136270。
2.3序列遺傳分析
以Mega 4.0軟件基于Kimura 2-parameter模型的遺傳距離計(jì)算見表3。由表3可以看出,鈍吻細(xì)鱗鮭單倍型之間的遺傳距離在0.0017~0.0034之間,最大值出現(xiàn)在單倍型BSW1與BSW2之間,種內(nèi)平均遺傳距離為0.0023;尖吻細(xì)鱗鮭單倍型之間的遺傳距離在0.0017~0.0118之間,最大值出現(xiàn)在單倍型SHM1與SKL1之間,最小值出現(xiàn)在單倍型SWS1與SWS2之間,種內(nèi)平均遺傳距離為0.0091;鈍吻細(xì)鱗鮭與尖吻細(xì)鱗鮭單倍型之間的遺傳距離在0.0153~0.0239之間,種間平均遺傳距離為0.0199。而秦嶺細(xì)鱗鮭單倍型間的遺傳距離在0.0008~0.0050之間,種群內(nèi)平均遺傳距離為0.0033,遺傳分化均較??;而秦嶺細(xì)鱗鮭與尖吻細(xì)鱗鮭單倍型之間的遺傳距離在0.0153~0.0273之間,平均遺傳距離為0.0207,與鈍吻細(xì)鱗鮭單倍型之間的遺傳距離在0.0171~0.0239之間,平均遺傳距離為0.0202。運(yùn)用Arlequin 3.1軟件計(jì)算各種間的遺傳分化指數(shù)FST值(對角線以上)分析顯示,細(xì)鱗鮭三個(gè)種FST P值均小于0.01的檢驗(yàn)水平,且秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭的FST值最大(0.86111),與尖吻細(xì)鱗鮭之間以及尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭之間的數(shù)值為0.65234和0.65121,可以看出秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭與黑龍江流域的細(xì)鱗鮭遺傳分化明顯。
表3 細(xì)鱗鮭屬線粒體控制區(qū)序列的遺傳分化指數(shù)(FST)和Kimura 2-parameter遺傳距離(對角線及以下為遺傳距離,對角線以上為遺傳分化指數(shù))
2.4系統(tǒng)聚類關(guān)系
以細(xì)鱗鮭近緣屬哲羅鮭 (Hucho taimen,AY862359)為外類群,用Mega 4.0軟件采用鄰接法(NJ)法和最大簡約法(MP)對尖吻細(xì)鱗鮭、鈍吻細(xì)鱗鮭與甘肅地區(qū)的細(xì)鱗鮭的同源序列進(jìn)行分子系統(tǒng)關(guān)系分析,兩種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)完全一致,區(qū)別在一些節(jié)點(diǎn)的支持率有所不同(圖1)。圖中顯示所有的細(xì)鱗鮭個(gè)體的單倍型在分子系統(tǒng)樹中構(gòu)成一個(gè)大的分支,并明顯的分成2個(gè)顯著地獨(dú)立進(jìn)化分支,其中尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭的單倍型聚為一個(gè)進(jìn)化分支,并有55%說明尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭的親緣關(guān)系較秦嶺細(xì)鱗鮭更近,而秦嶺細(xì)鱗鮭的單倍型則獨(dú)自構(gòu)成一個(gè)節(jié)點(diǎn)支持率100%和99%進(jìn)化分支。
亞種是某個(gè)種的表型上相似種群的集群,棲息在該物種分布范圍內(nèi)的次級地理區(qū),在分類學(xué)上和該種的其他種群不同(Mayret al.,1991),這也可以認(rèn)為亞種在分子水平上應(yīng)該也是一個(gè)獨(dú)立的進(jìn)化單元[17]。李思忠(1966)在秦嶺太白、周至等地采集了40尾細(xì)鱗鮭標(biāo)本,通過與黑龍江流域細(xì)鱗鮭進(jìn)行形態(tài)學(xué)比較認(rèn)為是一個(gè)新亞種。這與馬波等(馬波等,2009)所指出分布于秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭與黑龍江流域存在的尖吻和鈍吻細(xì)鱗鮭對比的形態(tài)特征基本處于尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭的中間類型一致,而且為我國所特有。但綜合文獻(xiàn)報(bào)道,初步的形態(tài)學(xué)特征比較顯示(表2),五個(gè)地區(qū)的細(xì)鱗鮭在可量可數(shù)性狀上基本是連續(xù)的。但單獨(dú)來看分布于秦嶺地區(qū)與黑龍江流域的細(xì)鱗鮭,則秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭在鰓耙數(shù)和頭長/眼徑兩個(gè)特征上基本上介于黑龍江流域兩種細(xì)鱗鮭之間,幽門盲囊數(shù)、體長/體高及體長/頭長等特征明顯低于黑龍江流域兩種細(xì)鱗鮭,而頭長/吻長則與鈍吻細(xì)鱗鮭接近并明顯大于尖吻細(xì)鱗鮭,這些特征的比較結(jié)果表明,分布于秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭與黑龍江流域的兩種細(xì)鱗鮭在形態(tài)上有明顯的區(qū)別,這與李思忠把這兩地區(qū)的細(xì)鱗鮭比較得出的結(jié)論一致。但是,秦嶺地區(qū)細(xì)鱗鮭與灤河、鴨綠江和額爾齊斯河三個(gè)地區(qū)的可數(shù)可量性狀較近,且在部分性狀有完成重疊的現(xiàn)象,但是在體長/體高這一可量性狀上可明顯區(qū)別于這三個(gè)地區(qū)的細(xì)鱗鮭。本研究以線粒體DNA控制區(qū)部分基因序列對采自秦嶺地區(qū)與黑龍江流域的細(xì)鱗鮭構(gòu)建的NJ樹和MP樹進(jìn)一步顯示,尖吻細(xì)鱗鮭與鈍吻細(xì)鱗鮭一起構(gòu)成姐妹群,而采自秦嶺地區(qū)的25尾細(xì)鱗鮭在系統(tǒng)發(fā)育上具有單系性,獨(dú)立構(gòu)成一個(gè)獨(dú)立的進(jìn)化分支,且支持率達(dá)99%和100%,這與大口黑鱸[18]、虎[19]、林蛙(Rana altaica)[20]等亞種在系統(tǒng)樹中都以單系出現(xiàn)相似。但是也有很多傳統(tǒng)意義上的亞種沒有形成一個(gè)獨(dú)立的進(jìn)化單元[21,22]。
圖1通過鄰接法(NJ)和最大簡約法(MP)構(gòu)建的細(xì)鱗鮭屬線粒體控制區(qū)序列的系統(tǒng)發(fā)育樹
除了在進(jìn)化樹上形成為單系外,物種內(nèi)不同地理種群之間的分化程度是否達(dá)到亞種的水平還要看各分支之間的遺傳距離是否差異顯著[23]。細(xì)鱗鮭秦嶺亞種與尖吻細(xì)鱗鮭(平均遺傳距離0.0207)和鈍吻細(xì)鱗鮭(平均遺傳距離0.0202)之間的遺傳距離都遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于群體內(nèi)的平均遺傳距離(0.0033,0.0023,0.0091),且與已報(bào)道的基于D-loop區(qū)的黑龍江流域兩種細(xì)鱗鮭之間的遺傳距離0.0190(馬波等,2009)相近。由此可見分布于秦嶺地區(qū)的細(xì)鱗鮭與分布于黑龍江流域的細(xì)鱗鮭之間的遺傳分化明顯,并且已經(jīng)達(dá)到了亞種的分化水平。因此,本研究的結(jié)果從分子角度支持傳統(tǒng)形態(tài)分類上的秦嶺細(xì)鱗鮭亞種的分類地位。對分布于河北、遼寧及新疆等地區(qū)的細(xì)鱗鮭是否是秦嶺亞種或其他,需采樣對其進(jìn)一步驗(yàn)證。
由于NJ和MP系統(tǒng)發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)相同,此處僅顯示NJ系統(tǒng)發(fā)育樹,節(jié)點(diǎn)上數(shù)據(jù)從左到右為MP、NJ的BP值(%,僅顯示≥50%的值)。
細(xì)鱗鮭屬魚類的現(xiàn)代分布中心是北冰洋流域的西伯利亞地區(qū),經(jīng)推斷細(xì)鱗鮭的起源中心也應(yīng)該是西伯利亞地區(qū)(秦樹臻等,1989)。李思忠(1984)認(rèn)為,我國的鮭科魚類都是冰川期的殘留魚類。從約距今260萬年前的第四紀(jì)開始,我國曾有四次大的冰川進(jìn)退(李四光,1972)。起源與分布在西伯利亞地區(qū)的細(xì)鱗鮭,隨著冰期與間冰期的反復(fù),沿日本海向南擴(kuò)散至黃海和渤海,由于鮭科魚類朔河回游產(chǎn)卵繁殖的需要,沿黃河古道朔河而上,洄游至渭河流域進(jìn)行產(chǎn)卵繁殖,隨著冰川的消失,大部分種群返回到原發(fā)源地,而一部分被滯留在渭河流域的高山溪流里,并被長期封閉在那些地區(qū)。若以每百萬年1%序列分歧計(jì)算[24],則秦嶺細(xì)鱗鮭與黑龍江流域的細(xì)鱗鮭的遺傳分化大約始于200萬年前,即從第四紀(jì)初的早更新世冰期就被封閉在秦嶺地區(qū)的溪流里。海洋中的魚類由于水域相通,群體間可以產(chǎn)生頻繁的基因交流,遺傳分化一般都比較低,而不同水系的淡水魚類種群間由于受海洋或者山系的隔離,基因分化程度一般都比較高[25]。鑒于秦嶺地區(qū)的水系與黑龍江流域的水系完全隔離的格局,秦嶺地區(qū)渭河水系的細(xì)鱗鮭與黑龍江流域細(xì)鱗鮭之間基本上沒有基因交流,完全生殖隔離,分布于這些水系的細(xì)鱗鮭不斷的積累具有種群特異性的遺傳變異,可能在形態(tài)特征上還沒有表現(xiàn)明顯,但在分子數(shù)據(jù)方面已經(jīng)表現(xiàn)出了很大的差異,并已經(jīng)達(dá)到了亞種的分化。
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(編輯:高真貞)
S965.232
A
1006-799X(2016)11-0122-05
項(xiàng)目名稱:國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31460560)。
杜巖巖(1983-),女,山東臨沂人,助理工程師,主要從事魚類種質(zhì)資源保護(hù)研究。