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基于FastICA的電子顯微鏡圖像去噪研究

2016-07-23 02:56陳純玉
科技與創(chuàng)新 2016年14期

陳純玉

摘 要:提出了一種新的圖像去噪方法。該方法適用于電子顯微鏡圖像拍攝的生物大分子的投影圖像。通過分析顯微鏡圖像的特點(diǎn),在ICA算法的基礎(chǔ)上,使用改進(jìn)的FastICA對圖像中的噪聲實(shí)現(xiàn)盲源分離,達(dá)到對圖像去噪的目的。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,利用該方法能分離出組成圖像的各個基圖像,然后重組基圖像,得到去噪以后的圖像。分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn),與BayesShrink、OWT_SURELER、SURE、BL-GSM方法相比,采用該方法獲得的PSNR值分別提高了0.76%,2.33%,1.25%和2.21%,SSIM值分別提高了0.02,0.05,0.03和0.04.因此,該方法能有效提高顯微鏡圖像的質(zhì)量。

關(guān)鍵詞:圖像去噪;電子顯微鏡圖像;基圖像;FastICA

中圖分類號:TP391.41 文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A DOI:10.15913/j.cnki.kjycx.2016.14.011

隨著網(wǎng)絡(luò)的覆蓋和多媒體技術(shù)的發(fā)展,圖像成為傳遞信息的重要媒介。然而,在圖像的采集、傳輸、處理中,不可避免地會引入噪聲。作為計(jì)算機(jī)視覺領(lǐng)域的經(jīng)典問題,圖像去噪是圖像處理中最基本的任務(wù),其本質(zhì)就是去除干擾圖像有效信息的噪聲。我們對圖像進(jìn)行去噪處理的目的是在降低噪聲的同時,盡可能多地保留圖像的邊緣輪廓等細(xì)節(jié)特征,提升圖像的視覺效果。

本文的研究對象是電子顯微鏡拍攝的病毒的圖像,成像條件復(fù)雜,具有信噪比低、對比度低、背景強(qiáng)度不均衡、顆粒內(nèi)部紋理不規(guī)則等特點(diǎn)。這就對去噪方法提出了更高的要求。

針對顯微鏡圖像的特點(diǎn),本文提出了一種基于FastICA的去噪方法。實(shí)驗(yàn)對比發(fā)現(xiàn),與最新的去噪算法相比,本文提出的方法能更有效地提高圖像質(zhì)量。

1 背景知識

為了有效去除圖像中摻雜的噪聲,圖像研究領(lǐng)域的專家們提出了不少經(jīng)典的去噪模型,其中主要包括基于概率統(tǒng)計(jì)、偏微分方程和多分辨率分析。常用的去噪算法主要有時間域的平滑濾波和中值濾波,頻域的高通、低通濾波,小波變換域的小波去噪。小波變化由于具有良好的時頻變化和局部特征,又具有多尺度分辨率的特點(diǎn),近年來逐漸成為圖像去噪領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)。

2 去噪方法研究

ICA(Independent component analysis,“獨(dú)立成分分析”)是一種最常用的盲源分離算法,F(xiàn)astICA(固定點(diǎn)算法)是ICA算法的一個分支,其收斂速度很快,常用于信號處理過程中。我們可以將圖像看成是一個二維的信號,通過FastICA算法,從而分離圖像,減弱,乃至消除圖像中夾雜的噪聲,提高圖像質(zhì)量。圖1所示為FastICA的處理流程。

如圖1 所示,假設(shè)源信號用s(t)表示,經(jīng)過混合系統(tǒng)A

后,得到信號z(t)。在混合系統(tǒng)中,可以混合多個信號,也可以加入噪聲,因此有:

考慮到圖像本身的屬性,我們首先需要對輸入的圖像數(shù)據(jù)進(jìn)行白化處理,降低相鄰像素間的相關(guān)性,加快后續(xù)pca提取的收斂速度。FastICA的具體算法如表1所示。

3 實(shí)驗(yàn)和分析

3.1 評價(jià)指標(biāo)

從圖像的客觀評價(jià)指標(biāo)和圖像的視覺效果評價(jià)去噪方法的優(yōu)劣。通常用PSNR、MSE、SNR、SSIM(structural similarity index measurement system)、算法執(zhí)行時間等指標(biāo)來衡量算法的優(yōu)劣。

3.2 顯微鏡圖像去噪

顯微鏡圖像常用的文件格式是.mrc,但是MATLAB平臺本身并不支持對MRC格式圖像的讀取。本文在分析MRC圖像文件頭和數(shù)據(jù)類型的基礎(chǔ)上,用MATLAB軟件成功讀取.mrc文件。圖2是用MATLAB讀取的二十面體病毒在不同分辨率下的冷凍電子顯微鏡圖像。選擇圖2的兩幅圖像作為FastICA的輸入圖像,加入均值為0、標(biāo)準(zhǔn)差為20的高斯噪聲,一起構(gòu)成輸入x(t)。對x(t)進(jìn)行盲源分離,得到各個獨(dú)立分量和噪聲,輸出結(jié)果如圖3所示。

經(jīng)FastICA程序處理以后,得到4個基圖像。我們對基圖像進(jìn)行逆變換重構(gòu),得到對原始圖像的估計(jì)結(jié)果,從而達(dá)到去噪效果。圖4為對圖2所示的原始圖像使用FastICA去噪以后的效果。

對使用不同去噪算法后的效果圖進(jìn)行觀察、比較發(fā)現(xiàn),本文提出的方法在去除圖像噪聲的同時,有效地保留了圖像的邊緣和紋理信息,MRC圖像中的目標(biāo)與背景對比分明,視覺效果更好。

3.3 實(shí)驗(yàn)分析與總結(jié)

在本文中,我們首先采用BLS-GSM、SURE、BayesShrink等方法對MRC圖像進(jìn)行去噪,然后使用本文提出的方法對同一圖像去噪,并比較幾種去噪方法的效果,結(jié)果如表2所示。

從表2可以看出,在對同一幅顯微鏡圖像去噪后,BayesShrink和OWT_SURELER所花費(fèi)的時間相對較少,但是去噪效果差。與BayesShrink、OWT_SURELER、SURE、BL-GSM等方法相比,本文提出的方法的PSNR值分別提高了0.76%,2.33%,1.25%和2.21%,SSIM值分別提高了0.02,0.05,0.03和0.04.

4 總結(jié)

本文介紹了一種基于FastICA的圖像去噪方法。該方法能有效消除顯微鏡圖像中夾雜的噪聲??紤]到小波系數(shù)各層間、層內(nèi)的統(tǒng)計(jì)相關(guān)性,首先需要白化輸入圖像矩陣,減少相關(guān)性。實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),使用本文提出的方法對冷凍電子顯微鏡鏡所拍攝的MRC圖像去噪,無論在圖像的視覺效果上,還是在PSNR、SSIM等客觀指標(biāo)上,都取得了明顯的效果。

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〔編輯:劉曉芳〕

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