“AFSM技術,是目前為止全世界唯一的可以在全基因組高通量檢測SNVs的同時檢測甲基化位點的方法,具有其它簡化測序無法比擬的優(yōu)勢?!盇FSM技術發(fā)明人、熱帶生物技術研究所(簡稱生物所)青年科學家夏志強博士告訴記者。
近日,生物所在高通量簡化測序技術研究領域獲得突破,種質與基因資源研究室夏志強博士發(fā)明了AFSM技術,能夠提供世界領先的簡化測序和甲基化解決方案,相關成果已發(fā)表于《Nature》旗下子刊Scientific Reports(Xia et al., 2015; IF: 5.578),并申請了國家發(fā)明專利(專利號:201410154134.9)。AFSM技術通過對酶切獲得的AFSM-tag進行高通量測序,能夠降低基因組的復雜度,操作簡便,同時不受參考基因組的限制,可快速鑒定出高密度的SNVs與甲基化,用于遺傳連鎖圖譜的快速構建、QTL定位、自然群體演化與結構分析、全基因組關聯(lián)GWAS分析和快速進行群體表觀遺傳學甲基化研究。
相比世界范圍內(nèi)其它高通量簡化測序技術,它具備五大優(yōu)勢:一是適用對象廣泛,其研究對象有無參考基因組均能適用;二是精確度高,每個Tag 的平均覆蓋深度至少達到5倍,保證分子標記的高準確性;三是性價比高,它基于簡化后的基因組DNA測序,測序和甲基化檢測成本均較低,特別適合大樣本量研究;四是快速高效,只需3-4個月即可完成大樣本的群體研究;五是甲基化檢測優(yōu)勢,能夠在全基因組水平大規(guī)模高通量檢測甲基化。
(摘自中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院院網(wǎng),2015-09-30)