鄭小婷,李麗
(1.浙江省公安廳物證鑒定中心,浙江杭州310009;2.江門市公安局刑警支隊,廣東江門529000)
以STR復合擴增檢測為代表的法醫(yī)DNA分型技術以其靈敏度高、核心序列小、可復合擴增、方法易于標準化等優(yōu)勢,已經(jīng)成為當前法庭科學DNA檢驗的主要手段,在各國刑事案件偵破和民事案件解決中發(fā)揮了重要的作用。本研究在國內外實驗室法醫(yī)STR快速檢驗方法[1]的基礎上,從生物物證DNA免提取擴增檢驗、生物物證DNA快速提取檢驗、生物物證DNA快速擴增、利用新型檢測設備快速檢測及使用GeneMapper ID-X軟件快速分析5個方面進行歸納。
免提取擴增技術又稱直接PCR或直接擴增技術,是指將未經(jīng)DNA提取或其他前處理的樣本直接加入PCR反應體系并獲得擴增產(chǎn)物[2-3]。直接擴增試劑盒在PCR反應液中添加了有效的PCR反應抑制劑[4],由于其對血紅素、鞣酸、腐植酸等抑制物的耐受性更高,因此,只要生物物證在單位體積內DNA含量足夠,實驗室就可運用直接擴增法獲得較好的分型。
商品化的直接擴增試劑盒如Powerplex?16 HS系統(tǒng)、Identifiler?Direct PCR擴增試劑盒等均能對血液和煙蒂樣本直接擴增,檢驗成功率可達94%以上[5]。Identifiler?Direct PCR擴增試劑盒還能對肋軟骨進行直接擴增和檢測,方法簡單、快速、穩(wěn)定[6]。由于直接擴增可采用10μL體系,當血斑量較少時,選用直接擴增檢驗可減少DNA損耗、節(jié)省提取步驟,提高分型成功率。有研究[7]表明,直接擴增試劑盒對手套、飲料瓶、吸管等接觸性DNA也能直接擴增,獲得有效分型。
Taq酶的抑制,使擴增效果明顯增強。運用堿性裂解法可在5~10min內快速提取血斑、唾液斑、精斑、毛發(fā)、新鮮組織等常規(guī)生物物證上的DNA。改良的堿性裂解法[9],通過調整NaOH的濃度至0.25mol/L、Tris-HCl的濃度至0.05mol/L及pH值至6.5,可使檢驗結果均衡性達到最好,且在8min內就可完成各類生物物證的DNA提取,尤其適用于毛發(fā)及精斑的檢驗。
含有精斑的混合斑物證檢驗耗時長,常規(guī)方法在消化女性成分后,需進行多次清洗以清除女性成分,用常規(guī)的Chelex法、硅珠法或磁珠法提取精子也需較長時間。脫氧核糖核酸酶DNaseⅠ可消化單鏈或雙鏈DNA,產(chǎn)生具有3羧基和5′磷酸末端的2-、3-寡核苷酸產(chǎn)物[10],可以使女性上皮細胞DNA降解但不會破壞精子頭部的DNA。在差異裂解法的同時,應用DNaseⅠ將混合斑中的女性DNA分解除去,再結合堿性裂解法消化精子,可省去清洗步驟,快速獲得精子DNA[11]。
高林林等[12]使用PrepFiler Express BTA提取試劑盒(美國AB公司)裂解消化骨粉或牙粉,配合Auto-Mate ExpressTM自動化法醫(yī)DNA提取工作站提取骨骼及牙齒DNA,用少量的檢材(150mg左右)在3h左右就可以完成骨骼及牙齒的DNA提取及純化,該方法檢驗了150年前的清代遺骸,成功獲得常染色體STR分型。該研究證明,利用PrepFiler Express BTA提取試劑盒裂解消化骨粉或牙粉,結合硅珠法進行手工提取純化,可達同樣快速檢驗的效果。
目前使用常規(guī)提取、擴增、檢測方法進行STR檢驗生物物證至少需要8~10 h,其中最耗時的步驟是PCR擴增。使用特殊處理后的DNA聚合酶和更快的變溫速率已經(jīng)可以使PCR復合擴增的時間下降至約30min或更短[13-14]。近年來部分商品化擴增試劑盒在擴增時間上較以往試劑盒明顯縮短,如GlobalFiler試劑盒(美國AB公司),利用經(jīng)過優(yōu)化的試劑、熱循環(huán)參數(shù)以及寡核苷酸合成和純化上的最新技術,使其在80min內可完成21個常染色體基因座的復合擴增。而目前實驗室常用的Identifiler試劑盒,擴增時間需要3h左右。
李秋陽等[15]通過調整GoldeneyeTM20A-M試劑盒的擴增參數(shù),進一步縮短其PCR擴增時間至40 min左右,通過對濾紙血痕進行批量檢驗,獲得了良好的分型結果,而建庫樣本保存時間的長短對檢出率的影響不顯著。
升降溫速率快、溫控性能好的快速PCR儀,如Veriti擴增儀(美國AB公司)、Eppendorf Mastercycler可明顯縮短PCR擴增時間。
在檢測設備上,目前實驗室普遍配置的3100型或3130XL型遺傳分析儀在45min的時間完成16個樣本的檢測,而新型的3500XL型遺傳分析儀可在35 min的時間內完成24個樣本的檢測,有效提高實驗室在大批量生物物證檢驗的工作效率。
大通量的檢測設備使物證樣本快速獲得檢測的同時,也帶來大批量的數(shù)據(jù)需要分析,選用好的分析軟件往往使實驗室工作事半功倍。GeneMapper ID-X軟件可以對310、3130XL、3500XL等遺傳分析儀所采集的數(shù)據(jù)進行質量評分。通過軟件運行驗證后,標記為“綠燈”的DNA圖譜通常很好,一般不需要進行人工審查。在建立專案數(shù)據(jù)包后,可從大量的檢材中快速發(fā)現(xiàn)相同分型,并可分析混合分型與單一分型的關系,為混合分型找到可能的提供者。
在實際檢案工作中,實驗室可根據(jù)檢驗需求靈活使用不同的快速STR檢驗方案,在最短的時間內為偵查提供破案線索,鎖定犯罪嫌疑人。
[1]平原,周懷谷,許炎,等.6+1 STR試劑盒和電泳凝膠EXQ20用于DNA快速檢驗[J].法醫(yī)學雜志,2011,27(6):444-446.
[2]Wang DY,Chang CW,Oldroyd NJ,et al.Direct amplification of STRs from blood or buccal cell samples[J].Forensic Science International:Genetics Supplement Series,2009,2(1):113-114.
[3]Linacre A,Pekarek V,Swaran YC,et al.Generation of DNA profiles from fabrics without DNA extraction[J].Forensic Sci Int Genet,2010,4(2):137-141.
[4]Bu Y,Huang H,Zhou G.Direct polymerase chain reaction(PCR)from human whole blood and filter-paper-dried blood by using a PCR buffer with a higher pH[J].Anal Biochem,2008,375(2):370-372.
[5]張艷霞,李愛強,趙麗,等.直接擴增法用于常見現(xiàn)場檢材DNA檢驗[J].中國法醫(yī)學雜志,2012,27(1):62-63.
[6]李林,劉靜,王敏,等.直接擴增法在血痕、肋軟骨和唾液檢材中的應用[J].中國法醫(yī)學雜志,2013,28(2):148-150.
[7]李長征,劉海東.直擴試劑盒檢驗接觸DAN檢材初探[J].中國法醫(yī)學雜志,2013,28(3):247.
[8]劉翠蘭,胡家偉.堿性裂解法提取法醫(yī)生物檢材DNA及其法醫(yī)學應用[J].中國法醫(yī)學雜志,2001,16(2):102-104.
[9]李愛強,趙興春,張艷霞,等.生物檢材DNA堿性裂解提取法的優(yōu)化與改良[J].中國法醫(yī)學雜志,2011,26(4):301-304.
[10]Vitolo JM,Thiriet C,Hayes JJ.DNaseⅠand hydroxyl radical characterization of chromatin complexes[J].Current Protocols in Molecular Biology,2001.doi:10.1002/0471142727.mb2104s48.
[11]袁自闖,金洪年,賴躍,等.DNase-Ⅰ純化結合堿性裂解法提取混合斑精子DNA[J].中國法醫(yī)學雜志,2010,25(1):10-12.
[12]高林林,徐念來,謝煒,等.利用AutoMate ExpressTM自動化法醫(yī)DNA提取系統(tǒng)提取骨骼及牙齒DNA[J].法醫(yī)學雜志,2013,29(2):127-129.
[13]Giese H,Lam R,Selden R,et al.Fast multiplexed polymerase chain reaction for conventional and microfluidic short tandem repeat analysis[J].J Forensic Sci,2009,54(6):1287-1296.
[14]Vallone PM,Hill CR,Butler JM.Demonstration of rapid multiplex PCR amplification involving 16 genetic loci[J].Forensic Sci Int Genet,2008,3(1):42-45.
[15]李秋陽,金萍,沈紅纓,等.GoldeneyeTM20A-M試劑盒在數(shù)據(jù)庫建設中的應用[J].中國法醫(yī)學雜志,2012,27(4):272-274.