陳淑吟+陸勤勤+張美如+陳國耀+許廣平

摘 ? ?要：利用基因芯片表達(dá)譜比較不同特色條斑紫菜品系的基因差異表達(dá)，分析其基因與性狀差異相關(guān)性。結(jié)果顯示：（1）篩選出在06DO、L0601與HAI等3個(gè)樣本有共同表達(dá)的差異基因900個(gè)，占篩選基因總數(shù)（19 884個(gè)）的4.53%;樣本06DO與L0601共有500個(gè)差異表達(dá)基因，與HAI的差異表達(dá)基因780個(gè);L0601與HAI有最多差異共表達(dá)基因（972個(gè)），但差異表達(dá)水平較低;L0601在不同組中皆有較多差異表達(dá)優(yōu)勢基因。（2）將這些差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集分類，主要涉及蛋白質(zhì)代謝、光合作用、離子綁定、營養(yǎng)物質(zhì)合成過程等分類;屬于細(xì)胞組成的功能基因很少;不同組比較得到的差異表達(dá)基因的功能與富集分類表現(xiàn)出的與品系自身特色性狀有一定相關(guān)性。

關(guān)鍵詞：條斑紫菜;基因芯片表達(dá)譜;優(yōu)良品系;差異表達(dá)基因

中圖分類號：Q949.29+1 ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)識碼： A ? ? ? ? ? ? ? ?DOI 編碼：10.3969/j.issn.1006-6500.2015.04.002

Expression Profiles Analysis of Gene Chip between New Fine Varieties of Pyropiayezoensis

CHEN Shu-yin， LU Qin-qin， ZHANG Mei-ru， CHEN Guo-yao， XU Guang-ping

（Marine Fisheries Research Institute of Jiangsu Province， Nantong，Jiangsu 226007，China）

Abstract：In this study， using agilent gene expression profile chip， the gene differential expression between new high quality varieties with the free conchoce lisgermplasm （sporophytes） was examined. The results indicated that 900 co-expression different genes were obtained from the three groups， they accounted for 4.53% of the total number of genes （19 884）. There were differences in 500 genes between the 06DO and the L0601， likewise， 780 genes between the 06DO and the HAI， and 972 genes between the L0601 and HAI. Using GO， these DEG genes were initially classified into different categories， including response to photosynthesis， response to stress， protein synthesis and transcription， and so on. The results show that the different characters of strains are involves in many changes of variety related genes. This study will contribute to provide some useful clues to illuminate the molecular genetics mechanism of the different characters between the strains.

Key words： Pyropiayezoensis; gene chip expression profiles; fine varieties; differentially expressed genes

條斑紫菜（Pyropiayezoensis）為我國長江以北、日本和韓國等沿海地區(qū)栽培的一種大型紅藻，其生產(chǎn)在我國及世界的海藻產(chǎn)業(yè)中占有重要經(jīng)濟(jì)地位。有關(guān)條斑紫菜豐富的遺傳資源、優(yōu)良品系選育及其相關(guān)遺傳性狀的功能基因等研究，對于遺傳育種發(fā)展非常有用。隨著測序技術(shù)的快速應(yīng)用，為基于DNA水平的紫菜分子遺傳學(xué)研究提供了高效率技術(shù)支持。目前，條斑紫菜中已克隆并應(yīng)用研究了多個(gè)抗性相關(guān)功能基因[1-2]。牛建峰等[3]通過條斑紫菜低覆蓋度全基因組測序，得出26 629個(gè)預(yù)測基因。為研究鑒定出Pyropiatenera在高溫脅迫下的基因表達(dá)情況，San等[4]進(jìn)行高溫條件下的條斑紫菜轉(zhuǎn)錄組研究，得到了368 334條EST序列，并分析得到已知功能的大部分轉(zhuǎn)錄本屬于heat shock protein family。Nakamura等[5]利用454測序技術(shù)對條斑紫菜進(jìn)行了基因組測定，獲得了2 069個(gè)已知基因及預(yù)測CDS序列10 327條。而利用條斑紫菜已有的這些大量的EST、CDS等序列，來尋找與其生長發(fā)育、抗病和抗逆性相關(guān)的基因更是一種快速有效的方法。以紫菜等大型海洋藻類（Seaweeds）價(jià)值性狀篩選為目標(biāo)的分子育種設(shè)計(jì)研發(fā)，將有助于提高藻類栽培可靠性[6]。針對選育的具特色性狀的優(yōu)良新種質(zhì)，相關(guān)表型特征、性能指標(biāo)等的遺傳機(jī)制研究備受關(guān)注，尤其是與品種產(chǎn)量、抗性相關(guān)的重要經(jīng)濟(jì)性狀調(diào)控機(jī)理的研究，已成為近年來國家發(fā)展農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的重點(diǎn)內(nèi)容。

基因芯片（Gene chip）表達(dá)譜具有通量高、速度快的特點(diǎn)，可以同時(shí)檢測多個(gè)試驗(yàn)樣本，并對功能基因一次性進(jìn)行大規(guī)模定量分析。作為研究基因功能的重要手段，基因表達(dá)譜芯片已被廣泛應(yīng)用于揭示大量基因的表達(dá)和調(diào)控情況，為利用生物技術(shù)手段提高物種抗逆境脅迫能力提供依據(jù)。通過檢測基因表達(dá)的改變情況，對差異基因進(jìn)行進(jìn)一步的功能研究，基因芯片這一優(yōu)勢是其他技術(shù)不能達(dá)到的[7]。

本研究中，借助已公布的條斑紫菜22 431條EST序列（NCBI數(shù)據(jù)庫）、紫菜屬其他種類的相應(yīng)基因DNA序列信息，采用包含近20 000個(gè)基因探針的Agilent新型基因芯片，檢測、比較兩個(gè)條斑紫菜優(yōu)良新品系的差異表達(dá)基因，查找可能與其品系突出性狀表現(xiàn)相關(guān)的功能基因，為優(yōu)良品系遺傳學(xué)研究提供基礎(chǔ)依據(jù)。

1 ? ?材料和方法

1.1 ? ?樣品材料與RNA提取

用于試驗(yàn)的樣本材料為國家紫菜種質(zhì)庫保有，并為同時(shí)間、同一培育條件下的無污染自由絲狀體階段樣本。品系編號及特性見表1。

取樣本絲狀體組織50～250 mg，經(jīng)無菌水清洗干凈并吸去水分后，采用試劑盒mirVanaTM RNA Isolation Kit（Applied Biosystemp/n AM1556）提Total RNA。使用QIAGEN RNeasyR Kit純化總RNA。樣本的總RNA利用NanoDrop ND-2000（Thermo Scientific）定量，由Agilent Bioanalyzer2100（Agilent Technologies）檢測RNA完整性。

1.2 ? ?條斑紫菜Oligo芯片設(shè)計(jì)與訂制

從NCBI數(shù)據(jù)庫下載紫菜屬（Porphyra）的EST序列及Nucleotide序列等，結(jié)合文獻(xiàn)中預(yù)測的基因序列一起歸并，利用cdhit軟件處理，閾值設(shè)置為0.95，序列相似性在95%以上的保留最長的1條序列，得到非冗余序列21 855條用于探針設(shè)計(jì)。每條序列設(shè)計(jì)1條探針，共設(shè)計(jì)長度60 mer探針19 827條。隨機(jī)選取500條探針重復(fù)10次，其余19 327條探針重復(fù)2次，另有安捷倫（Agilent）對照探針數(shù)（陽性對照+陰性對照）1 417條。

1.3 ? ?芯片雜交與掃描

RNA質(zhì)檢合格后，總RNA反轉(zhuǎn)錄成雙鏈cDNA，再進(jìn)一步合成用Cyanine-3-CTP（Cy3）標(biāo)記的cRNA。cRNA在配制好的片段化混合液中60 ℃溫浴30 min進(jìn)行片段化，冰浴1 min，加入2X GEx Hybridization Buffer 混勻，上芯片，65 ℃、17 h、10 r·min-1滾動雜交。雜交后芯片于洗液中洗脫，利用Agilent Scanner G2505C（Agilent Technologies）掃描儀掃描，分辨率為5 μm，掃描儀自動以100%和10%PMT各掃描1次，兩次結(jié)果Agilent軟件可自動合并得到原始圖。

1.4 ? ?數(shù)據(jù)分析與差異表達(dá)基因篩選

采用Feature extraction 軟件（Version10.7.1.1， Agilent technologies）處理原始圖像提取原始數(shù)據(jù)，接著利用Genespring軟件（Version 12.5;Agilent technologies）進(jìn)行Quantile標(biāo)準(zhǔn)化。標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，在用于比較的每組樣本中至少有一組100%標(biāo)記為Detected的探針留下進(jìn)行后續(xù)分析。

利用差異倍數(shù)Fold change（FC）值進(jìn)行篩選，標(biāo)準(zhǔn)為FC值>= 2.0，表示組間差異倍數(shù)大于或等于2，負(fù)值表示下調(diào)，F(xiàn)C（abs）表示組間差異倍數(shù)的絕對值。對樣本結(jié)果進(jìn)行比較，當(dāng)FC（abs）大于 2 或小于 0.5 時(shí)，視為差異表達(dá)基因發(fā)生有意義表達(dá)變化。差異表達(dá)基因分別提交GO（GeneOniology）數(shù)據(jù)庫，按GO的3個(gè)Ontology，分別描述基因的分子功能（Molecular function，MF）、所處的細(xì)胞位置（Cellular component，CC）、參與的生物過程（Biological process，BP），對差異基因進(jìn)行GO功能分類注釋，判定差異基因主要影響的生物學(xué)功能或通路。

2 ? ?結(jié)果與分析

2.1 ? ?芯片試驗(yàn)結(jié)果評估

試驗(yàn)制備的 RNA 的純度、濃度、完整性和總量均符合后續(xù)研究要求，見表2。另外，利用 Agilent 軟件對雜交芯片掃描圖進(jìn)行質(zhì)量分析，表明芯片樣本背景信號值與噪點(diǎn)值都在適當(dāng)范圍內(nèi)，芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量較高。芯片數(shù)據(jù)的散點(diǎn)圖評估得出各組數(shù)據(jù)總體分布趨勢正常。

2.2 ? ?差異表達(dá)基因篩選與GO富集分類

根據(jù)基因芯片上的序列信息，及在NCBI數(shù)據(jù)庫中查詢表達(dá)序列的功能信息，共獲得差異未篩選基因19 884個(gè)，其中有注釋基因10 913個(gè)（占54.88%）。表3為各組比較的結(jié)果統(tǒng)計(jì)，在3個(gè)樣本中皆有表達(dá)的差異基因?yàn)?00個(gè)，其中注釋基因486個(gè)，C組差異表達(dá)基因數(shù)最多（1 710個(gè)），3組得到的差異表達(dá)基因總共有2 252個(gè)（表3）。從基因差異水平的分布統(tǒng)計(jì)表4中得出，A組差異水平最大，其下調(diào)表達(dá)幅度最大，C組上調(diào)表達(dá)基因最多。

利用基因富集分析與GO分類標(biāo)準(zhǔn)從CC、BP、MF等3方面對差異表達(dá)基因的功能注釋分類，結(jié)果表明：基因的GO富集結(jié)果主要表現(xiàn)在為MF和BP兩大類，其生物學(xué)功能均比較集中，主要與光合作用、蛋白質(zhì)代謝等相關(guān)，同時(shí)不同組間的差異表達(dá)基因富集上各有側(cè)重，A組比較中，沒有屬于CC的基因分類，C組中沒有屬于MF的基因分類。

2.2.1 ? ?A組（06DO / L0601）的分析 ? ?兩樣本差異表達(dá)基因1 221個(gè)，占總基因（19 884個(gè)）表達(dá)比為6.14%。其中，得到注釋基因有617個(gè)，包括上調(diào)的252個(gè)基因（54.53%），及下調(diào)的有注釋基因365個(gè)（48.22%）（表3）。上調(diào)幅度FC≥10的注釋基因中，Cell wall-associated hydrolase表達(dá)量最大（412.98），其次是Reverse transcriptase family protein（210.22），Ankyrin repeat-containing protein（100.39），見表5。在上調(diào)幅度最大前50個(gè)基因中，有28個(gè)為蛋白質(zhì)直接關(guān)系基因。在757個(gè)下調(diào)表達(dá)差異基因分布中，差異倍數(shù)小于-10的有104個(gè)（13.74%），小于-30的有32個(gè)，可見在L0601樣本中優(yōu)勢表達(dá)的基因數(shù)量較多，且處于較高水平。這些優(yōu)勢基因中有過半與蛋白質(zhì)（Protein）直接相關(guān)，如：Zinc finger bed domain-containing protein 1-like（-39.23）、60s ribosomal protein（-41.04）、40s ribosomal protein（-39.61）、zinc transporter（-44.05）、 heat shock protein 70（HSP）（-33.53）。這些功能基因中，鋅指結(jié)構(gòu)基因具很重要的調(diào)控功能，負(fù)責(zé)與DNA結(jié)合而改變基因的表現(xiàn)功能[8];核糖體蛋白質(zhì)相關(guān)基因，主要參與蛋白質(zhì)的生物合成;HSP則主要與抗旱、高溫等逆境脅迫密切聯(lián)系[9]，大量研究表明該基因的高水平表達(dá)有助于提高植物的耐熱性[10]，L0601為高溫脅迫篩選得到，在這方面具有更高優(yōu)勢。品種06DO在其它方面具有優(yōu)勢表達(dá)基因及表達(dá)水平，從這些差異表達(dá)基因中反映兩品系間差異性狀與蛋白質(zhì)代謝密切聯(lián)系。

將這些差異表達(dá)基因通過GO分析獲得MF與BP兩大功能分類（圖1，圖2）。其中：屬于MF的有33類（62.26%），主要是DNA聚合酶、化合物活性及離子綁定等相關(guān)分子功能;屬于BP的有20類（37.74%），多種分子功能有序組成，主要包括有DNA復(fù)制、營養(yǎng)物質(zhì)合成過程等。比較分析的結(jié)果表明有關(guān)CC的差異基因表達(dá)不明顯。

將33個(gè)MF中的GO基因集歸類到5條代謝通路，其中包括3個(gè)單一的代謝路徑，其一為：GO：0008270、GO：0043169、GO：0046872、GO：0046914及GO：0008270位于同一代謝路徑，以基因集GO：0043167末節(jié)（Ion binding）連接到GO：0005488（Binding）節(jié)點(diǎn);其二為：GO：0003964、GO：0034061、GO：0016779、GO：0016772及GO：0016740（Ransferase activity），再連接到催化活性GO：0003824（Catalytic activity）節(jié)點(diǎn);其三為：GO：0004190、GO：0004175（或GO：007001）、GO：0070011、GO：0008233及GO：0016787（Hydrolase activity），或由GO：0004519、GO：0004518、GO：0016788到GO：0016787。這些節(jié)點(diǎn)中，GO：0016740、GO：0016787、GO：0005488處于關(guān)鍵代謝位置。

BP中，主要功能分類多包括Macromolecule metabolic process（GO：0043170）、Nitrogen compound metabolic process （GO：0006807）及Organic cyclic compound metabolic process（GO：1901360），這些過程與高分子、氮或有機(jī)環(huán)狀化合物代謝相關(guān);并且這些代謝路徑呈現(xiàn)相互交錯，處于較近層次。

2.2.2 ? ?B組（06DO /HAI）的分析 ? ?兩樣本差異表達(dá)基因共有1 598個(gè)，占篩選基因總數(shù)的8.04%，其中共有的差異表達(dá)基因?yàn)? 334個(gè)。有功能注釋的占56.82%（908個(gè)），690個(gè)未知功能基因（Unknown function）占到43.18%。FC≥5的差異表達(dá)基因218個(gè);FC≥10的共有85個(gè)。

在有共表達(dá)的注釋780個(gè)差異基因中，與蛋白質(zhì)合成相關(guān)基因占有較大比例，上調(diào)基因中前50個(gè)基因中有23個(gè)為蛋白質(zhì)直接相關(guān)基因，包括：Protein product、Reverse transcriptase family protein，見表6;下調(diào)幅度最大的50個(gè)中，有33個(gè)與蛋白質(zhì)直接相關(guān)，如：40s ribosomal proteins13-like、Retrotransposon-derived protein peg10-like、Pol polyprotein、Retrotransposonnucleocapsid protein等。這方面與A組結(jié)果相似，而且在上調(diào)或下調(diào)的差異表達(dá)基因中，有部分基因分別與A組相同的（表6中，標(biāo)為灰色基因）。上調(diào)表達(dá)量最大的前50個(gè)基因中，有16個(gè)基因，如：Reverse transcriptase family protein，下調(diào)前50個(gè)基因中有12個(gè)相同，如40s ribosomal protein s13-like，這些基因可能與品系的優(yōu)勢作用基因或反映品系的性能趨勢;此外，06DO上調(diào)差異基因也同樣多在相對較低差異水平，只有4.32%的基因FC≥10;HAI中優(yōu)勢表達(dá)基因，其中有 6.47% 的基因FC≥10以上。

將差異表達(dá)的注釋基因（56.82%）進(jìn)行GO 功能富集分類，有43.32% 屬于BP，共27類（占總的24.61%），主要涉及光合作用及營養(yǎng)鹽代謝方面（圖3）;52.65%屬于MF，共38類（占總的29.91%），主要涉及有機(jī)雜環(huán)化合物質(zhì)合成、利用等（圖4）;只有3% 屬于CC（占總的1.7%），共有4類，包括：Chloroplast stroma、 Chloroplast、Plastid stroma及Apoplast等葉綠體及質(zhì)體方面細(xì)胞組件。從這些GO富集得到的基因功能分類中也不少與A組的相同，如：BP中有10類相同的，MF中有11類功能相同的，見圖3、圖4。

2.2.3 ? ?C組（L0601/HAI）的結(jié)果分析 ? ?本組比較得到1 933個(gè)差異表達(dá)基因，其中有注釋的1 073個(gè)（55.56%）。兩者雖然有較多差異表達(dá)基因，但差異表達(dá)水平較低。其中，上調(diào)基因共表達(dá)的644個(gè)預(yù)測功能基因中，F(xiàn)C>10的有21個(gè)，F(xiàn)C >5的90個(gè);下調(diào)的328個(gè)基因中，F(xiàn)C < -10的只有4個(gè)，F(xiàn)C < -5的有19個(gè)。上調(diào)或下調(diào)幅度最大的50個(gè)差異基因中，皆有過半為蛋白質(zhì)直接相關(guān)基因，如Predicted protein，Actin，Zinc finger protein等（表7）。

從GO歸類得到的功能總共有12類，分屬于BP與CC，且均是與光合作用相關(guān)的細(xì)胞組件及生物學(xué)過程（見表8），這反映出樣品L0601與HAI的性狀較為相近。另外，從這兩樣本在分別與06DO的比較中發(fā)現(xiàn)也有不少相同的差異表達(dá)基因，這些相同的差異表達(dá)基因可能是各個(gè)品系的特色性狀相關(guān)的品系優(yōu)勢基因，如Zinc transporter、Zinc finger bed domain- containing protein 1-like、Zinc finger protein 524、Heat shock protein70、Fructose- bisphosphatase均在L0601中為優(yōu)勢基因。在B組與C組的比較中，HAI樣本均表現(xiàn)有較大優(yōu)勢基因的有：40s ribosomal protein s13-like、60s ribosomal protein、Cell wall-associated partial、Conserved domain protein、Desumoylatingisopeptidase 1-like、Elongation factor tugtp-binding domain-containing protein 1等。

3 ? ?結(jié)論與討論

基因芯片技術(shù)也稱DNA微陣列 （DNAmieroarray），可在短時(shí)間內(nèi)平行地、大量地檢測基因表達(dá)水平的變化;通過對來源不同的個(gè)體、組織等的基因表達(dá)情況進(jìn)行對比分析，對基因群在這些不同狀況下的變化特征進(jìn)行描述，來分析比較差異基因的生物學(xué)意義。隨著微陣列芯片技術(shù)的成熟，基因芯片技術(shù)將被用來篩選作物的基因表達(dá)水平、基因突變及多態(tài)性，并尋找高產(chǎn)量、抗干旱的相關(guān)基因[11-13]。利用基因表達(dá)譜分析，結(jié)合代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)研究，已在闡明植物抗逆機(jī)制和發(fā)掘植物逆境脅迫響應(yīng)相關(guān)基因方面取得重要進(jìn)展[14]。

生物的遺傳基因決定其生長、物候以及適應(yīng)性差異。大型海藻的生長，涉及到眾多基因的表達(dá)與調(diào)控。周曉君等[15]選取 467個(gè)單個(gè)基因的 EST 制備cDNA表達(dá)譜芯片，研究不同世代的條斑紫菜基因表達(dá)差異，分析發(fā)現(xiàn) 55個(gè)基因在配子體中表達(dá)量上調(diào)，86個(gè)基因在孢子體中表達(dá)量上調(diào)。王孟強(qiáng)[16]利用462個(gè)位點(diǎn)的cDNA芯片研究了條斑紫菜配子體的在不同失水過程中的基因表達(dá)，結(jié)果有8.74%～11.09%的基因上調(diào)，而下調(diào)基因的數(shù)量在各個(gè)階段變化較大，同時(shí)得到了一批與抗失水脅迫相關(guān)的基因。為了研究條斑紫菜無性孢子形成過程中的基因表達(dá)，Kitade等[17]選擇 4 896 條非重復(fù)的 EST 作為探針，結(jié)合RT-PCR 或 Northern，分析了條斑紫菜4個(gè)不同發(fā)育階段的不同表達(dá)候選基因的特異表達(dá)。這些研究有助于開發(fā)適應(yīng)于不同生境與品質(zhì)需求的優(yōu)良新品種[18-19]。相比野生品系，童冠文通過遺傳力分析得出：5個(gè)條斑紫菜栽培品系的配子體長寬比性狀的差異、單位面積濕質(zhì)量、干質(zhì)量以及干濕質(zhì)量比主要跟品系本身有關(guān)[20]。而利用基因芯片檢測差異基因表達(dá)情況，是一種查找、鑒定相關(guān)功能基因，分析品系特色性狀的分子機(jī)制的高效技術(shù)方法。

本文中兩個(gè)優(yōu)良新品系06DO與L0601，系江蘇南通條斑紫菜主產(chǎn)區(qū)人工栽培群體選育的、具有明顯特色的優(yōu)良栽培新品。品系L0601的出苗效果、抗逆水平及栽培生長性狀等均表現(xiàn)良好;06DO新品種具有原藻色澤深、品質(zhì)優(yōu)良及增產(chǎn)表現(xiàn)等特征。通過以本地優(yōu)勢原種HAI為對照進(jìn)行比較分析，采用品系在實(shí)驗(yàn)室培育的無污染自由絲狀體樣本，初步分析品系在孢子體階段的基因差異表達(dá)。由于06DO是通過誘變獲得，與對照樣本差異最多（見表4），其FC小于-10的下調(diào)基因有104個(gè)。B與A兩組中，上調(diào)或下調(diào)的差異表達(dá)基因皆有部分相同，上調(diào)基因中皆有大量與蛋白質(zhì)合成等有直接關(guān)系的，在下調(diào)基因中均有60s ribosomal protein、Heat shock protein等，但差異基因的表達(dá)水平及頻率分布均不同;兩組基因集的GO分類也各有異同點(diǎn)，根據(jù)其功能推測與藻類耐旱機(jī)理相關(guān)，如光合作用相關(guān)基因Polyubiquitin等（表5）。由于品系的不同遺傳特性，L0601與 HAI相比較基因差異表達(dá)水平較低，且歸集的生物學(xué)功能簡單。

目前，紫菜屬已知基因序列信息仍有限，本研究中雖然獲得大量差異基因，但有43.18%基因?qū)傥粗δ?。楊惠把獲得的序列與數(shù)據(jù)庫比對之后發(fā)現(xiàn)，有 56.6%的Unigene沒有找到同源序列[21]。隨著越來越多的植物全基因組測序的完成，許多重要的功能基因得到克隆和功能解析，為作物改良提供了豐富的基因資源，將對經(jīng)濟(jì)植物種類產(chǎn)量、品質(zhì)、抗性等性狀的改良起到越來越重要的作用[22]。

參考文獻(xiàn)：

[1] Uji T， Sato R， Mizuta H， et al. Changes in membrane fluidity and phospholipase D activity are required for heat activation of PyMBF1 in Pyropiayezoensis （Rhodophyta） [J]. J Appl Phycol， 2013， 25：1 887-1 893.

[2] Kitade Y， Nakamura M， Uji T， et al. Structural features and gene-expression profiles of actin homologs in Porphyrayezoensis（Rhodophyta） [J].Gene， 2008， 423（1）：79-84.

[3] 牛建峰， 高勝寒， 駱迎峰， 等. 條斑紫菜低覆蓋度基因組草圖分析[J].海洋科學(xué)， 2011， 35 （ 6 ）： 76- 81.

[4] San C， Mi SH， Sungoh I， et al.Transcriptome sequencing and comparative analysisof the gametophyte thalli of Pyropiatenera under normaland high temperature conditions[J]. J Appl Phycol， 2013， 25：1 237-1 246.

[5] Nakamura Y， Sasaki N， Kobayashi M， et al. The first symbiont-free genome sequence of marine red alga， susabi-nori Pyropiayezoensis[J].PLoS ONE，2013， 8（3）：57 122 .

[6] Robinson N， Winberg P， Kirkendale L. Genetic improvement of macroalgae： Status to date and needs for the future[J]. J Appl Phycol， 2013， 25： 703-716.

[7] 劉思言， 沈鋮武， 王丕武. 基因芯片技術(shù)在植物中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J].廣東農(nóng)業(yè)科學(xué)， 2013（8）： 136-138.

[8] 沈志錦， 彭克勤， 周浩， 等. 植物微量元素鋅的研究進(jìn)展[J].湖南農(nóng)業(yè)科學(xué)， 2007（3）： 110-112.

[9] 楊柳， 張振乾， 宋繼金， 等. 植物抗逆基因研究進(jìn)展[J].作物研究， 2010， 24（1）： 126-129.

[10] 魏思佳， 戴紹軍. 藻類響應(yīng)環(huán)境脅迫的蛋白質(zhì)組變化研究進(jìn)展[J].現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技， 2013（3）： 244-245.

[11] 孫兵，閆彩霞，張廷婷， 等.基因芯片技術(shù)在植物基因克隆中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J].基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2009，28（1）： 153-158.

[12] 賈琪， 吳名耀， 梁康逕， 等. 基因組學(xué)在作物抗逆性研究中的新進(jìn)展[J].中國生態(tài)農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)， 2014， 22（4）： 375-385.

[13] 孫麗靜，張瑋，紀(jì)軍，等.利用基因芯片分析科農(nóng)9204小麥高產(chǎn)氮高效機(jī)制[J].華北農(nóng)學(xué)報(bào)，2014（4）：213-220.

[14] 雷東陽， 曠浩源， 陳立云. 利用基因芯片研究植物非生物逆境響應(yīng)基因表達(dá)的進(jìn)展[J]. 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)：自然科學(xué)版，2012，38（2）： 156-161.

[15] 周曉君， 莊筠昀， 茅云翔， 等. 條斑紫菜功能基因芯片研制與應(yīng)用[J].高技術(shù)通訊， 2006， 16（12）： 1 233-1 237.

[16] 王孟強(qiáng). 條斑紫菜功能基因組特性與抗逆相關(guān)基因表達(dá)分析[D].青島：中國海洋大學(xué)， 2007.

[17] Kitade Y， Asamizu E， Fukuda S， et al. N： Identification of genes preferentially expressed during asexual sporulation in Porphyrayezoensis gametophytes （Bangiales， Rhodophyta）. [J]Journal of Phycology， 2008， 44：113-123.

[18] 王華芝， 嚴(yán)興洪， 李琳. 條斑紫菜（Porphyrayezoensis）耐高溫品系的篩選及特性分析[J]. 海洋與湖沼， 2012， 43（2）： 363-369.

[19] 付春輝， 嚴(yán)興洪， 黃林彬.條斑紫菜（Porphyrayezoensis）選育品系殼孢子的放散量與耐高溫性研究[J].海洋與湖沼， 2011， 42（3）： 461-466.

[20] 童冠文. 條斑紫菜經(jīng)濟(jì)性狀研究進(jìn)展[J]. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技， 2010（11）： 344- 345.

[21] 楊惠. 條斑紫菜功能基因組及重復(fù)序列特征研究[D]. 青島：中國海洋大學(xué)， 2011.

[22] 吳健，劉學(xué)，王永紅.植物重要功能基因研究進(jìn)展及其應(yīng)用[J].生命科學(xué)，2011，23（2）：168-178.