張 斌,謝松云,李寧飛
(西北工業(yè)大學(xué) 電子信息學(xué)院,陜西 西安 710129)
EEG與MEG都能夠提供具有良好時(shí)間分辨率 (通常為毫秒級(jí))的數(shù)據(jù),但空間分辨率有限。與之相對(duì)應(yīng),功能磁共振(function Magnetic Resonance Imaging, fMRI)提供了良好的空間分辨率卻相對(duì)較差的時(shí)間分辨率。研究人員們開始從將腦電與功能磁共振技術(shù)進(jìn)行結(jié)合的角度尋求靈感和算法[1],其目的就是結(jié)合兩者的優(yōu)勢(shì),并最終得到更為合理精確的源定位結(jié)果。人腦建模是腦磁圖(Magnetoencephalogram,MEG)與腦電圖(Electroencephalogram,EEG)計(jì)算中正逆問題的先決條件。同時(shí)它也是基于EEG/fMRI的多模態(tài)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)融合中約束方法首先要解決的問題。實(shí)際應(yīng)用中廣泛應(yīng)用的往往是球頭模型,通過將人腦部簡(jiǎn)化為球使得正逆問題得到簡(jiǎn)化。最為常用的為三層球頭模型,該模型包含頭皮、顱骨以及大腦三層,其它的類似球模型包括五層球模型以及重疊球模型等。然而,在使用偶極子方法進(jìn)行求逆時(shí),由于球模型與真實(shí)頭部的差異,在相關(guān)的數(shù)值運(yùn)算以及激活源定位時(shí)會(huì)引入巨大的誤差[1]。這一缺陷也使得球模型的應(yīng)用受到了限制。為了提高新模型的準(zhǔn)確程度,研究者開始考慮在構(gòu)建模型時(shí)結(jié)合人腦MRI數(shù)據(jù)。
隨后產(chǎn)生了幾種建立真實(shí)頭模型的數(shù)學(xué)方法,如基于體元的有限元方法(Finite Element Method,F(xiàn)EM)以及基于面元的邊界元方法(Boundary Element Method, BEM)[2],這兩種方法都是通過使用三角元來構(gòu)建模型。為了保證模型的準(zhǔn)確性,使用的三角元必須很小,因此需要大量的節(jié)點(diǎn)坐標(biāo),隨之而來的就是龐大的運(yùn)算量,致使真實(shí)頭模型無法得到廣泛應(yīng)用[3]。本文提出了一種基于非均勻有理B樣條(Non-Uniform Rational B-Splines,NURBS)的構(gòu)建真實(shí)頭模型的新方法。NURBS曲面是一種在工業(yè)上早已得到廣泛應(yīng)用的方法,其它領(lǐng)域也有許多基于NURBS的建模方法研究。插值與擬合是最為基礎(chǔ)的兩種方法[4]。這里使用對(duì)MRI圖像進(jìn)行插值的方法重建真實(shí)頭模型。該方法在保證結(jié)果良好的情況下建模速度更快且所使用的點(diǎn)更少。
整個(gè)建模流程如圖1所示,首先對(duì)MRI數(shù)據(jù)進(jìn)行圖像分割、邊緣提取等預(yù)處理,接著將圖像邊緣數(shù)據(jù)信息進(jìn)行整合并規(guī)范化,最后對(duì)預(yù)處理得到的數(shù)據(jù)插值,反求出真實(shí)頭模型。
圖1 插值法構(gòu)建頭模型流程圖Fig.1 Flow chart of head modeling by interpolation
圖像預(yù)處理部分的第一步是對(duì)MRI圖像進(jìn)行分割[5]。使用的數(shù)據(jù)為Compressed NifTI(.nii.gz)格式,是磁共振常用的數(shù)據(jù)格式。掃描圖像為217×181×181矢狀圖,即從如圖2所示的矢狀面角度看,每層圖像大小為217×181,共掃描了181層。
由于實(shí)際圖像不可能在特定結(jié)構(gòu)區(qū)域有穩(wěn)定的灰度值,因此需要應(yīng)用一定的形態(tài)學(xué)方法對(duì)圖像加以處理,去除可能的噪點(diǎn),得到邊界后才能進(jìn)行下一步的初始化。
圖2 圖像分割Fig.2 Image segmentation
該模塊的第二部是邊界提取,這里使用變形方法完成頭部MRI圖像邊緣提取。該方法首先對(duì)原始MRI圖像進(jìn)行閾值處理并二值化如圖3(a)所示。二值化后求得該圖像的重心和半徑,利用其重心和半徑構(gòu)造一個(gè)位于頭內(nèi)部的初始球面,再通過不斷變形迭代更新曲面,最終得到所要求的邊緣結(jié)果。接下來再進(jìn)行形態(tài)學(xué)處理,使用圖像閉合方法,即對(duì)圖像進(jìn)行先膨脹后腐蝕,再進(jìn)行填孔運(yùn)算,最終得到圖3(b)所示的大腦邊界圖像
圖3 邊界提取Fig.3 Boundary extractioin
經(jīng)過圖像的預(yù)處理模塊,我們已經(jīng)得到了MRI圖像的頭部邊界,要以這些邊界點(diǎn)作為已知數(shù)據(jù)點(diǎn)進(jìn)行曲面插值。要進(jìn)行曲面插值,首先要求這些數(shù)據(jù)點(diǎn)必須是有序的,所以在對(duì)MRI圖像進(jìn)行分割得到邊緣點(diǎn)后,必須按照一定規(guī)則,通過邊界跟蹤的方法按順序排列這些邊緣點(diǎn),從而為插值做準(zhǔn)備。此外,由于邊緣提取方法所限,不可避免的會(huì)出現(xiàn)一些孤立的噪聲點(diǎn),可能導(dǎo)致跟蹤方法失敗,因此在邊緣跟蹤開始前,需要先對(duì)提取的邊緣數(shù)據(jù)去噪,即將孤立點(diǎn)以及與邊緣相連的一些異常點(diǎn)刪除。
邊界跟蹤即從圖像的一個(gè)邊緣點(diǎn)出發(fā),按照一定的規(guī)則搜索下一邊緣點(diǎn)直到滿足特定終止條件,由此得到目標(biāo)邊界。具體步驟為:首先,確定起始搜索點(diǎn)。本文取圖像左上角第一個(gè)有值點(diǎn)作為起始搜索點(diǎn)S,將其位置存入邊界點(diǎn)序列并作為第一個(gè)邊界點(diǎn)。將所有點(diǎn)搜索狀態(tài)置0,存儲(chǔ)在一個(gè)與圖像等大小的零矩陣中,且該點(diǎn)不是已搜索得到的邊界點(diǎn)。
然后,通過對(duì)提取的腦邊緣進(jìn)行八鄰域搜索,將各掃描層大腦邊界點(diǎn)的坐標(biāo)數(shù)據(jù)按順序以矩陣形式存儲(chǔ)在一個(gè)元胞數(shù)組內(nèi)。由于總的數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)目依然很大,如果直接將這些點(diǎn)用于構(gòu)建模型仍然會(huì)給計(jì)算機(jī)很大的運(yùn)算負(fù)載,與此同時(shí),生成的模型也缺乏光順性。因此需要在進(jìn)行曲面重構(gòu)前對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理。
由于MRI數(shù)據(jù)中各層腦切面大小不同,因此所存儲(chǔ)的邊界數(shù)據(jù)點(diǎn)也不相同,首先必須將數(shù)據(jù)矩陣規(guī)范為相同大小,并在這一過程中降低矩陣中元素的數(shù)目。本文所用MRI數(shù)據(jù)中共有146層矢狀面包含大腦數(shù)據(jù),故邊界矩陣中包含146行數(shù)據(jù)點(diǎn)。各行對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)由數(shù)十列到數(shù)百列不等。如果進(jìn)行曲面重構(gòu)時(shí)需要一個(gè)大小為m×n的矩陣,那么對(duì)于數(shù)據(jù)長(zhǎng)度超過n列的行來說就可以進(jìn)行采樣,而對(duì)于少于n列數(shù)據(jù)點(diǎn)的則按順序插入一些點(diǎn)。通過這個(gè)方法就可以生成一個(gè)m×n的邊界點(diǎn)矩陣,表示為 Qij(i=0,1,…,m;j=0,1,…,n)。 由于最終建模時(shí)所需要的n小于多數(shù)切面對(duì)應(yīng)的邊界數(shù)據(jù)點(diǎn),因此在對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理后的總數(shù)據(jù)量有大幅減少。這里n的選取可以根據(jù)各層所需要的重構(gòu)曲線質(zhì)量自由選擇。
接下來的問題就是如何根據(jù)邊界數(shù)據(jù)使用NURBS重構(gòu)大腦曲面。由于數(shù)據(jù)點(diǎn)已經(jīng)被規(guī)范化為一個(gè)矩陣,因此這個(gè)問題可以通過一般的曲面插值得到解決。
一個(gè)(p,q)次的B樣條曲面表示形式如下[6]:
其中 Pi,j為控制點(diǎn)或定義點(diǎn),Ni,q(u)與 Nj,q(v)為 p 與 q 次下的B樣條基函數(shù),u和v為節(jié)點(diǎn),對(duì)應(yīng)節(jié)點(diǎn)向量分別為:
曲面插值問題可以表示為
其中
這里使用雙三次樣條曲面插值,即p=3,q=3。插值過程包含以下幾步:
1)數(shù)據(jù)點(diǎn)參數(shù)化,采用積累弦長(zhǎng)參數(shù)化方法
首先令d為總弦長(zhǎng)
那么有u0=0 un=1
該方法可用于大多數(shù)情況,且對(duì)應(yīng)產(chǎn)生的插值曲線結(jié)果光順性較好,符合通常的要求,因此是應(yīng)用最為廣泛的參數(shù)化方法。它在數(shù)據(jù)點(diǎn)分布不均勻或控制多邊形弦長(zhǎng)不等長(zhǎng)的情況下,能夠避免如上均勻參數(shù)化方法的問題,給出符合數(shù)據(jù)點(diǎn)或弦長(zhǎng)分布的參數(shù)化結(jié)果,所以它在某種程度上也被粗略的認(rèn)為是弧長(zhǎng)參數(shù)化。這里需要強(qiáng)調(diào)的是,曲線插值最后生成的結(jié)果光順性好壞并不僅僅取決于所選的參數(shù)化方法,同時(shí)還由所選的插值方法所決定。此外,這里采用弦長(zhǎng)參數(shù)化方法也并不等同于說最終的插值曲線參數(shù)是積累弦長(zhǎng)。
2)計(jì)算節(jié)點(diǎn)向量U
節(jié)點(diǎn)通??梢赃M(jìn)行等距離分割
然而通常并不推薦使用這種方法,這是因?yàn)楫?dāng)結(jié)合積累弦長(zhǎng)參數(shù)化方法使用時(shí),有可能會(huì)產(chǎn)生一個(gè)奇異方程組。因此使用如下的平均方法
通過使用這一方法可以使得節(jié)點(diǎn)的分布反映出參數(shù)化后點(diǎn)uk的分布。
3)利用公式(4)對(duì)U向使用NURBS曲線插值,求得一組“中間”控制點(diǎn)。
4)根據(jù)公式(5)對(duì)V向使用NURBS曲線插值,求得控制點(diǎn) Pi,j。
5)使用 U,V 以及 Pi,j計(jì)算反求 NURBS 曲面。
整個(gè)建模過程在MATLAB環(huán)境下完成。最終重構(gòu)真實(shí)頭模型中的大腦部分如圖4所示。
圖4 大腦重構(gòu)結(jié)果Fig.4 Reconstructed result
計(jì)算機(jī)仿真結(jié)果如圖4所示,最終的生成結(jié)果良好。除此之外,在數(shù)據(jù)預(yù)處理時(shí),數(shù)據(jù)點(diǎn)的個(gè)數(shù)由超過70 000點(diǎn)降至7 000余點(diǎn)。而如果使用三角元構(gòu)建模型,數(shù)字將大幅提升。上述建模過程在一臺(tái)處理器為Intel Core(TM)2 Duo Processor,內(nèi)存為2G的普通臺(tái)式機(jī)上僅耗時(shí)十秒左右。
該建模系統(tǒng)使用模塊化思想結(jié)合NURBS新方法構(gòu)建真實(shí)腦模型,具有高速、少數(shù)據(jù)建模的特點(diǎn)。對(duì)于該方法有效性的更進(jìn)一步評(píng)估可以通過在腦電的正逆問題計(jì)算中進(jìn)行量化分析。此外,未來開展的研究中可以使用更為復(fù)雜的NURBS方法。NURBS作為真實(shí)頭模型構(gòu)建中一種很有潛力的方法,是值得投入更多精力的。
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