汪珍春,王小蘭,鄭毅勝,周伯春,姜立云
(1.廣州大學生命科學學院,廣州 510006;2.中國科學院動物進化與系統(tǒng)學重點實驗室,北京 100101)
菊花Chysantemum morifolium為多年生草本植物,是經長期人工選擇培育的名貴觀賞花卉,我國的菊花品種有3000種以上(Li,1981)。菊花因清雅高潔,花型優(yōu)美,顏色絢麗,多被用于花壇、地被、盆花和切花等,是廣州地區(qū)春節(jié)期間主要的上市花卉之一。然而,菊花在生長過程中非常容易受到病蟲害的威脅,蚜蟲是其重要害蟲之一(Wang et al.,2002)。蚜蟲不僅危害嫩枝、葉背、花蕾,致使植株矮化、卷葉,甚至死亡(Sauge et al.,2002),其排泄物還易導致煤污病發(fā)生,同時也是菊花病毒的主要傳播者之一(圖1)(Li,1981;Ellis et al.,1998)。蚜蟲類Aphidinea 昆蟲隸屬于昆蟲綱Insecta 半翅目Hemiptera,世界已知4700 余種(Remaudière and Remaudière,1997),中國蚜蟲類資源豐富,已知種類有1000 余種。蚜蟲體型很小,形態(tài)特征特化或退化,具有復雜的多型現(xiàn)象,有效的形態(tài)鑒別特征較少(張廣學和鐘鐵森,1983)。因此僅依據(jù)形態(tài)特征的開展的蚜蟲物種鑒定工作中的錯誤鑒定和同物異名現(xiàn)象時有發(fā)生,需要具有扎實的專業(yè)知識與豐富經驗的分類學者才能準確鑒定(Foottit et al.,2008;Lee et al.,2011)。DNA 條形碼是應用單一基因片段序列來區(qū)分所有物種的快速物種鑒定方法(Hebert et al.,2003),可以對處于各個發(fā)育階段的生物型——卵、幼蟲、成蟲,或死亡個體的殘骸進行鑒定,并且不受性別二態(tài)性的影響(Floyd et al.,2009),在蚜蟲鑒定中具有顯著的優(yōu)勢和應用價值。本研究采集了危害廣州市17個常見綠化菊花品種的2屬2種蚜蟲,桃蚜Myzus persicae(Sulzer)和棉蚜Aphis gossypii Glover,探討基于線粒體COI基因片段的DNA 條形碼在快速鑒定危害廣州常見菊花蚜蟲中的應用,以幫助植保工作者在菊花種植、抗性品系的篩選和害蟲防治等工作中進行蚜蟲物種的快速、準確鑒定。
圖1 蚜蟲對菊花植物的為害Fig.1 Damage on Chrysanthemum plants by aphids
研究用蚜蟲樣品均采自廣州市常見的17個菊花品種,共計43份樣品,涉及2屬2種(樣品信息見表1)。所有蚜蟲標本浸泡于75%或95%酒精中,保存于中國科學院動物研究所國家動物博物館(中國,北京)。其中,95%酒精浸泡標本用于分子實驗,75%酒精浸泡標本用于制作玻片標本后的形態(tài)鑒定。標本由中國科學院動物研究所鑒定。
表1 本研究所用蚜蟲樣品信息Table 1 List of aphid samples used in this study
(續(xù)上表)
1.2.1 DNA 粗提、PCR 擴增和測序
DNA 粗提:用TakaRa 公司的MightyAmp DNA Polymerase Ver.2 試劑盒粗提DNA,該試劑盒由MightyAmp DNA Polymerase(1.25 U/μL)和MightyAmp Buffer Ver.2(Mg2+,dNTP plus)組成,可以將血液、動植物組織等生體直接加入到反應液中進行PCR,MightyAmp DNA Polymeras 對粗提樣品顯示很好的擴增能力。因此,本實驗選取浸泡于95%酒精中的體型較大的單個蚜蟲蟲體,吸干蟲體表面酒精后,用dH2O 漂洗三次,浸泡過夜。次日更換dH2O 后,保留留約2μL 的dH2O,用研磨杵將蟲體研碎,吸取上清液,即得到單個蚜蟲DNA 粗提液。
PCR 引物設計:本研究選用線粒體基因細胞色素氧化酶I 亞基(COI)基因部分序列作為分子標記,其擴增引物為常用引物LEP-F、LEP-R(Foottit et al.,2008),用于擴增COI 基因3'端約700 bp 的片段。引物信息見表2。
PCR擴增:擴增體系為20μL,包括:MightyAmp Buffer Ver.2 10μL,primer1 1μL,primer 2 1μL,DNA 粗提液2μL,MightyAmp DNA Polymerase 0.5μL,dH2O 5.5μL。反應條件為98℃變性2 min,98℃變性10 s,54℃退火15 s,68℃延伸1 min,35個循環(huán)。PCR 產物于-20℃保存。
擴增產物檢測:取3μL PCR 產物于1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(128 V,10 min)。
擴增產物測序:PCR 產物純化后,利用ABI 3730xl 96-capillary DNA 分析儀測序(Applied Biosystems,USA,上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司廣州分公司)。
表2 線粒體COI 序列擴增引物信息Table 2 Mitochondrial COI primers used in this study
1.1.2 序列分析和鄰接樹的構建
通過Seqman 5.01(DNASTAR,Inc.1996)軟件對雙向測序結果進行拼接、校對、切去引物得到658bp。應用DNAMAN5.2.2(Lynnon Biosoft,Quebec,Canada)軟件檢驗是否能正確翻譯蛋白質以確保序列的正確性;使用MEGA 5.0(Tamura et al.,2007)對序列進行多重比對,分析核酸組成;通過DAMBE 程序(Xia and Xie,2001)進行序列飽和性分析,以轉換、顛換為縱軸,以TN93 模型(Tamura and Nei,1993)校正的距離為橫軸做散點圖;基于 K2P 模型(Kimura-2-parameter distance,Kimura,1980),計算序列差異,構建鄰接樹(Neighbour-Joining tree,NJ tree),并對各分支節(jié)點進行Bootsrap 檢驗(檢測1000 次,每次檢測隨機加樣重復100 次);應用EXCEL 軟件(Microsoft Office Excel 2003)計算各差異頻次,繪制頻次圖。
實驗獲得蚜蟲2屬2種43個序列,經Seqman比對后得到658 bp,編碼218個氨基酸。表3 顯示不同密碼子位點的堿基分布,堿基平均含量為39.8%T,14.3%C,35.3%A,10.6%G。A+T 含量為75.1%,C+G 含量為24.9%,存在明顯的A、T 堿基偏好性。其中,有保守位點551個,可變位點62個,簡約位點56個,單個突變位點6個。
應用DAMBE 程序對序列進行了飽和性分析,以轉換、顛換為縱軸,以TN93 模型校正的距離為橫軸做散點圖,結果如圖2 所示,序列間轉換、顛換數(shù)隨距離增加呈線性增長趨勢,未表現(xiàn)出飽和態(tài)勢,所以658個位點都可被用于后續(xù)分析。
表3 樣品中不同密碼子位點的堿基含量分布(%)Table 3 The base content for samples and each codon position
圖2 基于658 bp 線粒體基因COI 的序列飽和性分析散點圖Fig.2 Saturation plots for the mitochondrial COI sequences with 658bp.
基于COI 序列和K2P 模型,使用鄰接法分析后得到所有樣品的NJ 樹(圖3)。結果表明,棉蚜A.gossypii Glover和桃蚜M.persicae(Sulzer)的所有樣品都能各自聚為一支,并有較高的支持率,分別為棉蚜64%,桃蚜為100%。
圖3 基于COI 序列和K2P 模型構建的NJ 樹,自舉檢驗支持率標在分支左側Fig.3 Neighbour-Joining(NJ)tree based on COI sequences and Kimura's two parameter model with bootstrap percentages shown on left.
對實驗所得的2種43 條COI 序列差異進行了計算與統(tǒng)計,平均差異為2.10%,標準差為4.00%,差異范圍為0.00%~10.3%。主要集中在0.00%~2.50%和10.00%~12.50% 范圍內,種內序列差異和種間序列差異之間形成了明顯的“Barcoding gap”。種內序列差為0.00%~1.20%,平均差異為0.08%,標準差為0.18%。各物種的種內差異見表4。棉蚜A.gossypii 序列間的差異最大,可達1.20%。種間差異為9.60%~10.30%,平均差異為9.69%,標準差為0.13%。
圖4 基于線粒體COI 658bp 序列和K2P 距離的種間序列差異頻次圖Fig.4 Histogram of genetic divergence using Mitochondrial COI 658bp Sequences.Divergences were calculated using Kimura's two parameter(K2P)model.
表4 各種種內序列差異Table 4 Mean and range of intraspecific nucleotide divergences
本研究收集了廣州市常見綠化菊花17個品種:黃香梨、黃色秋菊、非洲菊、紅色秋菊、粉色車輪菊、白毛獅子、北京紅、萬壽菊、金皇后、紫色車輪菊、黃球菊、虢國夫人、村姑晨妝、車輪菊、大麗花、翠鳳祥云、墨荷上的2屬2種蚜蟲。其中,棉蚜Aphis gossypii Glover 出現(xiàn)在所有的品種上,多數(shù)寄生于花瓣,少數(shù)寄生于葉背面。桃蚜Myzus persicae(Sulzer)只在墨荷、紫色車輪菊、黃香梨、翠鳳祥云、黃色秋菊上發(fā)現(xiàn)?;ò?、葉背面都有寄生。
Hebert 等(2003)對包括脊椎動物和無脊椎動物界的線粒體COI 基因序列分析得出結論:除腔腸動物外,98% 物種的種內遺傳距離差異為0.00%~2.00%,種間遺傳距離差異平均可達11.30%。作為一種新的物種鑒定手段,基于mtDNA COI 基因的條形碼技術目前在昆蟲鑒定方面有廣泛應用,在桔小實蠅(劉慎思等,2012)、對齒小蠹屬昆蟲(常虹等,2012)、夜蛾科物種(楊聰慧等,2012)、我國常見7種蝗蟲(潘程瑩等,2006)、我國田間常見25種薊馬(喬瑋娜等,2012)以及蚜蟲(Foottit et al.,2008;Lee et al.,2011;Wang et al.,2011;溫娟等,2013;陳睿等,2013)等類群的研究中均顯示出了很高的解決效力。
本研究結果與其他昆蟲類群的條形碼研究結果一致。采自廣州市菊花上的2個蚜蟲物種的COI序列存在明顯的A、T 堿基偏好性,符合昆蟲線粒體基因堿基組成的基本特征(Simon et al.,1994;von Dohlen et al.,2000;Zhang and Qiao,2007a,2007b;Wang et al.,2011;Liu and Beckenbach,1992);種內平均差異為0.08%,最大差異為1.20%,種間平均差異為9.69%,最小差異值達到9.60%,說明線粒體COI 基因作為條形碼能有效地區(qū)分蚜蟲的種類,并且能很好地區(qū)分廣州地區(qū)常見的危害菊花的蚜蟲種類。此外,同一個物種的不同地理種群間的差異很小。例如棉蚜的38個樣品來自9個不同的地理種群,其序列差異僅為0.10%。來自同一地點,同一寄主的同一器官上的不同樣品也得到了很好的區(qū)分,例如,編號為wzc090和wzc091 的兩個樣品(圖1A)都來自江南大道中的紫色車輪菊的花瓣,經形態(tài)鑒定確認兩個樣品分別是棉蚜和桃蚜,它們之間的序列差異達到9.80%。采自來自同一地點的同一寄主的不同器官上的兩個樣品,雖然其體色差異很大,卻為同一個物種,例如編號為wzc072(圖1B)和wzc 073(圖1C)的樣品都是采自北京路的黃色秋菊,前者為黑色,寄生于花瓣,后者為墨綠色,寄生于葉背面,但經條形碼鑒定都為棉蚜,它們之間的COI 序列差異為0.00。同一品種的菊花在不同地理位置種植,其上寄生的蚜蟲物種也會不同,例如,種植在珠江以北地區(qū)的天河區(qū),越秀區(qū)和白云區(qū)的黃香梨上只發(fā)現(xiàn)有棉蚜寄生,而種植在珠江以南的海珠區(qū)的黃花梨則同時發(fā)現(xiàn)有棉蚜和桃蚜寄生。因此,基于COI 基因的DNA 條形碼可以幫助解決常見危害菊花的不同種蚜蟲易被混淆的問題,同時還可以避免將特征差異較大(例如:體型不等、體色不同)的同種蚜蟲鑒定為不同物種的錯誤,在缺乏蚜蟲分類專家指導的前提下,也能夠快速準確鑒定危害廣州常見菊花的蚜蟲物種,極大地提高了植保工作的效率。
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