游戲故事是緊接在八代《真人快打：末日戰(zhàn)場》之后的情節(jié)，但時空背景會來到最初的一、二、三代的故事發(fā)生之際。故事主線會由雷神開始，就在紹康（shao Kahn）要殺死他之際，他向過去的自己（一代）傳遞了訊息。接著故事就會回到一代的時空，雷神會嘗試去了解自己所接收到的異象和訊息，以避免一連串將會招致大毀滅的事件發(fā)生，因此這次的故事背景雖然回歸到前三代，但故事劇情卻會有著大幅度的變化。