楊博

摘要：Lims（實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)，Laboratory Information Management System）是對(duì)實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生的各種信息進(jìn)行管理的軟件系統(tǒng)。通過(guò)該系統(tǒng)可以切實(shí)提高實(shí)驗(yàn)室管理工作效率，大大減輕實(shí)驗(yàn)室人員工作負(fù)擔(dān)，從而提升服務(wù)水平，充分發(fā)揮實(shí)驗(yàn)室各種資源的作用，通順實(shí)驗(yàn)室及其相關(guān)工作的業(yè)務(wù)流程。該文介紹的就是一個(gè)基于portal技術(shù)上的Lims系統(tǒng)。

關(guān)鍵詞：Lims；Browser/Server；Portal/Portlet；快速構(gòu)建；粗粒度；細(xì)粒度

中圖分類號(hào)：TP393文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1009-3044(2012)16-3786-03

Research of The Laboratory Information Management System

YANG Bo

(Shanghai Center For Bioinformation Technology, Shanghai 2012515, China)

Abstract：Lims (Laboratory Information Management System) is a software for a variety of laboratory information management sys? tem. The use of this system can improve the efficiency of laboratory management, reduce the burden on laboratory staff, improve service levels, give full play to the role of laboratory resources and smooth the laboratory work and related business processes. This article studies a portal-based technology Lims system.

Key words：Lims; Browser/Server; Portal/Portlet; Channel; Coarse-grained; Fine-gained

隨著我國(guó)對(duì)基礎(chǔ)研究重視程度的增加以及資源投入的加大，越來(lái)越多的實(shí)驗(yàn)室涌現(xiàn)出來(lái)，隨之而來(lái)的就是實(shí)驗(yàn)室類型多樣化，繁雜化。在這種情況下，而對(duì)實(shí)驗(yàn)室的管理就顯得尤為重要，實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)正是為了解決這一難題應(yīng)運(yùn)而生的。[1]

該文所介紹的就是這樣一款軟件，用戶可以根據(jù)自身需求快速搭建功能平臺(tái)，添加所需求的各種功能，根據(jù)自己實(shí)驗(yàn)室的特點(diǎn)和組織類型設(shè)置權(quán)限和組織框架。不同的實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)既可以相互獨(dú)立，也可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室組的不同劃分來(lái)實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)共享。

1實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)的特點(diǎn)及其解決問(wèn)題

這個(gè)系統(tǒng)主要針了對(duì)以下幾個(gè)較為突出的問(wèn)題：

1)使用的便攜性和簡(jiǎn)便性：整個(gè)系統(tǒng)使用B/S架構(gòu)，作為用戶，僅需通過(guò)web瀏覽器，便可登錄系統(tǒng)來(lái)處理各項(xiàng)任務(wù)以及調(diào)用各種系統(tǒng)資源。這樣就可以隨時(shí)隨地查詢?yōu)g覽處理業(yè)務(wù)，實(shí)現(xiàn)移動(dòng)工作。從而使得業(yè)務(wù)擴(kuò)展和維護(hù)更為簡(jiǎn)便，只需通過(guò)修改網(wǎng)頁(yè)就可以實(shí)現(xiàn)功能的升級(jí)和改變。

2)分級(jí)的用戶組織模型，支持各種類型的組織：系統(tǒng)中的用戶可被分為三級(jí)進(jìn)行組織：system用戶、organization用戶和location用戶。例如，當(dāng)system是一個(gè)研究所時(shí)，organization即為所里的一個(gè)實(shí)驗(yàn)室，而location則是實(shí)驗(yàn)室下的一個(gè)子實(shí)驗(yàn)室，這樣能使系統(tǒng)去支持各種類型的組織結(jié)構(gòu)，既適用于組織復(fù)雜的結(jié)構(gòu)也適用于中小實(shí)驗(yàn)室。每一個(gè)用戶都可以唯一的被定為此三級(jí)結(jié)構(gòu)中的某一級(jí)，用戶關(guān)系明確。

3)自定義系統(tǒng)的功能與內(nèi)容:基于系統(tǒng)提供的核心平臺(tái)，用戶可以根據(jù)自己的需求自由的選擇功能模塊構(gòu)建系統(tǒng)，給系統(tǒng)“瘦身”，使系統(tǒng)簡(jiǎn)明而不冗余，令資源的應(yīng)用更加合理有效。同時(shí)在已有功能模塊不能滿足用戶需求的情況下也可以快速的為用戶構(gòu)建新的功能模塊。系統(tǒng)僅需通過(guò)鼠標(biāo)的簡(jiǎn)單點(diǎn)擊，即可實(shí)現(xiàn)裁剪或添加功能模塊。通過(guò)鼠標(biāo)拖拽和簡(jiǎn)單的鍵盤輸入，即可實(shí)現(xiàn)系統(tǒng)整體結(jié)構(gòu)和頁(yè)面布局的改變。而合適的系統(tǒng)外觀則可以在系統(tǒng)預(yù)定義的幾套界面與顏色之間選擇。

2 Portal/Portlet概述

2.1 Portal基本概念

Portal的組成可以分為三部份：1) Portal Server；2) Portlet Container；3) Portlet。

1) Portal Server的定義。一個(gè)Portal（門戶網(wǎng)站）就是指一個(gè)Web-based的系統(tǒng)，通常都會(huì)提供個(gè)人化設(shè)置、單一登陸、以及由各種不同來(lái)源或不同網(wǎng)站取得各式各樣的信息，并且將這些信息放在網(wǎng)頁(yè)之中組合而成的呈現(xiàn)平臺(tái)，門戶網(wǎng)站會(huì)有精巧的個(gè)人化設(shè)置去提供定制的網(wǎng)頁(yè)，當(dāng)不同等級(jí)的使用者來(lái)瀏覽該頁(yè)面將獲得不同的信息內(nèi)容。

2) Portlet Container的定義。Portlet Container是提供Portlets執(zhí)行的環(huán)境，包含了許多Portlets并且管理它們的生命周期，同時(shí)也會(huì)永遠(yuǎn)保存著Portlets的喜好設(shè)置，一個(gè)Portlet Container接收到來(lái)自Portal的請(qǐng)求后，會(huì)將這個(gè)請(qǐng)求傳遞給存在container的portlet執(zhí)行。Portlet Container沒(méi)有義務(wù)去組合portlets產(chǎn)生的信息內(nèi)容，因此這個(gè)工作必須由Portal來(lái)處理。Portal和Portlet Container可以放在一起視為同一個(gè)系統(tǒng)的組件，也可分開(kāi)成為兩個(gè)獨(dú)立的組件。

3）Portlet的定義。一個(gè)Portlet是以Java技術(shù)為技術(shù)的Web組件，由Portlet Container所管理，專門處理客戶的request以及產(chǎn)生各種動(dòng)態(tài)的信息內(nèi)容。Portlets為可插式( pluggable )的客界面組件，提供呈現(xiàn)層成為一個(gè)信息系統(tǒng)。

這些由Portlet產(chǎn)生的內(nèi)容也被稱為片段(fragment)，所謂片段是具有一些規(guī)則的Markup( HTML、XHTML、WML )，而且可以和其他片段組合成一個(gè)復(fù)雜文件。一般來(lái)說(shuō)，Portlet中的內(nèi)容是與其他Portlet內(nèi)容聚合而成為一個(gè)Portal網(wǎng)頁(yè)。而其生命周期是被Portlet Container所管理控制的。

3基于Portlet的Lims系統(tǒng)

3.1事件流程

用戶訪問(wèn)Portal頁(yè)面的主要事件流如下。

客戶端在驗(yàn)證后向Portal發(fā)http請(qǐng)求。Portal接收請(qǐng)求后Portal判定是否有包含請(qǐng)求，并請(qǐng)求包含的動(dòng)作指向的Portlet是和這個(gè)Portal頁(yè)面相關(guān)聯(lián)的。假如含有動(dòng)作的目標(biāo)Portlet，Portal發(fā)請(qǐng)求給Portlet容器去執(zhí)行相應(yīng)的Portlet的動(dòng)作。Portal通過(guò)Portlet Con? tainer調(diào)用Portlets，去獲得內(nèi)容片斷，這個(gè)片斷可以包含在Portal頁(yè)面中。Portal集合Portlets的輸出內(nèi)容到1個(gè)Portal頁(yè)面中，并把頁(yè)面返回客戶端。Portlet產(chǎn)生標(biāo)記片斷。Portal通常給Portlet產(chǎn)生的標(biāo)記片斷加了標(biāo)題，控制按鈕和其他的裝飾，這個(gè)新的片斷叫Portlet窗口。然后Portal整合Portlet窗口到完整的Portal頁(yè)面，整個(gè)結(jié)構(gòu)如圖1所示[3]。

圖1 Portal頁(yè)面的基本結(jié)構(gòu)

Portlets運(yùn)行在Portlet Container內(nèi)。Portlet Container接收Portlets產(chǎn)生的內(nèi)容。典型的，Portlet Container把Portlet內(nèi)容傳到Por? tal。Portal server根據(jù)Portlet產(chǎn)生的內(nèi)容創(chuàng)建Portal頁(yè)面，并傳送給客戶端，由客戶端顯示。[4]整個(gè)傳送的過(guò)程如圖2所示。圖2 portal頁(yè)面的產(chǎn)生過(guò)程3.2模塊簡(jiǎn)介

1)組會(huì)管理

組會(huì)管理模塊能讓用戶添加組會(huì)，填寫組會(huì)的詳細(xì)信息，并且能夠讓系統(tǒng)在特定的時(shí)間發(fā)送提醒郵件給系統(tǒng)內(nèi)想要通知的用戶。在組會(huì)管理中，可以進(jìn)行如下操作：①組會(huì)的添加，編輯，刪除功能；②設(shè)置組會(huì)的提醒時(shí)間；③編輯管理組會(huì)的提醒用戶名單。

2)基本技術(shù)

前臺(tái)的列表頁(yè)面用的是SearchContaner，其封裝了自動(dòng)排序，分頁(yè)，搜索，刪除，添加等功能。在這里面開(kāi)發(fā)人員可以輕松將需要的數(shù)據(jù)封裝成一個(gè)SearchContainer類型，只需要將要的數(shù)據(jù)存放進(jìn)去即可簡(jiǎn)單有效的顯示出來(lái)。

組會(huì)里定時(shí)發(fā)郵件的功能是通過(guò)OpenSymphony的quartz項(xiàng)目來(lái)實(shí)現(xiàn)的，Quartz允許開(kāi)發(fā)人員根據(jù)時(shí)間間隔（或天）來(lái)調(diào)度作業(yè)。它實(shí)現(xiàn)了作業(yè)和觸發(fā)器的多對(duì)多關(guān)系，同時(shí)能把多個(gè)作業(yè)與不同的觸發(fā)器關(guān)聯(lián)。整合了Quartz的應(yīng)用程序可以重用來(lái)自不同事件的作業(yè)，也可以為一個(gè)事件組合多個(gè)作業(yè)。在組會(huì)管理這個(gè)功能模塊中，用quartz實(shí)現(xiàn)了組會(huì)的發(fā)起者可以在組會(huì)開(kāi)始前1~10天發(fā)送郵件給所選的提醒名單中的成員。下面這個(gè)圖即為組會(huì)管理的顯示頁(yè)面，詳情見(jiàn)圖3所示。

該文主要介紹了在Portal基礎(chǔ)上實(shí)現(xiàn)的一個(gè)可以自己輕松定制輕松組合功能模塊的實(shí)驗(yàn)室管理系統(tǒng)。簡(jiǎn)單介紹了其功能和實(shí)現(xiàn)基礎(chǔ)。希望能將這個(gè)系統(tǒng)更好的與實(shí)驗(yàn)室相結(jié)合，更快更好的開(kāi)發(fā)出更多的功能模塊來(lái)豐富這個(gè)產(chǎn)品。

[1]楊夢(mèng)婷,李智浩.簡(jiǎn)述企業(yè)事務(wù)信息管理系統(tǒng)的設(shè)計(jì)[J].中小企業(yè)管理與科技,2009(5).

[2]孟凡一.Portal技術(shù)在B2E應(yīng)用模式的信息集成應(yīng)[D].長(zhǎng)春:吉林大學(xué),2006.

[3] Shum J,Chow A,Ferrer J.LiferayPortal4－CustomizationGuid[EB/OL].http://www.liferay.com.

[4] Shum J,Chow A, MarR,et al.LiferayPortal4－Content ManagementSystemGuide[EB/OL].http://www.liferay.com.