商偉偉,蔡 良,羅 磊,沈加彬,施碧紅
(福建師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,福建 福州 350108)
枯草芽孢桿菌是被美國食品與藥物管理局(FDA)及我國農(nóng)業(yè)部正式批準(zhǔn)使用的益生菌,由其產(chǎn)生的結(jié)構(gòu)各異的抗菌物質(zhì)有幾十種,主要包括由核糖體合成的肽類抗菌物質(zhì),非核糖體合成的脂肽類抗菌物質(zhì),磷脂類,大環(huán)內(nèi)酯類,酚類,多烯類物質(zhì)等[1]。經(jīng)研究其產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)對多種植物病原菌有抑制作用,能強(qiáng)烈抑制水稻紋枯病菌,稻瘟病菌,炭疽病菌等真菌在農(nóng)作物中的傳播,對綠色農(nóng)業(yè)的發(fā)展有很好的促進(jìn)作用[2]。隨著農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等行業(yè)的發(fā)展,人們對其產(chǎn)生的具有抗菌活性的天然產(chǎn)物產(chǎn)生了濃厚的興趣,對這些活性成分結(jié)構(gòu)的鑒定亦顯得日益重要。
核磁共振技術(shù)是天然產(chǎn)物尤其是復(fù)雜化合物結(jié)構(gòu)鑒定與分析研究不可缺少的手段,利用核磁共振波譜可以方便地提供不同分子結(jié)構(gòu)上的細(xì)小差別,包括同分異構(gòu)與立體異構(gòu)化合物。近年來,NMR被頻繁用于枯草芽孢桿菌所產(chǎn)生的抗菌物質(zhì)的分析與結(jié)構(gòu)鑒定。當(dāng)然分析鑒定枯草芽孢桿菌抗菌物質(zhì)的結(jié)構(gòu)需要多種方法結(jié)合使用,并且需要大量的工作和經(jīng)驗(yàn),本文主要從核磁共振技術(shù)在其中的應(yīng)用進(jìn)行介紹。
核磁共振(NMR)是電磁波與物質(zhì)相互作用的結(jié)果。其原理是:帶有核磁性的原子核有自旋運(yùn)動(dòng)產(chǎn)生核磁距,在外加高強(qiáng)磁場的作用下,吸收射頻輻射,引起核自旋能級(jí)的躍遷產(chǎn)生的波譜即核磁共振波譜。由于分子中不同原子核的化學(xué)環(huán)境是不同的,則將會(huì)有不同的共振頻率,產(chǎn)生不同的共振波譜。記錄下來這種波譜即可判斷該原子在分子中所處的位置及相對數(shù)目,對有機(jī)化合物進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析。
在化合物的結(jié)構(gòu)鑒定及分析中最常用的核磁共振技術(shù)是一維核磁共振氫譜(1H-NMR)和碳譜(13C-NMR),一維核磁共振氫譜主要提供化學(xué)位移、耦合常數(shù)、吸收峰的裂分和積分曲線等。與質(zhì)子相比,13C的化學(xué)位移比1H大得多,譜峰重疊的現(xiàn)象小,碳譜能給出更多的結(jié)構(gòu)信息,對化合物的結(jié)構(gòu)解析很有幫助。二維核磁共振譜的應(yīng)用使鑒定結(jié)構(gòu)的結(jié)果更可靠、客觀。二維核磁共振譜又分為同核二維核磁共振譜和異核核磁共振譜。常用的五種二維同核實(shí)驗(yàn)包括:COSY、DQF-COSY、TOESY、NOESY(EXSY)和ROESY,異核二維核磁共振譜主要有碳-氫相關(guān)譜(HSQC)、異核多量子相關(guān)譜(HMQC)、異核多鍵相關(guān)譜(HMBC)。繼二維譜之后,20世紀(jì)90年代脈沖梯度場(PFG)核磁共振技術(shù)的發(fā)展與應(yīng)用,使獲得譜線狹窄、高分辨譜圖成為可能,為快速、準(zhǔn)確得到物質(zhì)結(jié)構(gòu)信息奠定基礎(chǔ)[3]。
關(guān)于枯草芽孢桿菌有效抗菌物質(zhì)的利用與研究主要集中在肽類、脂肽類、磷脂類、大環(huán)內(nèi)酯類、酚類、多烯類物質(zhì)等,尤其是肽類及脂肽類備受關(guān)注[4-5]。
抗菌肽是枯草芽孢桿菌所產(chǎn)的一大類的肽類抗菌物質(zhì)[6]。由革蘭氏陽性菌產(chǎn)生的肽類抗菌物質(zhì)一般包括三類:未經(jīng)修飾的肽、含二硫鍵的肽以及含羊毛硫氨酸的羊毛硫抗生素。羊毛硫抗生素因其含有罕見的羊毛硫氨酸(Lan)和甲基羊毛硫氨酸(MeLan)而受到廣泛關(guān)注,按照其結(jié)構(gòu)和功能將其分為兩類:A型羊毛硫抗生素和B型羊毛硫抗生素[7]。
Subtilin是由枯草芽孢桿菌產(chǎn)生的典型的A型羊毛硫抗生素,其蛋白結(jié)構(gòu)及相關(guān)基因序列已得到了廣泛的研究。Subtilin是一種陽離子的,含有5環(huán)的細(xì)長型的抗菌肽[8]。據(jù)Stein[9]通過基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)研 究 其 分 子 量 為 3319.56。Chan 等[10]人 通 過1H 2D-NMR技術(shù)測得其初級(jí)結(jié)構(gòu)是由32個(gè)氨基酸組成的抗菌肽,而且通過NMR波譜的分析還發(fā)現(xiàn)Subtilin是羊毛硫氨酸組成的帶有5個(gè)環(huán)的靈活的分子。這是首次通過NMR技術(shù)獲得的枯草芽孢桿菌羊毛硫抗生素的NMR數(shù)據(jù),為其他羊毛硫抗生素的結(jié)構(gòu)鑒定及進(jìn)一步研究多肽類和與之相結(jié)合的物質(zhì)的相互作用提供了重要的參考。Christ等[11]通過研究枯草芽孢桿菌ATCC 6633的自身免疫蛋白SPaⅠ的C末端分子量為14.9×103序列的1H,15N,13C二維核磁共振信號(hào)波譜歸屬,進(jìn)一步研究SPaⅠ與SPaⅠ/Subtilin復(fù)合體的結(jié)構(gòu)信息,從而在分子水平上了解A型羊毛硫抗生素的自身免疫機(jī)制以及與自身免疫蛋白之間的相互作用方式。實(shí)際上與Subtilin結(jié)構(gòu)上極為相似的還有由枯草芽孢桿菌A1/3所產(chǎn)的Ericin S(分子量3442)和Ericin A(分子量2986)[12]。
Subtilosin A是由枯草芽孢桿菌所產(chǎn)的B型羊毛硫抗生素,與A型不同,它是球形的由35個(gè)氨基酸組成的大環(huán)肽類抗生素。經(jīng) Marx等[13]通過基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDITOF-MS)研究其分子量為3399.7。同時(shí),他們?yōu)榱搜芯科淙S結(jié)構(gòu),將12mg Subtilosin溶于300 μL DMSO-d6中,進(jìn)行(1H,15N,13C)的 NOESY 和TOCSY二維核磁共振波譜實(shí)驗(yàn),最后通過對其NMR波譜數(shù)據(jù)的分析而確定其三維結(jié)構(gòu),在分子水平上確定了其分子中非相鄰氨基酸之間的內(nèi)部連接,為后面繼續(xù)研究分子內(nèi)的特殊連接提供了參考。
LC1是枯草桿菌A014的分泌物中分離出的一種抗菌多肽,是由47個(gè)氨基酸組成的多肽抗生素,具有很強(qiáng)的抗水稻的白葉枯致病菌的抑菌活性,邵承華等[14]人應(yīng)用2D-NMR技術(shù)研究了LC1的溶液構(gòu)象,通過分析其DQF-COSY、TOCSY和NOESY等1H-NMR波譜而識(shí)別了47個(gè)氨基酸殘基,進(jìn)一步分析 NOESY波譜中dαN、dNN、dβN和 dαδ的聯(lián)系完成了序列專一譜峰歸屬,分析出LC1的二級(jí)結(jié)構(gòu)主要為伸展構(gòu)象,其中25~31與36~42兩個(gè)氨基酸肽段構(gòu)成反平行β折疊,并有32~35氨基酸肽段形成的β轉(zhuǎn)角相連接,LC1不含或僅含少量α螺旋。通過其特殊的氨基酸組成推斷LC1的三維結(jié)構(gòu)是一個(gè)以Trp23為中心依靠疏水作用穩(wěn)定的核心和由親水性殘基組成親水表面。
環(huán)脂肽是枯草芽孢桿菌所產(chǎn)抗菌物質(zhì)中的一大類物質(zhì),由親水的肽片段與親油的脂肪烴組成,是一類新型的生物表面活性劑。它除了具有良好的降低界面表面張力外,還具有抗真菌[15]、抗細(xì)菌[16-17]、抗腫瘤[18]、抗病毒[19]等生物學(xué)功能,在醫(yī)學(xué)上將有良好的應(yīng)用前景。
芽孢桿菌是最先被發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生環(huán)脂肽表面活性劑的菌株,也是生產(chǎn)環(huán)脂肽的主要微生物來源。按環(huán)脂肽的結(jié)構(gòu)可以分為兩大類:第一類是脂肪酸鏈直接參與成環(huán),即脂肪酸的羧基與肽鏈氨基酸的N-端相連,肽鏈氨基酸的C-端與脂肪酸的β-OH或者β-NH2相連而成為環(huán)脂肽。第二類即脂肪酸鏈不參與成環(huán),而是通過自身的羧基與肽鏈氨基酸的N-端相連成為另一類環(huán)脂肽[20]。
Surfactin是由芽孢菌產(chǎn)生的脂肽類高效表面活性劑,可使水的表面張力由72mN/m降到27 mN/m,屬第一類抗菌脂肽,也是抗菌脂肽家族中最典型的代表。surfactin除具有抗真菌和抗細(xì)菌能力外,還具有抗癌,抗病毒,溶血等生物學(xué)活性[21]。因此,科學(xué)家對環(huán)脂肽結(jié)構(gòu)與功能之間的關(guān)系非常感興趣。Bonmatin[22]等人使用2D-1HNMR技術(shù)測得了其 [Leu4]surfactin和 [Ile4]surfactin的結(jié)構(gòu)(一般的surfactin第4位為Val),證明此兩種物質(zhì)的表面活性是普通surfactin的兩倍,并通過分析其疏水殘基在surfactin的三維結(jié)構(gòu)模型中的作用確定了結(jié)構(gòu)與功能間的密切關(guān)系。
Circulocins是枯草芽孢桿菌產(chǎn)的第二類抗菌脂肽。具有良好的抗革蘭氏陽性菌活性,由于Circulocins特別的結(jié)構(gòu)其抗菌機(jī)制也不同于一般的抗生素,因此在某種程度上能緩解現(xiàn)在抗生素濫用引起的致病菌的抗藥性問題。He等[23]人即使用光譜學(xué)方法研究其基本結(jié)構(gòu):他通過高分辨率傅氏轉(zhuǎn)換離子回旋共振(FTICR)質(zhì)譜技術(shù)確定了circulocin α的結(jié)構(gòu)式為C47H49N9O10,然后通過13C-NMR和1H-NMR獲得了脂肽中羰基碳,次甲基碳及氨基酸殘基中質(zhì)子的化學(xué)移位的大致歸屬,并利用2D-1H-1H COSY,TOCSY,1H-13C HMBC 和HMQC相關(guān)譜技術(shù)獲得了氨基酸的連接順序,脂肪酸的位置及連接方式,再聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)而最終確定了circulocinα的基本結(jié)構(gòu)。
枯草芽孢桿菌抗菌物質(zhì)為微生物的天然產(chǎn)物,種類復(fù)雜。一般要進(jìn)行發(fā)酵,分離純化,濃縮,精制,最后才能進(jìn)行結(jié)構(gòu)的鑒定。其間過程復(fù)雜,損失嚴(yán)重。與NMR技術(shù)相關(guān)的聯(lián)用技術(shù)的出現(xiàn)為解決以上問題帶來了福音。
高效液相色譜-核磁共振波譜聯(lián)用技術(shù)(HPLC-NMR)是目前天然產(chǎn)物分析鑒定的新手段[24]。其優(yōu)點(diǎn)是可以將HPLC分離的化合物直接進(jìn)行NMR測定,NMR譜圖可以提供化合物結(jié)構(gòu)的精確信息,從而解決傳統(tǒng)分析方法的一些難題,但是LC-NMR聯(lián)用技術(shù)也存在著一些新問題,如LC和NMR的接口技術(shù)難題、溶劑峰抑制、靈敏度很低等。盡管如此該項(xiàng)技術(shù)由于可以避免不必要的分離步驟而獲得復(fù)雜提取物的初步信息,對于復(fù)雜成分可以首先獲得其成分的新穎性和用途,然后再進(jìn)行常規(guī)分離[25]。
高效液相色譜-固相萃取-核磁共振(HPLC-SPE-NMR)聯(lián)用技術(shù)的出現(xiàn)則解決了很多HPLC-NMR聯(lián)用技術(shù)的難題。該項(xiàng)技術(shù)指混合成分經(jīng)HPLC分離,DAD和MS檢測記錄,固相萃取柱收集吸附,N2氣流吹干,然后再由氘代溶劑洗脫進(jìn)入NMR儀進(jìn)行檢測。其優(yōu)點(diǎn)是被分離組分能得到濃縮而提高靈敏度,也可以免除溶劑峰抑制而獲得更高質(zhì)量的圖譜。因此,可以快速識(shí)別已知化合物和進(jìn)行新化合物的結(jié)構(gòu)研究[25]。枯草芽孢桿菌抗菌物質(zhì)屬于微生物天然產(chǎn)物,種類復(fù)雜多樣,以上聯(lián)用技術(shù)在枯草芽孢桿菌抗菌物質(zhì)方面的鑒定尚未見報(bào)道,但可想而知其應(yīng)用前景廣闊,NMR聯(lián)用技術(shù)對天然產(chǎn)物的研究也必將產(chǎn)生重大的影響。
由于枯草芽孢桿菌所產(chǎn)抗菌活性成分的復(fù)雜性以及NMR技術(shù)自身的技術(shù)特點(diǎn),枯草芽孢桿菌所產(chǎn)活性物質(zhì)特別是未知組分的NMR鑒定仍然是一份艱難的、富于挑戰(zhàn)的工作,加上NMR技術(shù)的靈敏度較低,遠(yuǎn)不及質(zhì)譜,都使得NMR的鑒定與圖譜的解析增加很多的困難。因此,NMR聯(lián)用技術(shù)的發(fā)展變得更為迫切,尤其是 HPLC-SPE-NMR聯(lián)用技術(shù)與HPLC-NMR-MS聯(lián)用技術(shù)的出現(xiàn)都給枯草芽孢桿菌活性成分的鑒定提供了希望,隨著NMR技術(shù)的快速發(fā)展以及國內(nèi)外研究枯草芽孢桿菌活性成分的研究者的不斷地努力,相信一定會(huì)有新的成果。
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